マーベル アベンジャーズ・アッセンブル

アベンジャーズに残ったホークアイとソーとともに、タワーの修復作業を始めるトニー。だが、なかなか進まず３人の士気も上がらない。そんな時、町にアブソービングマンが現れたと知り、駆け付ける３人。アイアンマンのアーマーの故障もあり、かなり苦戦を強いられる。タワーが倒壊しそうなため、トニーが２人を連れてアントマンの基地を訪れると、エイムがピム粒子を盗んでいくところだった。粒子を狙ったのは、モードックだった。

ロクソン・エナジー社をアダプトイドが襲撃。キャプテン・アメリカが抜けたアベンジャーズと、トニーに呼び出されたスパイダーマンが駆けつけて戦う。ところが実はアダプトイドは、姿を変えたウルトロンだった。シールドに戻りウルトロンを追っていたキャプテンが、ロボットのＬＭＤ部隊を引き連れて現れる。トニーがアダプトイドの正体はウルトロンだと気づいていたことを知ったキャプテン、そしてウィドウも、不信感を募らせる。

サノスを倒し、バーベキューを楽しむアベンジャーズ。しかし、キャプテンはウルトロン再来の心配をしていた。トニーは自分に任せてほしいとキャプテンを説得。その時、タワーが巨大なロボットに襲われる。ウルトロンの襲撃かと思われたが、ロボットはハマーの研究所のものだった。アベンジャーズが出向くと、ハマーはロボットの中に捕らわれていた。アベンジャーズは、このロボットを操っているエイムの秘密基地がある島へ向かう。

すべてのインフィニティ・ストーンを手に入れたサノスは、インフィニティ・ガントレットを使い、地球を滅亡させようとする。アベンジャーズは、力を合わせて阻止しようと試みる。アイアンマンは、サノスに５つのストーンを１つずつ使わせるよう、仲間に指示を出す。アベンジャーズがそれぞれのストーンの効果に苦労しながらも、サノスにすべてのストーンを使用させたところで、アイアンマンはずっと取り組んでいた作戦を実行する。

アベンジャーズは４つのインフィニティ・ストーンを集め、タワーに保管していた。すると、ガーディアンズ・オブ・ギャラクシーが渡すように迫ってくるが、トニーは断固として断る。その際トニーの様子に不安を持ったウィドウは、ストーンを持ち出す。インフィニティ・ストーンは接触した者の精神を蝕み、邪悪に変えてしまうのだった。ソーの協力を得てタワーを脱出したウィドウは、ストーンをアスガルドに保管してもらおうとする。

ソーの元にアスガルドの学校から、卒業試験の来賓としての招待状が届く。ホークアイとハルクはソーと一緒に学校を訪れ、ソーが学校を卒業していなかったことを知る。招待状はロキの策略によるもので、３人は学校に閉じ込められ、卒業試験を受けなくてはならなくなる。ヴァルハラに閉じ込められていたはずのロキは、インフィニティ・ストーンの１つ、スペース・ストーンのパワーを使って領域や次元、ポータルを操り、移動していた。

ナイトホークはリアリティ・ストーンを悪用し、新しい「現実」を作り出す。そこではスペクトラムたちと地球最強のヒーロー、スクアドロン・スプリームを名乗り、アベンジャーズは世間で悪者扱いだった。ある日、スクアドロンと対決したアイアンマンは、昔の映像を目撃する。記憶を変えられ、自分は犯罪者だと思いこまされていながらも、何かおかしいと感じていたアイアンマン。そこで、かすかな記憶を頼りに昔の仲間を集め始める。

エイムと対戦していたアベンジャーズは、後から到着したシールドたちに、突然裏切られて攻撃される。フューリーは、アベンジャーズを解散し拘留すると言う。フューリーやシールドのエージェントたちは、マインド・ストーンを手にしたモードックに精神を操られていたのだった。アベンジャーズはマインド・ストーンを狙ってモードックを倒そうとする。ところがストーンのパワーで、全員の精神と体がバラバラに入れ替わってしまう。

トニーはインフィニティ・ストーンの行方を追うため、レッド・スカルから話を聞こうとする。だがレッド・スカルは脳を損傷していて、話ができない。その時、トニーは壁に描かれた、時間、空間、力、精神、現実という落書きがストーンの５種類のパワーを現していることに気づく。今までの捜し方は間違いで、ストーンがどこにあるかではなく、どの時代にあるかがポイントだとわかったトニーは、タイムストーンの現れる時を計算する。

インフィニティ・ストーンの行方を追うため、トライキャリアに乗り込むアベンジャーズ。そこにカイルが現れ、こっそりファルコン(サム)を自分が作るチームに誘う。アベンジャーズの中で、自分の役割に不安を覚えるファルコンだったが、アベンジャーズ以外に自分の居場所はないときっぱり断る。そんな中、トライキャリアの船体内部で故障が起こり、急降下する。下はシカゴの市街地なので、何とかミシガン湖に着水させようとする。