マーベル アベンジャーズ・アッセンブル

地球はサノスによって消されたと思われた。しかし、アントマンの機転で惑星ごと縮められて生き延びていた。巨大化したサノスと月で対峙したアベンジャーズは、苦戦を強いられる。サノスは、地球を単に消し去るだけではなく、生命力を奪うと宣言する。さらに、地球の人々にアベンジャーズは地球を守れないと伝え、パニックに陥れる。トニーは、地球を救うには人工衛星「ＤＡＮ」に全世界の電力を集めてサノスを倒すしかないと言う。

巨大な監禁施設に厳重に収監されていたサノスだが、忠実な部下のブラック・オーダーが施設を襲撃し、脱獄させる。一方、宇宙で作業していたアベンジャーズの前に、宇宙船がワープして現れる。乗っていたのはニュー・コービンのジーター。故郷が襲撃され、アベンジャーズに助けてもらうためにきたのだ。宇宙での活動を視野に入れたトニーの説得で、アベンジャーズはウィドウとアントマンに地球を任せて、ニュー・コービンを目指す。

スクアドロン・スプリームはアベンジャーズ・タワーを乗っ取って、地球を支配し始めていた。ソーは、ナイトホークに捕えられてしまった。しかし、他のメンバーは間一髪で全滅を免れ、反撃のチャンスを窺っていた。アベンジャーズを壊滅させたと信じるスクアドロン・スプリームは仲たがいをする。そして、地球を分割して別々に支配することに。アベンジャーズは、バラバラになったスプリームのメンバーを、ひとりひとり捕えていく。

ナイトホークの計画を探るために、スクアドロン・スプリームの沈んだ船を調べに行くアイアンマンとキャプテン・アメリカ。ファルコンはタワーから見守っていたが、突然通信が途切れてしまう。残りのアベンジャーズが集結するが、そこへスクアドロンが襲ってくる。スクアドロンに詳しいファルコンが、指示を出しながら戦う。だが実際は、アベンジャーズの行動を正確に予測したナイトホークの思いどおりに計画が進んでいたのだった。

市内の動物園で、動物達が凶暴化する。駆け付けたアベンジャーズに、スクアドロン・スプリームのメンバー、ザルダが力を貸す。ザルダは動物達の尊厳を守ろうとし、ソーは共感する。キャプテン達は、ザルダの行動には魂胆があると危惧するが、ソーは突然消えたザルダを１人で追いかける。ザルダは自ら作ったトレーニング用の島にソーを招き、共に戦おうと誘う。互いのチームへの忠誠を賭けて戦う２人。そしてこの戦いの結果・・・。

アントマンは、自分の発明品を売って研究費に充てていたが、アベンジャーズ加入をきっかけに回収し始める。アイアンマンとキャプテンは、スクアドロン・スプリームが何を企んでるのか探ろうとする。アントマンがドクター・スペクトラムにパワー増幅器を売っていたことが判明するが、アントマンはスペクトラムの人柄を信じ、話せば分かってくれると主張。一方、ファルコンはハルクらを連れ、スクアドロンが捨てた船を調査しに行く。

スターク社の通信衛星を回収してきたハルクとソー。だが衛星にはナイトホークが爆弾を仕掛けていた。爆発を食い止めたところに、ハイペリオンが現れる。ハイペリオンを捕えようとしたハルクは衛星を破壊してしまい、メンバーのひんしゅくを買う。ハルクはタワー内に侵入していたスピード・デーモンによって超高速で動くようになり、アイアンマンたちの目にとまらなくなる。スピード・デーモンは、ハルクを爆弾に仕立てようとする。

新しくアベンジャーズに加入したアントマン。ホークアイは、彼のことが気に入らない。どうやら、過去に何かあったようだ。メンバーに愚痴を言うが、相手にしてもらえない。キャプテンはホークアイの考えに理解を示し、アントマンに試験を受けさせてホークアイが評価するように提案する。町で暴れていたモンスター、フィン・ファン・フームを生息地に返しにいき、そこで試験が始まる。実はホークアイは、シールドに入る前に・・・。

フューリーに命じられ、キャプテンたちはアイアンマンたちを連行しようとやってくる。そこへウルトロンが現れ、ファルコンの体を乗っ取ってしまう。ナノ・ウイルスに変化したウルトロンは、市民を次々とウルトロンの分身に変えていく。ファルコンを取り返そうとするアベンジャーズだが、攻撃がかみ合わない。アントマンはウルトロンを縮小して捕獲。そして研究室に行き、ファルコンからウルトロンのウイルスを取り除く方法を探す。

キャプテン・アメリカ、ブラック・ウィドウ、ファルコン、ハルクはトニーたちと決別し、シールドで働いていた。フューリーからいろいろな任務を与えられるが、詳しい内容は教えられず、ファルコンは不満を募らせていた。そんな中、ウィンター・ガードに盗まれた動力源を追跡するよう命令される。その容器を開けるための電子キーも探すようにとのことだ。キーを盗み出したクリムゾン・ダイナモを見つけキーを奪い、基地に潜入する。