バトルスピリッツ ダブルドライブ

駿太とヨクに負け、悔しい和巳は十二神皇を手に入れようとタツミに挑む。しかし、タツミの圧倒的な強さの前に敗北。勝てない苛立ちに、和巳は駿太への怒りを募らせる。シシはそんな和巳を異世界へと送り込み、十二神皇を超える禁断の力を与えようとする。
一方、駿太とヨクは「子の十二神皇マウチュー」をサンドラットに渡して、暗黒バトラーにも負けないようにサンドラットのデッキを組み直す事にする。その中で、駿太とヨクはスピリッツワールドにアルティメットがないことに気付く。アルティメットはスピリッツワールドでは誰も触れてはいけない禁断のカードだったのだ。
その頃、和巳はアルティメットと対峙していた。
バトスピに勝利する事で認められてきた和巳は、駿太に負けて全てを失ったと思っていた。アルティメット達は「魂を差し出せば望みは叶う」と和巳に自身の魂であるソウルコアを砕くよう迫る。和巳は迷わず砕いて、アルティメットを手に入れる。

逃げたサンドラットは駿太とヨク達に見つかり、バトルを挑まれる。サンドラットは手に入れた十二神皇を取られたくないので、十二神皇を賭けないバトルを提案。駿太とヨク達は仕方なく、それを受け入れる。
しかしサンドラットはインチキをして、いきなり「子の十二神皇マウチュー」を召喚。「子の十二神皇マウチュー」の召喚時効果で《封印》し、マジック「マジシャンズポーション」を使った速攻で駿太とヨク達を倒してしまう。
だが、インチキに気付いた駿太とヨク達はインチキ対策デッキを考案、再戦を挑む。
再戦を受けたサンドラットはまたもインチキで「子の十二神皇マウチュー」で速攻をしかける。だが、駿太はマジック「フレイムバリケード」で反撃。「子の十二神皇マウチュー」を含め、サンドラットのスピリットを全て破壊。そのままサンドラットを一気に攻めて、勝利する。
こうして「子の十二神皇マウチュー」は駿太たちの手に戻ったのだった。

エトがドーガの里にソウルスポットの反応を捉える。そこはサンドラットの故郷だった。
サンドラットは一行を出し抜いて、ソウルスポットに挑むも断念。そこでサンドラットは駿太とヨクたちに、母親の為に十二神皇を手に入れたい、と協力を求める。手に入れたら少しの間だけ貸す、という条件で駿太とヨクたちは試練に挑む。
試練は、色んなバトルの局面に１枚のカードで勝利するというものだった。
駿太は「午の十二神皇エグゼシード」を、メイは「未の十二神皇グロリアス・シープ」を使って、試練をクリアしていく。
そして最後の試練。相手のアタックステップに勝利せよという難問が出される。
これにヨクが「卯の十二神皇ミストラル・ビット」で挑み、見事クリアする。
試練をクリアした一行は「子の十二神皇マウチュー」を手に入れる。そして、約束通り、サンドラットに貸すのだが、サンドラットは母親の話は嘘と暴露し、その場を逃げ去ってしまう。

ヨクが手に入れた「卯の十二神皇ミストラル・ビット」の試練が発生し、メイや駿太達がバトスピカードに変えられてしまう。ヨクはみんなを元に戻すべく、試練に挑む。
一つ目のステージはお茶会へ繋がる扉探し。妨害するサンドキャットを利用して正解の扉を開け、お茶会に辿り着くヨクだが、そこには大好きなカニちゃんがいた。ヨクは次のステージに進むため、涙ながらにその場を去る。
次のステージは女王エトの城。バトスピカード兵の大軍に攻撃されるが、「絶甲氷盾」の女王エトで対抗。見事、ステージをクリアする。
最終ステージでは自分自身とバトルすることになる。同じ力の相手に苦戦するヨクだが、相手ターンで自由に召喚可能な《神速封印》で「卯の十二神皇ミストラル・ビット」を召喚。《封印時》効果の【跳躍】を駆使して勝利、試練をクリアする。
試練をクリアして目覚めたヨクは駿太たちと一緒に新たな十二神皇を手に入れた事を祝うのだった。

新たなソウルスポットで駿太とヨク達は「卯の十二神皇」のカードを見つける。
しかし、そこにイヌイ将軍が現れた。
イヌイ将軍に敗れた事があるヨクは、リベンジすべく「卯の十二神皇」を賭けたバトルを挑む。
イヌイ将軍は先に「亥の十二神皇カラミティ・ボア」を召喚、ヨクにプレッシャーをかける。ヨクも「酉の十二神皇ゲイル・フェニックス」を召喚するが、BPで「亥の十二神皇カラミティ・ボア」を上回ることができない。
その機を逃さずイヌイ将軍は「亥の十二神皇カラミティ・ボア」の【突進】を発揮、「酉の十二神皇ゲイル・フェニックス」に迫る。しかし、ヨクはマジック「パワーオブウィンド」を2枚使って、BPを上げ、「亥の十二神皇カラミティ・ボア」を返り討ちにする。
カウンターを決めたヨクは「酉の十二神皇ゲイル・フェニックス」の【飛翔】で逆襲。イヌイ将軍のライフを削りきって、勝利。
ヨクは「卯の十二神皇ミストラル・ビット」を手に入れる。

さらなる十二神皇を奪おうと、駿太とヨク達の前にキキが再び現れる。
「申の十二神皇ハヌマーリン」と「未の十二神皇グロリアス・シープ」を持つキキに対抗できるのは、同じく２枚の十二神皇を持つ駿太しか居ない。
互いに２枚の十二神皇を持つ勇者同士のバトルが始まった。
駿太は「寅の十二神皇リボル・ティーガ」と「午の十二神皇エグゼシード」、赤の十二神皇２体でキキを攻めるが、キキの「未の十二神皇グロリアス・シープ」の守りを崩すことができない。
守るばかりではない、とキキは「申の十二神皇ハヌマーリン」と【アクセル】のコンボで駿太を攻める。だが駿太はマジック「フレイムバリケード」で対抗、《封印時》効果を使って「申の十二神皇ハヌマーリン」を撃破する。
その勢いのまま駿太は「炎魔神」を召喚して、連続アタック。「未の十二神皇グロリアス・シープ」も、キキのライフも、全て破壊して勝利する。

「未の十二神皇グロリアス・シープ」を失ったメイに、しっかり休むように告げ、駿太とヨクは新たなソウルスポット、ヒャッケツ岬に向かう。
断崖にある無数の穴のどれかがソウルスポットに違いない、と探索を始める二人。そこにサンドラットが現れて駿太とソウルスポット探しを競いだす。
ヨクは最上部の穴が怪しいと睨み、探索。ソウルスポットにたどり着くが、既に和巳に攻略された後だった。
十二神皇を手に入れられなかった和巳は、駿太にリベンジするため、ヨクが持つ十二神皇を奪おうとバトルを挑んだ。
和巳は手に入れた異魔神ブレイヴ「海魔神」でヨクを追い詰める。「海魔神」と十二神皇があれば、駿太に勝てると言い切る和巳だが、ヨクは和巳に駿太は倒せないと断言する。そして「酉の十二神皇ゲイル・フェニックス」を召喚し、【飛翔】で和巳を圧倒、勝利する。
駿太に続き、ヨクにも敗れた和巳はさらなる怒りと憎しみを募らせるのだった。

太古の昔、十二神皇の勇者が初めて集ったという遺跡に来た駿太とヨク達。
新たな十二神皇の手掛かりを探す中、メイは「未の十二神皇グロリアス・シープ」の石像前で、父から十二神皇を譲られた時のことを思い出す。
そんなメイの前にキキが現れる。キキはメイが白き勇者の末裔である事を告げ、バトルを挑んできた。
キキは邪神皇を復活させ、十二神皇の力で支配することが勇者の一族の誇りを取り戻すことにつながる、だから同じ勇者の末裔として協力するようメイに迫る。しかし、メイは駿太やヨクのように強くなって世界を守る、と協力を拒む。
その答えに失望したキキは「申の十二神皇ハヌマーリン」の効果で「猿導士オンコット」の【アクセル】をノーコストで使い、自分のスピリット全てをダブルシンボルにして連続アタックを仕掛ける。
その怒涛の攻撃を防ぎきれず、メイは敗北。「未の十二神皇グロリアス・シープ」を奪われてしまう。

シシの予言で砂漠に向かったキキは、黄色の勇者ゆかりのキモン一族の地に辿り着く。長老ビヒは、キキの「ベーレシア」という名を聞き、勇者の末裔と認め、十二神皇を守る三賢者のもとへと案内する。
だが、青猿、白猿、赤猿の三賢者は、キキの中の野心を見抜き、十二神皇は渡せないと拒絶した。引き下がれないキキは十二神皇を手に入れるべく三賢者にバトルを挑む。
一対三のバトルだが、キキは全く動じず、まず赤猿のライフを削りきる。
青猿は「イボイノコング」、白猿は「巨神機スライド・ゲルム」、それぞれキースピリットでキキに対抗する。しかし、キキはマジックやバースト、さらには「天魔神」を繰り出し、圧倒。赤猿に続けて白猿のライフも削りきる。
残った青猿は申の十二神皇を守るべく、奮戦する。しかし、それをもキキは上回り、青猿のライフも削りきって、三賢者に勝利する。
三賢者を倒したキキは申の十二神皇を手に入れ、キモン一族の地を後にする。

十二神皇の噂を聞いて港町に向かう駿太とヨクの一行だが、船が故障。駿太とヨクは先に港町に向かうが、そこは悪者たちに荒らされたあとだった。
その仲間に間違われた駿太とヨクは、町民たちに捕まってしまう。
町民から、潮の満ち引きで現れる祠の存在を聞き出したサンドラットは、港町を荒らしたゴウラ将軍を呼び寄せた。
その話を聞いたゴウラ将軍は祠へと向かう。
モフモフに救出された駿太とヨクは、ゴウラ将軍を阻止しようとする。しかし、バルガルドではアイドル的存在のカニそっくりなゴウラ将軍にヨクは戦意喪失、仕方なく駿太がバトルを挑む。
ゴウラ将軍は「海将軍カニメデス」で駿太を追い込むが、駿太は「寅の十二神皇リボル・ティーガ」と「午の十二神皇エグゼシード」を召喚して反撃。【走破】と【砲撃】の連続技で勝利する。
祠の中身は、航海の安全祈願のお守りだったが、ゴウラ将軍たちを追い払った駿太とヨクを町民は勇者だと褒め称えるのだった。