バトルスピリッツ ダブルドライブ

駿太達は山の前で通行止めに遭う。麓の村で聞くと、ノブシーというバトラーがバトルで勝たなければ通さないと、道を塞いでいるという。
村の少年トワは、山の向こうに出かけて帰れない両親に会う為に駿太のデッキを盗み、ノブシーにバトルを挑もうとする。
事情を知った駿太はトワに替わってバトルを引き受けるが、ノブシーは駿太達を狙う暗黒バトラーだった。道の解放と、十二神皇をかけて駿太はバトルする事になる。
バーストを使うノブシーに駿太は苦戦する。「午の十二神皇エグゼシード」を召喚して駿太は反撃するが、「超覇王ロード・ドラゴン・セイバー」でノブシーにライフを回復されてしまう。しかし駿太は異魔神ブレイヴ「炎魔神」を召喚し、一気に逆転。「午の十二神皇エグゼシード」と「庚獣竜ドラリオン」にブレイヴさせ、【走破】の連続アタックでノブシーのライフを削りきる。
ノブシーを倒したことで、道は解放され、トワは両親と再会したのだった。

駿太は、こっそり船を抜け出して、異魔神ブレイヴを探しに行く。
それを知ったサンドラットは、レアカードが集まるバトスピ市場へと駿太を誘う。
ここなら見つかるかも、と駿太は大興奮するのだが、空振りが続いてしまう。そこに占い師に化けたサンドラットが近づく。
サンドラットは異魔神ブレイヴを餌に、駿太の十二神皇を盗もうとする。
だが、その時、「午の十二神皇エグゼシード」が市場に出るという声を聞く。
十二神皇は世界に１枚しかない、駿太は市場のカードがニセモノばかりだと気づく。
騒ぎになる市場、そこへ市場の主カシラーが現れ、駿太に決闘を挑んだ。
受けて立つ駿太だが、市場のニセカードがデッキに紛れて大苦戦。残りライフ１に追いつめられる。
だが、ニセモノの中に本物の異魔神ブレイヴ、「炎魔神」が紛れていた。
駿太は「炎魔神」と「午の十二神皇エグゼシード」をブレイヴして、反撃。カシラーのライフを一気に削って逆転勝利を決めた。

メイはヨクに故郷のバルガルドのことを聞く。
バルガルドの名門アルバトロサ家に生まれ、幼い頃から厳しいバトスピの特訓を受けてきたヨク。そのヨクの心の支えは優秀な兄ザルクだった。兄のようになりたいと思うヨクは、スピリッツワールドで何かを掴みたい、とメイに語る。
一方、異魔神ブレイヴが欲しい駿太は新たなソウルスポット探しに躍起になっていた。その道中で、一行はキャラバン隊と遭遇、もてなしを受ける。だが、これは罠だった。暗黒バトラーのアザスは、眠り薬を使って駿太たちの十二神皇を奪おうとする。
罠にかからなかったヨクは十二神皇を守るため、アザスと決闘することになる。
ヨクは青属性を巧みに使うアザスに苦戦を強いられる。だが、「酉の十二神皇ゲイル・フェニックス」を召喚、さらに「風魔神」とブレイヴさせて、反撃。見事、アザスを打ち破る。
その活躍に駿太は異魔神ブレイヴがもっと欲しくなるのだった。

エトが様々な世界からバトスピカードが集まるソウルスポットを発見する。
異魔神ブレイヴを求める駿太達は、さっそくソウルスポットに向かう。
辿り着いたのは不気味な大神殿。大神殿の奥、カードを手にできる聖域に辿り着くには『厳しい試練』をくぐり抜けなければならない。
大神殿に入った駿太、ヨク、メイの三人は数々の難関を知恵と勇気と気合いでクリアし、最後の大広間に辿り着く。
すると突如、バトスピカードが現れ、スピリットが出現する。『厳しい試練』とはバトルだったのだ。三人は異魔神ブレイヴを手に入れるべく、全員で試練に挑む。だが、次々と繰り出されるＸレアの総攻撃に次第に追いつめられていく。
ヨクとメイの十二神皇までもやられる絶体絶命の状況を駿太が「午の十二神皇エグゼシード」で突破し、試練に打ち勝った。
だが手に入ったのは、緑の異魔神ブレイヴで……駿太ではなく、ヨクの手に渡るのだった。

新たな十二神皇を探す駿太たちは、古い神殿があるという渓谷へ向かう。しかし、別れ道で駿太とヨクが、またまた喧嘩。二人は譲らず、二手に分かれて進む。だが、すべては暗黒バトラー、ズッチーの罠だった。駿太とヨクは道を塞がれ、エト達の待つ船に戻れなくなってしまう。
二人を分断したズッチーは十二神皇を奪うべくメイにバトルを挑む。メイは「未の十二神皇グロリアス・シープ」を守るため、そのバトルを受けて立つ。
バトルドームの光を見て駿太とヨクはメイの危機に気づいて、船に戻ろうと急ぐ。
バトルは「甲殻剣士ラミニフェンサー」を召喚したズッチーが一気に勝負を決めようとしていた。負けるかも、と弱気になるメイ。
そこに塞がれた道を協力して抜けてきた駿太とヨクが戻ってくる。二人の声援を受けたメイは、「未の十二神皇グロリアス・シープ」を召喚。≪封印≫を使って、ズッチーを撃破。
駿太とヨクは勝利したメイの健闘を褒めまくるのだった。

駿太とヨクは「未の十二神皇グロリアス・シープ」を取り返すため、どちらがケンゴーとバトルするかで揉め、駆けっこで勝負をつけることになった。
一方、イヌイ将軍は、ケンゴーが赤の勇者である駿太に勝つと自分の面子が保てないと悩んでいた。それを聞いたサンドラットは、駿太の足止めを引き受けた。
日の出を合図に駆けっこはスタート。だが、駿太は寝坊し、ヨクに置いて行かれる。
しかし、ヨクはサンドラットに赤の勇者と勘違いされ、足止めされてしまう。そのおかげで駿太は先に決闘の場にたどり着き、ケンゴーとバトルを始める。
ケンゴーが使う「未の十二神皇グロリアス・シープ」の鉄壁の守りを崩せず、駿太は残りライフ１個まで追い詰められる。だが、「午の十二神皇エグゼシード」を召喚して、一気に反撃。ケンゴーのライフを削りきって逆転勝利。
取り戻した「未の十二神皇グロリアス・シープ」を駿太は約束通り、メイに渡すのだった。

メイは奪われた十二神皇を取り戻すため、旅についていく事を決意する。
その道中、荒野のとある町に寄った駿太たちはバトスピで遊ぶ子供達を見かける。駿太は、バトスピチャンピオンシップ決勝戦を思い出す。そこで久し振りに決闘ではないバトスピをメイと楽しむことにする。
そんなメイの様子を見ていたヨクはメイを連れ出し、決闘を申し込む。
十二神皇を取り返すためには、決闘で勝たなければならない。ヨクの叱咤で決意したメイはバトルアーマーを装着、ヨクとの決闘に応じる。
一切容赦せずメイのライフを削るヨク。しかしメイは守るばかりで、ヨクのライフを削れない。
そんなメイにヨクは十二神皇を取り返す覚悟があるのか、と問う。あるに決まっている、メイはヨクのライフを削って、その覚悟を示す。
そこに「未の十二神皇グロリアス・シープ」を託された暗黒バトラー、ケンゴーが現れる。ケンゴーは駿太とヨクに互いの十二神皇をかけた決闘を申し込む。

タツミが見せた異魔神ブレイヴの戦いぶりは凄かった。十二神皇と一緒に異魔神ブレイヴも探すことにする駿太達。
メイも旅に誘うが、メイは尻込みして断ってしまう。
村長からもらった船で村から出発する駿太達。
だが、双子の暗黒バトラー、ワビーとサビーが立ち塞がる。
駿太とヨクは互いに自分がバトルすると言い張って仲違い。結局、駿太がワビーと、ヨクがサビーとバトルして、どちらが早くバトルに勝つかで勝負することになる。
バトルフィールドの出現を見たメイは気になって駆けつける。
優勢にバトルするワビーとサビー。ライフ残り２個に追いつめられる駿太とヨクだが、「午の十二神皇エグゼシード」と「酉の十二神皇ゲイル・フェニックス」を召喚して、あっという間に形勢逆転。ワビーとサビーに勝利する。
しかし早くライフを削りきった駿太とスピリットを一掃して勝ったヨクは、自分の勝ちだと譲らず、また仲違いを始めてしまうのだった。

十二神皇の一枚、「未の十二神皇グロリアス・シープ」が伝わる村を駿太たちは訪れる。しかし、村は暗黒バトラーの襲撃を受けた後だった。村長から十二神皇をメイという少年に託して逃がした事を聞き、助けに向かう。
逃げるメイだったが、その道中でサンドラットに十二神皇を奪われてしまう。そこへ暗黒バトラーたちを束ねる最強バトラーのタツミが現れる。
タツミにバトルを挑まれたサンドラットは、メイに十二神皇を返してバトルを押しつける。メイはタツミとカードを巡ってバトルする羽目になる。
そこに駿太達も駆けつける。
追い込まれながらもメイは「未の十二神皇グロリアス・シープ」を召喚し、守りを固める。しかしタツミは、異魔神ブレイヴ「龍魔神」を召喚してスピリット２体とブレイヴさせ、アタック。「未の十二神皇グロリアス・シープ」を破壊して、メイのライフを削りきる。敗北したメイは、「未の十二神皇グロリアス・シープ」を奪われてしまう。

駿太とエト達は、スピリッツワールドに現れた勇者のひとり、ヨク・アルバトロサと出会う。
国の交渉ごとまで何でもバトスピで決めるというバルガルドから来たヨクに、エトは勇者として邪神皇復活阻止のため力を貸して欲しいと頼む。ヨクは関係ないと断る。だが、スピリッツワールドが崩壊すると、バトスピでつながった世界にも危険が及んでしまう事をエトから知らされる。
そこへ暗黒バトラーの赤騎士カブトーが現れ、イヌイ将軍に勝った駿太にバトルを挑む。
バルガルドも危ないと聞いたヨクは、駿太に代わってバトル相手を買って出る。
ヨクはバルガルドとまったく違うバトルに戸惑い、カブトーに追い込まれる。しかしヨクは「酉の十二神皇ゲイル・フェニックス」を召喚して、反撃に出る。≪封印≫時の効果【飛翔】によって、カブトーを圧倒！カブトーのスピリットとライフを一掃して、勝利するのだった。