マイハマ学園の生徒たちがゾンビのようになってしまう怪現象は大いなる危機が迫っている証だと語るリッパー教授。マイハマの未来が危ぶまれる中、今なお「長考の呪縛」に苦しめられるウガタに、謎のネズミ「チュウ太郎」が道を示す！誘われるまま不思議な部屋にたどり着いたウガタが見たものとは…！？

デュエル・ウォーズの再開が待たれる中、マイハマ学園には不穏な気配が──。生徒達がまるでゾンビのように無気力でネガティブになってしまっているのだ！！この原因不明の現象を解明するため、デュエマさいこークラブの面々とカイザ達D4が調査に乗り出す！そして浮かび上がってきた怪しい人物とは……？

ウィンの心の奥底に眠る闇のマナの根源……その正体は「幼い頃から抱く母親への思い」だと突き止めた邪神くん。闇のマナを手に入れ真の力を取り戻すため、ウィンへ揺さぶりをかけることに！母親への思いを口にさせることで心の闇を引き出すことを目論むが……。果たしてウィンの心の闇は邪神くんによって解き放たれてしまうのか！？

デュエル・ウォーズが再開されないままマイハマ学園は冬休みへ。束の間の日常に退屈していたウィンはウガタと共にシラハマに帰ることに。そこで待っていたのはパパリン、そしてシラハマの仲間たちとの毎年恒例クリスマスパーティー！デュエマ漬けの楽しい会の中、ウガタはますますウィンへの興味を強めていて──！？

デュエル・ウォーズ開幕時には女神の声に導かれ迷いなく行動できていたウガタ。しかし、その後は再び長考する癖が戻ってきてしまっていた。ウィンの素早い判断と行動が実になっている様子を見て、自分も「考える呪縛」から解き放たれたいと願うが──。果たして、ウガタの長考の原因とは一体何なのか？

ボルシャックが生み出した太陽の力を制御することが出来なかったカイザ。その影響でデュエル・ウォーズは一時中断してしまう事態に……。そんな最中、ボウイとの準決勝で敗退してしまったカレンは自らの力で病に倒れた頭領を救うため、病気を治すことが出来る薬草を探しに秘境へと向かうのであった──。

お互い一歩も引かぬウィンとカイザ。火文明とボルシャックの圧倒的な展開力で苛烈に攻めるカイザに対し、アビスの新たな切札によって苦境をひっくり返すウィン。見事な逆転で勝敗が決したと思われたその瞬間！勝利の女神ウィナがカイザへ語りかける。ウィナの導きによってカイザは「希望の光」を手にすることができるのか？

デュエル・ウォーズ準決勝２回戦でついに激突するカイザとウィン！カイザへのリベンジとサイコーに楽しいデュエマをしたいという願いを叶えるため優勝を目指すウィン。しかしその願いはカイザにくだらないと断じられてしまう…。カイザが望む壮大な願い、そして語られざる母との過去とは一体何なのか……！？

一進一退の攻防を繰り広げるカレンとボウイ！しかし、ニンジャ・チェンジを駆使したカレンが次第にボウイを追い詰める展開に…！！カレンがこのままの勢いでボウイを圧倒するのか？はたまた、ボウイの新たな切札の力で逆転勝利を手にするのか！？互いのすべてをぶつけ合う熱き決闘がついに決着！！！

優勝すれば女神ウィナの力によってどんな願いも叶うという「デュエル・ウォーズ」。激闘の末、大会はついに準決勝に！第１試合は覚知山ボウイ対カレン。かつてD4の座をかけて戦った二人が、今度はそれぞれの願いのために激突！！特訓を経てハイレベルな戦いを繰り広げる両者。果たして勝利はどちらの手に！？