イレイザーのサイファが発生させた、特殊なドーム状のエネルギーの中に閉じ込められてしまったレッカや鉄鋼中学校の仲間たち。ドームは外からの攻撃をうけつけず、援護も望めないため、ドーム内で暴れる２体のガイスト、カゼマスター・フウジン、ライマスター・ライジンにレッカがひとりで立ち向かわなければならなくなる。そんなレッカを助けるため、ニッケル、知丹崎、ガス、デン助の四人が奮闘。ニッケルたちは何とかしてドーム外にいるハヤトとクラマに助けを求めようとする。

大量のガイメタルが一気に地上に隆起する現象「ルイン」。これまでの経緯から、ＧＣＧでは、イレイザーの目的がこの現象を人工的に発生させることではないかと推測。ルインの発生に備えて調査を開始する。
そんな中レッカは、鉄鋼中学校の生徒会長、知丹崎優（ちたんざき　ゆう）とともに竜神山に来ていた。レッカがガイストクラッシャーであることを知っている知丹崎は、奇妙な飛行物体が竜神山に着陸したのを目撃し、相談を持ちかけたのだ。レッカたちはそこでイレイザーのサイファと鉢合わせ。作戦の途中で入ったジャマ者にいらだつサイファが呼び出したガイスト、ブラッディー・オーガがレッカたちに襲い掛かる！

ハヤトは、エクストリームフォーム会得のための訓練にはげんでいた。だがなぜかあと一歩というところでためらってしまい完成させられない。訓練を見守っていたドクター・マグネスからそのことを聞いたハヤトの妹、コハクは、幼い頃に起きたあるできごとを思い出し心を痛める。
そんな中、２体のガイスト、フォーチュン・アルテミス、ハッピー・サンタクロースが出現。クラマの活躍で１体をクラッシュチャンスに追い込むが、弱体化したはずのガイストがなぜか復活し、レッカとクラマが窮地に立たされてしまう。

鉄鋼町で、珍しい皆既日食が見られることになった。日食を前にＧＣＧは警戒態勢を強化。日食時にはガイメタルが活性化し、ガイストが出現しやすくなるのだ。ところが中学生のレッカにはどうしても欠席できない学校行事、皆既日食観測会があった。そこでボルカン所長は、観測会に出席しながらパトロールもするようにレッカに指示を出す。
皆既日食当日、日食によるガイメタルの活性化を利用しようと、イレイザーのサイファが動き出す。そして、海から現れたガイスト、ヴァイス・リヴァイアサンが鉄鋼町へと迫る！

イレイザー――それはガイメタルからガイストを出現させる謎の組織。イレイザーを率いるのはΩ（オメガ）、そして四人の幹部、サイファ、マンガン、アルーミ、ラウンダが今、そろっていた。
ＧＣＧとの戦いで、ガイストをコントロールする腕輪、サモンブレスを破壊されたサイファにオメガは新しいサモンブレスを与える。オメガから、「鉄鋼町（てっこうちょう）は実験場だ」と言われたサイファは、ＧＣＧの上空で、ガイストのドリーム・バックを呼び出し、ＧＣＧ壊滅を試みる。ドリーム・バックはほかのガイストとは異なる能力を持つ特別なガイストなのだ。ＧＣＧを最大の危機が襲う！！

エクストリームフォームを使った戦いでムリをしたクラマに、数日間、静養するようにとの命令が出た。エクストリームフォームにチェンジすると、戦闘力は高まるがコントロールが難しく、からだに大きな負担がかかるのだ。それでも今後の戦いに備え、レッカは、エクストリームフォームを会得しようと厳しい訓練にはげむ。
一方、謎の男の拠点を探っていたさんごと金剛寺コハク（こんごうじ　こはく）は、映し出されたデータの中に奇妙な反応があることに気づく。そして調査に出掛けたレッカたちの前に３体のガイスト、アーク・フェニックス、ロード・バロン、ミリオン・マンネンが現れた！

最近ひんぱんに出現するガイストの近くにいつも姿を現す謎の男――この人物こそ、ガイストをコントロールし、呼び出している張本人であることが判明した。彼が口にした「イレイザー」とは何なのか？
緊迫するＧＣＧ本部に、ガイストギアの最終形態、エクストリームフォームを会得するための修業に出ていた第３のガイストクラッシャー、真銅クラマ（しんどう　くらま）が戻ってきた。クラマは、戦国時代からガイストと戦ってきた忍者、真銅一族の末裔だった。クラマは、新入りのガイストクラッシャーであるレッカの実力を見極めようとして……。
「お前にガイストクラッシャーの資格はない。」レッカ驚愕!！
そんな中、ガイスト、ジャングル・キジムナーが出現し……。

レッカは、正式にＧＣＧ（ガイスト・クラッシャー・ギャリソン）の一員となる前に、何としてもテッコウ・リュウジンと決着をつけたかった。そこでレッカはさんごの協力を得て、テッコウ・リュウジンの出現予想ポイントを捜索する。そこにハヤトがやってきた。ハヤトはレッカのことが気になり、別行動でテッコウ・リュウジンを探していたのだ。そして、そのとき、三人のガイフォンが、ガイストの出現を知らせる！レッカはガイストギア、フレイム・フェンリルを、ハヤトはウインド・ガルーダを身にまとい出撃！現れたガイストは、バーン・サラマンダー。
「相手がどんなガイストだろうとクラッシュするのがガイストクラッシャーの使命だ！」
ふたりの必殺技が炸裂した！！

ＧＣＧ（ガイスト・クラッシャー・ギャリソン）本部からの帰り道、レッカは偶然、ガイスト、オンミョウ・ヤタガラスに遭遇！ボルカン所長の強力な推薦のおかげでガイストクラッシャーになり倒したはずだった。が、ガイストは、クラッシュメタルという中枢部分を破壊しなければ何度でも復活するため、クラッシュチャンスと呼ばれる機会を見極めなければならないのだった。ハヤトのおかげでクラッシュは完了するが、レッカは、自分の力のなさを思い知り、猛勉強を始める。そしてガイスト出現の知らせが…！
「照合完了！ガイスト名、エナジー・シーサー！」レッカは街に飛び出した！

フレイム・フェンリルを身にまといガイストを倒した白銀レッカ。
憧れのガイストクラッシャーとして戦ったことを夢の中の出来事だと思っていたレッカの家に、桜さんご（さくらさんご）という少女が訪ねてきた。さんごはＧＣＧ（ガイスト・クラッシャー・ギャリソン）のボルカン所長の指示で、レッカにエントリーテストを受けるよう勧めにきたのだ。
迷うことなくテストを受けることにしたレッカだったが結果は散々だった。そして最後の身体能力テストでは、ガイストクラッシャーのひとり、金剛寺ハヤト（こんごうじはやと）と立会い叩きのめされ……。