『おば毛がいっぱい！？学校の七不思毛！』
毛陵小に伝わる恐怖の七不思議を確かめるため、放課後の校舎で心霊ツアーをするマコトたち！薄暗い理科室をさまよう人体模型…誰もいないはずのトイレにひそむ花子さん…ひとりでに動き出す呪いのピアノ…様々な恐怖がマコトたちを待ち受ける！？七不思議の秘密とははたして…？

『小っちゃくなるぞ！ギュウギュウボタン！！』
こだいのボタン『ギュウギュウ』の能力で、ギュギュっと小さい体になったゴンじろー。しかし、踏んづけられたり虫と間違えられたり、掃除機に吸われたりと、いつもの部屋は超デンジャラス地帯に！元の大きさに戻る方法が分からないゴンじろーは、なんとかマコトに気づいてもらおうと必死でアピールするが――。

『シュシュッとマンガを取り返せ！しゅり毛んゴンじろーの巻！』
けんちゃんたちとまわし読みしていた大人気の忍者マンガを、たわしあごに見つかり没収されてしまったマコト。そんな中、校務員のおばあちゃん・九野市が本物の忍者であることが判明する。市からもらったボタンで「しゅり毛んゴンじろー」になったゴンじろーとマコトは、マンガを奪還するため夜の職員室へと忍び込むが･･････。

『恐怖！ハロウィン仮装コンテスト！』
毛陵町商店街ではハロウィン仮装コンテストが催され、優勝商品の「焼きそばパン１年分」を目指すためマコトとの参加を決めるゴンじろー。しかし、どこからかゴンじろーを狙う黒い影が迫ってきて、ゴンじろーは大ピンチ！？黒い影の正体とは……そしてコンテストの行方は！？

『新たなる災い 毛タストロフィー！』
またもや動物たちに悪い毛がとりつく事件が発生した。グラディエーターゴンじろーとなり動物たちの悪い毛をなぎ払うゴンじろー。一旦は事件が解決したかと思いきや、今度は太陽が悪い毛に覆われ始める･･･。このままでは地球規模の天変地異に見舞われてしまうと知ったマコトとゴンじろーは、タイゾーとともに解決の道を探るが･･････。

『手にいれろ！ゴッドボタン・チャリオット』
毛に覆われてしまった太陽を元に戻すには、レジェンドボタンの力をさらに上回る「ゴッドボタン」が必要であるということが判明。さらに、レジェンドからゴッドへの進化にはこれまでよりも強力なオナチャーが必要だった。自分のオナチャーに地球の命運がかかっている･･･！究極のオナチャーをマスターするため、マコトはBoo1グランプリに出場するが･･･。果たしてふたりはチャリオットボタンを手に入れ、再び地球に光を取り戻すことが出来るのか！？

『なぞをと毛！たからさがしの秋』
食欲の秋、スポーツの秋といった様々なことにチャレンジできる秋の季節が到来。マコトたちの通う毛陵小では「全ての秋を制覇したものに伝説の箱＝あきのはこが授けられる」という噂が流れていた。謎多き“あきのはこ”を手に入れるため、マコトとゴンじろーはあらゆる「○○の秋」にチャレンジする！

『天までま毛ま毛 チョ毛ソフト』
巷で噂のソフトクリーム屋さんは、いつも大行列。店主のブリュットルは世界一のソフトクリームを作るため、日々毛陵町でソフトクリームを作っていた。美味しいソフトクリームを食べたいマコトとゴンじろーだが、そんな時ブリュットルがスランプに陥ってしまい……。スランプを克服させようとゴンじろーはブリュットルのボタンをつけてチョ毛ソフトゴンじろーに！世界一のソフトクリームは完成するのか！？

遠足でクラスメイトたちと動物園にやってきたマコトとゴンじろー。そこに突如現れたのは毛マージェンシーにより誕生した凶悪なマンモス・毛モスだった。悪い毛によって他の動物たちを操り次々と人間を捕らえていく毛モス。ゴンじろーはムキムキゴンじろーにボタチェンして立ち向かうも歯がたたない。絶体絶命の危機を乗り越えるには、こだいのボタン『ムキムキ』をオナチャーで進化させ、レジェンドボタンに進化させる必要があった･･･！

『ボタンで必勝！運動会』
待ちに待った運動会が開催！意気揚々と優勝を目指す、赤組のマコトたち。しかし白組のたっつんは、アメリカのトップアスリートである阿須利威人（あすりいと）という超強力な助っ人を呼び対抗してきた！ゴンじろーは今まで手に入れたあらゆるボタンを使って競技に挑むが空回り、気づけば絶望的な得点差に･･･。最後の望みをかけて挑むリレーで、赤組は勝利を掴むことができるのか！？

『ほと毛さまゴンじろーでな～も～』
ぴかっちょが和尚さんをしているお寺に座禅体験をしにきたマコトとゴンじろー。座禅に飽き寺の中でいたずらし放題のゴンじろーは、大仏様のおでこにある白毫を取り外してしまう！さらになんと白毫は、実はボタンだったことが判明？！『ほと毛さまゴンじろー』にチェンジし性格も仏様になってしまったゴンじろーは、次々と人々の悩みを聞き善行を積むが……。

『ピタリとあたる毛そううらない』
有名な占い師である細太木ガス子が、ふとっしーの親戚であることを知る一同。早速、占ってもらおうと乗り込むが、細太木は力を使い果たしてしまい、占いをすることが困難に……。そんな時、細太木からボタンを貰ったゴンじろーは占い師となり、手相占いならぬ『毛相占い』を始め、みんなの運勢を次々と占っていく！

『たびだちのひ さらばゴンじろー』
ささいなことでケンカしてしまったマコトとゴンじろー。売り言葉に買い言葉で、ついにゴンじろーが家を出ていってしまった。互いのことを気に掛けながらも素直になれない２人。やがてマコトは、ゴンじろーが毛陵町から出ていってしまったことを知る。ゴンじろーの行方が分からないまま、気づけば1ヶ月が経とうとしていた――。

『ニャーニャーニャニャーニャー』
いつかの野良猫にまたボタンを盗られたゴンじろー。代わりにマコトが近所の猫からもらってきたミ毛ネコボタンを使い、猫の能力と、猫の言葉が分かるようになったゴンじろーは、マコトのボタンは猫世界の女王に渡ったことを知る。猫女王からボタンを奪い返すには、彼女に気に入られるしかない！ゴンじろーは猫女王がよく現れる『ニャ舞伎町』に潜入し、店のナンバー１を目指しつつ、マコトのボタン奪還を狙う！

『まひるのドッジボールたいけつ！』
昼休みの醍醐味と言えば、ドッジボール！いつもマコトのクラスではけんちゃんがドッジボールでも陣取りでもヒーローだが、マコトは自分もクラスのヒーローになりたいと満を持してけんちゃんに勝負を挑む！ゴンじろーとの協力プレイで互角のバトルを繰り広げるマコト。最後に勝つのはどっちだ？！

『さいしゅうかいにはさせないぞ』
マコトとゴンじろーがコロコロコミックの取り合いをしていると、なぜか、コロコロコミックの漫画の世界の中に入ってしまった！漫画の中を縦横無尽に楽しむゴンじろーだったが、そのせいで話はメチャクチャに、漫画『けだまのゴンじろー』が連載終了の危機に陥ってしまい……。

『こだいのボタンでつきへいこう！』
今日は十五夜。タイゾーからこだいのボタン『ビヨンビヨン』を貰ったゴンじろーは、月にいるウサギを見に行くため、月まで跳んでいこうと高く跳ぶ修行を開始！マコトの応援もありどんどん高く跳べるようになるゴンじろー。果たしてゴンじろーは月に辿り着き、ウサギに会うことが出来るのか！？

遥かなる古代…地上にはゴッドボタンと呼ばれる神の力を持つボタンが存在した！世界中のお宝を求めて旅する海賊、キャプテン・ゴン・ジ・ローは、大海原で巨大かつ凶悪な海の化け物・クラーケンに襲われる。浜辺に打ち上げられた彼を助けてくれたのは、少女・マリア。マリアの祖父・毛（モウ）ゼから語られるゴン・ジ・ローとボタンの数奇な関係。今ここに、ゴッドボタンを巡る伝説が甦る！