戦いの余波によって翔悟の住む街には傷跡が残されていた。
自然災害だと報道されていることに違和感を抱く翔悟。全ての情報が漏れないよう、研究所によってコントロールされているのだ。だが、戦いの中でホースを握りつぶした巨大な魔神の手については、多くの情報が得られなかった。始まりの魔神――そう人々が呼ぶ存在が、姿を現したのではないかとルークは言うが、真相は分からぬままだ。さらに、アミュレットが破壊されたことにより、リベレーションコクーンを展開できない危険な状況のまま、ドラゴン・翔悟を狙って、新たな刺客が訪れようとしていた――。

ギルバートは現れたダークホースを見て、密かに安心していた。強敵、ウルフとタイガーではなかったからだ。そんな自分が許せずに、トレーニングにはげむ。
一方、ダークホースはドラゴンに圧倒的な強さを見せつけられて焦っていた。ドラゴンに最後の戦いを挑むべく、出撃の準備をする。翔悟は、メルボルンのみやげを忘れた償いとして、早穂の買い物に付き合っていた。すると、翔悟たちを見ている怪しい影が。ルークたちボーンファイターだった。いつダークホースが現れてもドラゴンボーンを守れるように、翔悟の側にいようとしていたのだ。ルークたちは、ドラゴンボーンの護衛をするために、翔悟と早穂のショッピングに同行する。

研究所から帰った翔悟たち。いつもの他愛ない日常を送る。早穂は翔悟を見て、何か雰囲気が変わったことに気が付く。早穂は、翔悟たちがオーストラリアに行ったのは、ルークの親戚の牧場を手伝うためだと聞いていた。牧場の手伝いが翔悟を変えたのか？不思議に思う早穂。一方、ギルバートは淡々と生活する翔悟が許せなかった。ウルフとタイガーの圧倒的な強さに為す術がなかった。しかも、彼らは地球人にも関わらず、ネポス・アンゲリスに協力する裏切り者だ。そんな事実を知ったにも関わらず平然としている翔悟に、ギルバートはいら立っているのだ。しかし、翔悟には翔悟なりの想いと考えがあった……。

ドラゴンボーンを奪いに、ウルフとタイガーがボーン研究所に現れた。翔悟を除いたルークたちボーンファイターは着装し、リベレーションコクーンを展開、タイガーとウルフと戦う。ドラゴンボーンを着装しないと決めていた翔悟だが、シャークたちがウルフとタイガーに苦戦していることを知り、再びドラゴンボーンを着装することを決意する。だが、ドラゴンボーンの石化は修復されておらず、着装することができない。ウルフとタイガーの圧倒的な強さの前にシャークたちは為す術がなく、絶体絶命のピンチにおちいる。翔悟は心からシャークたちを助けたいと思い、ドラゴンボーンにうったえると、石化していたドラゴンボーンが反応した。

ボーン研究所で翔悟は、東尾から衝撃の事実を知らされた。ダークボーンの正体は地球外生命体であり、ドラゴンボーンを狙って地球にやって来ていたというのだ。ドラゴンボーンさえなければ、敵は自分の所へやって来ない、周りの人間に危険が及ばない、そう考えた翔悟は、ボーンファイターを辞めようとする。そこへルークがやって来て、翔悟をボーンのシミュレーターに連れて行く。ドラゴンボーンの石化修復には、翔悟の共鳴値をシミュレーターで計る必要があるのだ。シミュレーターにはボーンのデータがあり、バーチャルのボーンを着装することができる。翔悟は最後の協力という約束で、ドラゴンのバーチャルボーンを着装。すると、ドラゴンの前に現れたのはバーチャルシャークだった。

再び、ダークボーンは魔神を召喚した。彼らに対抗すべく、ドラゴンも魔神を召喚する。魔神の力でドラゴンに力がみなぎり、ダークボーンの１体をボーンクラッシュさせた。その時、ダークボーンの素顔が見える、まるで人間のような姿！ダークボーンたちは撤退。ドラゴンが放った拳は石化していた。ドラゴンの着装を解いた翔悟は、ドラゴンカードの異変に気が付く。ドラゴンボーンが石化しているのだ。ドラゴンボーンを修復し、魔神の謎、そしてダークボーンの正体を知るために、翔悟たちはオーストラリアのボーンの研究機関に行くことにする。早穂もオーストラリアに行きたいと言うのだが、翔悟が反対、二人の仲は気まずくなり……。

ギルバートはレオボーンを着装し、初めてダークボーンと戦った。だが、ダークボーンはラインを組み、魔神を召喚する。さらにリーダー格のダークホースの足技は強力で、レオは全く敵わなかった。初めて魔神を見た翔悟たちは動揺していた。翔悟は彼らに本当に勝てるのか、不安になっていた。だが、ギルバートの心は折れていない。彼はダークホースの足技攻略のために、翔悟にスパーリングパートナーになってもらい、特訓を行う。そして、ルークは謎の人物に電話をかけ、魔神召喚の許可を願う。しかし、ルークたち５人に信頼関係が築けていない今、魔神召喚は危険だと止められるが……。

４人目のボーン適合者、ギルバートが日本の空港に降り立つ。翔悟たちが迎えに行くと、なんと彼は１３歳の少年だった。しかし、彼の発言は誰よりも厳しい。翔悟の資料に目を通したというギルバートは、翔悟に会って早々、ボーンと適合するのに時間がかかりすぎである、そして始まりの魔神について知らなさすぎると指摘する。年上の翔悟にも容赦がない。挙げ句には、翔悟には戦う意志、覚悟が足りないと言い放った。ギルバートの指摘はもっともだと思った翔悟は、これから先、ボーンファイターとしてやっていけるのかどうか悩むのだが……。

ダークボーンが現れたが、翔悟はドラゴンになれなかった。ボーンには意志があり、無意識に翔悟が戦うことを拒んだため、ボーンを着装できなかったのだ。翔悟はなぜ戦うのか、どうして自分がボーンに選ばれたのか悩む。そんな翔悟に、タイロンが声をかける。アフリカ出身のタイロンは弟と妹が１５人いる大家族。両親はおらず、彼らの面倒はタイロンが見なくてはならない。タイロンは地球を守るというよりも、家族を守るためにボーンを着装したのだ。そして、アントニオも翔悟に声をかけた。アントニオがまだ、ボーンを着装する覚悟ができなかった頃に、ルークに言われた言葉を、翔悟に贈るのだが……。

翔悟は、アントニオ、ルーク、タイロンという３人の青年と共にボーンを着装し、ダークボーンを退けた。自分の意志でドラゴンボーンを着装した翔悟は、ボーンに選ばれた戦士であることが証明された。全く状況が飲み込めない翔悟は、ルークから、ダークボーンの目的は地球のボーンを奪うことであり、ボーンを奪われれば地球が滅ぶ可能性があると告げられる。いきなりそんな事を言われても、翔悟に受け入れられるはずがなかった。
そんな翔悟の気持ちとは関係なしに、ルークたちは翔悟の近くに絶えずいる。学校、放課後、翔悟の家にまで姿を現す始末。なぜ自分につきまとうのか、翔悟がルークに問うと、翔悟が持っているカードの意味が分かっていない、そう告げるだけであった。翔悟のドラゴンカードの意味とは一体……！？