翔悟と知らぬまま１２年ぶりに言葉を交わしていたと分かり、智恵は、ボーン研究者として、母親として生きてきた今までの日々を回顧する。イアンは、１２年前に智恵を研究所に呼び戻した結果、家族と長きに渡り引き離してきた事を翔悟に詫びる。だが翔悟は、あえて智恵にコンタクトをとろうとせず、智恵もまた同様に国際宇宙ステーションでの作業を優先させるのだった。そんな母と息子の葛藤を、イアンとルーク父子が察する。翔悟は、智恵が家族の元を出てひとり研究組織に戻りリベレーションコクーンを開発した、母の覚悟や本当の思いを初めて深く知る。そこへ、エクェスのアイアンボーンが襲来し─。

ネポスから命からがら地球へ戻ってきた翔悟達を出迎えたのは、偶然ロサンゼルス研究所に派遣されていたアンナであった。東尾やイアンたちに窘められつつも、無事の帰還を報告するルーク。だが、ワイバーン・クルードのレアメタルボーン化によってコクーンは破壊されており、新たなコクーンが完成するまでは、安全のためバリアの装備された研究所内で過ごすことになった。一方、ケルベロス・レボルトは、クルード、シュトルツがネポスに残っているため、自らが地球に侵攻することはできず、配下のホークに、ある力を持たせて出撃させるのだった。コクーンのない中、ピンチに陥る翔悟達。新たなコクーンのデータを受け取るため、翔悟は国際宇宙ステーションに滞在する開発責任者と通信することになるのだが……!?

翔悟たちは、リーベルトの父親、シュトルツを救出するために彼の屋敷へと向かった。だが、屋敷には人の気配どころか見張りもいない。罠なのかと思いながらも、翔悟たちは広い屋敷を二手に分かれて探すことにする。翔悟はアントニオ、タイロン、リーベルトと共に屋敷を回る。リーベルトはかつてシュトルツと鍛錬で使った剣を見つけ、シュトルツに思いをはせる。そんなリーベルトを見た翔悟は、必ずシュトルツを見つけようと、シュトルツに言葉をかけた。その時、リーベルトはボーンの気配を感じた。彼女たちに向かって歩いて来る。身構えるリーベルト、彼女の前に現れたのは……。

リーベルトは父のシュトルツを救うためネポスに戻る事を決意。翔悟達も同行を決め、危険を孕むネポス潜入を決行する。翔悟は、地球と同じネポスの日常を知ると同時に、地球より遥かに先進的な科学技術や美しく整った環境に驚愕する。一方、レボルトはシュトルツ不在の隙に臨時評議会をぶち上げ、自ら議長役におさまる。リーベルトの帰還を鋭く察知すると一計を案じ、クルードの元を訪れるが…。シュトルツの屋敷を目指す翔悟らの前に、ケルベロス一派のクラーケンが出現。翔悟はドラゴンを着装し、強力な技を駆使するアイアンボーンのクラーケンと激しいバトルを展開する！

翔悟の前に突如現れたリーベルト。そして、彼女を待っていたかのように、東尾も現れる。驚く翔悟の前で、東尾はリーベルトに取引を持ちかけた。ネポスに帰れず、地球での暮らしに不都合を感じていた彼女達のために、研究所の資金で便宜を図る。その代わり、ネポス・アンゲリスについて情報提供をして欲しいというのだ。当初は頑なに拒否するリーベルトであったが、翔悟の家に招待され、食事を振る舞われたことや、その光景が翔悟の守りたい日常なのだとルークに聞かされたこともあり、心を動かされて東尾の言葉に応じるのだった。翔悟たちの見守る前で、研究に協力するリーベルト。だが、ネポスでは同じ頃、リーベルトの父・シュトルツの前に、ケルベロス・レボルトが姿を現していた……。

ダーク・ソードフィッシュの攻撃がドラゴンたち、ボーンファイターに迫る。絶体絶命のピンチを、ウルフとタイガーが救う。ドラゴンらをかばうようにして、ダーク・ソードフィッシュの攻撃を受け止めたのだ。ドラゴンとの会話で、ウルフとタイガーの心境に変化があったのか！？ウルフとタイガーの行動に怒りをあらわにするダーク・ソードフィッシュ。一方、リベレーションコクーンの外にいるルークは、東尾に、ダークグリズリーとダークベアーのボーンを研究所から持ちだし、ウルフとタイガーに渡したのか、真相を聞き出そうとしていた。そこで、東尾から意外な事実が明かされる。

パンサーたちを退けた翔悟たち。パンサー、ウルフ、タイガーと共に、研究所にあるはずのベアーとグリズリーのボーンがいた。研究所からボーンカードを外に出せるのは所長しかいない。ルークは、研究所の裏切り者は東尾だと確信し、竜神家で健悟と喜代子の警護をしているタイロンに連絡する。だが、すでに東尾は竜神家に上がり込み、健悟と喜代子と共にいた。タイロンは東尾を外に誘い出し、健悟と喜代子と引き離す。東尾にはタイロンの思惑などお見通し、あえて誘いにのったのだった。東尾とタイロンが対峙する、そこへ翔悟、ルークたちがやって来た。翔悟たちがそろったところで、東尾はかつての衝撃的な出来事を語り出す。

ネポスの戦士、ケルベロスが、ある星のボーン回収を完了させた。ボーン回収のためならば手段を選ばない、星の生物を全て殺りくしてしまうほどの残忍なエクェスだ。彼はネポス・アンゲリスに戻り、本格的に動き出す。一方、翔悟は三者面談で使う調査書に、自分の長所と短所を書かなければならない。自分のことがよく分かっていない翔悟には、何を書いていいのか見当もつかない。ルークたちボーンファイターは竜神家、島谷家の家族の警護についている。空手大会では、グストスとモースが早穂に接触してきたからだ。だが、翔悟は、リーベルトたちなら、家族や友達に危害を加えるようなひどいことはしないと言い切った。

リーベルトは悩んでいた。彼女の前に幾度となく立ちはだかった、地球のボーンファイターである翔悟。彼らが始まりの魔神に抗う姿に、魔神を常に敬い、従って来たネポス人である彼女は、違和感を覚えていたからだ。そんな彼らが、アイアンボーンに変貌を遂げたという情報に接したリーベルトは、ついにクルードの元へ真相を問いに行く。リーベルトはクルードの許可を得て、再びボーンカードを手にすると、翔悟が何故アイアンボーンになれたのか、何故戦うのかを知るために、グストス、モースを伴って地球へと向かうのだった。ちょうどその頃、翔悟は、ルークたちや早穂の応援を受けながら、年に一度の空手大会に参加していた……。

夏休みを満喫できなかった事を翔悟にこぼす早穂。突然、早穂の父・勝也が長期出張から帰宅、父娘の久々の再会がかなう。翔悟は、幼い頃出て行った母親に似てきたと勝也に言われ、気がかりに…。一方ネポスでは、クルードとシュトルツが面会。シュトルツは娘のリーベルトを案じる一方、若きエクェス一派を警戒する。早穂とプールに出かけた翔悟は、偶然ルークらと合流。勝也も加わり、皆で遊ぶ事で気分転換をはかる。が、新手の敵・ソードフィッシュが襲来！アイアンボーン同士のバトルとなるも、クルードらの指示外の動きとわかり、驚くドラゴン達。勝也の再出発の朝、翔悟は、自分の回りの存在を守ろうとする姿が似ているという母親に思いをはせるが…。