プリンセスセレスティアを救うためエレメンツオブハーモニーを探すトワイライトたち。しかし、ナイトメアムーンの魔の手が迫る。プリンセスを助けられるかどうかは、トワイライトと新しい友達にかかっている。

かつて永遠の夜を願い月に封印された“ナイトメアムーン”の復活が迫っている!?女王・プリンセスセレスティア様に危機の訪れを報告したユニコーンのトワイライトスパークルは、お供のスパイクと一緒にポニービルに向かい、そこでピンキーパイ、アップルジャック、レインボーダッシュ、ラリティ、それからフラッターシャイ、新しい友達と出会うが……。