アギトは自身の過去を夢に見る。
それは数年前、研究組織で実験体として扱われていた、苦難の時代の記憶だった。
施設襲撃を行ったゼストとルーテシアによって救出され、ルーテシアの温情により、2人の旅の同行者となったアギト。創造者である「マイスター」の記憶も、心と魂を預ける融合相手である「ロード」も持たないアギトは、先の戦いで出会ったリインとヴィータのコンビを羨ましく思い、同時にライバル心を燃やす。
一方、レリックとともに現れた少女を保護していた聖王医療院で、なのはは目を覚ました少女と出会う。
「ヴィヴィオ」と名乗った少女に不思議となつかれるなのは。
そして、先の事件とヴィヴィオの素性について、フォワード陣はそれぞれに思いを巡られる。
ナンバーズたちの正体に心当たりのある様子のスバル。
ヴィヴィオの出自に「プロジェクトF」の影を見てとるエリオ。

なのはとフェイトを伴い、聖王教会へ赴いたはやては、『機動六課の設立の真の理由』を明かす。
それはカリムの能力「預言者の著書（プロフェ―ティン・シュリフテン）」によって導き出された、ある預言と深い関わりを持つものだった…。

地下水路では、ルーテシア一行とフォワード隊の戦闘が続いていた。
ガリューとアギトの能力に押されながらも、任務であるケースの確保を行ったまま脱出を試みる一同のもとに、ヴィータ・リインフォースⅡのコンビが救援に訪れる。
逃走したルーテシア一行は地上に脱出、ルーテシアは召喚虫「地雷王」の能力で落盤を発生させようとする。
それを止めるアギトだったが、ヴィータやスバルらはすでに地上へ。連携で追いつめ、ルーテシアとアギトを逮捕する。
一方、路地裏で保護された女の子とレリックを護送する704式。それを狙う２人の影…
「ナンバーズ」No.4クアットロとNo.10ディエチ。
保護された女の子を「マテリアル」「聖王の器」と呼ぶ２人は、その奪取のため、ヘリをディエチの高威力砲撃で狙撃する作戦に出る。同時に「ルーテシアお嬢様」の救出のため、No.6セインも作戦に参加する。
それぞれの先天固有技能、幻影・砲撃・無機物潜行といった「インヒューレントスキル」によって、２つのレリックと聖王の器を奪い、ルーテシアを救出しようとするナンバーズ一同。
ヘリの危機にはやてが選択したのは、なのはの「限定解除」、それにともなう「エクシードモード」の起動。
そして、地上のレリックの行方は…。

気を失った謎の少女のもとへ集まるスバルとティア。
なのは・フェイトとシャマルらも合流。少女が持ってきていたレリックのケースが『もう一個あった』という疑いのため、フォワード陣は休日を中断、地下水路へと捜査出動を行う。
そして、謎の少女と、レリックのケースを求めるスカリエッティはガジェットを出動させ、なのはたちは航空戦へ。
はやては今回の事態に危機を感じ、クロノに自身のリミッター解除申請を行う。
スカリエッティ一味の女性『クアットロ』は施した広域幻術に対して、はやては自身の広域魔法で対抗する。
地下水路で、フォワードチームとギンガが合流。スバルと同じリボルバーナックルと、マッハキャリバーの姉妹機『ブリッツキャリバー』を装備したギンガとスバルのコンビネーションで、一同はレリックの推定位置に近づいてゆく。そして、水路の奥でケースを発見するキャロだが、そこに現れたのはルーテシアと、ルーテシアの召喚獣・ガリュー。ケースを巡る一同の戦いの中、ルーテシアの加勢に訪れたのは、小さな『烈火の剣精』アギトだった…。

前回の出来事から2週間。すっかり日常を取り戻した機動六課フォワード陣。
訓練も好調に進み、第1段階を終えて2段階目に。
デバイスリミッターの1段目解除に加えて、なのはたちがフォワード陣に送ったのは「丸一日のお休み」。
大喜びで休日を過ごすことにする4人。
スバルとティアは、ヴァイスに借りたバイクで街へ。エリオとキャロは、フェイトに見送られて同じく街へ。
それぞれに過ごす休日の中、ギンガはある事故の調査のため、市街の地下トンネルへと呼ばれる。
トラック事故の残骸の中に、破壊されたガジェットと、何かを運んでいた「生体ポッド」を発見したギンガ。
そして、鎖に繋がれたレリックのケースを腕に縛り付けられた状態で、地下水路を歩く謎の少女。
市街地を散歩していたエリオとキャロは、路地裏でその謎の少女を発見。
緊急事態を発令し、平穏な休日に、緊張が走る・・・・。

無謀な訓練と戦法を諌められ、なのはに撃墜されたティアと目の前でその様子を見せられたスバル。
ティアが医務室で目を覚ました時には、すでに夜。
その日、スターズは抜きでライトニング隊の訓練を行っていたなのはは、自身の監督不行届をフェイトに謝罪する。
なのはが行った二人の努力の否定、残酷な撃墜。その真意について、なのはは二人に説明することを決めるが、突然のアラートが隊舎内に響く。

スカリエッティが放った改良タイプのⅡ型が海上に現れる。
現場に向かうなのは・フェイト・ヴィータ、三人の隊長陣と、隊舎で待機のシグナムとフォワード４人。
いまだ心の整理のついていない様子のティアに、なのはは出動待機から外れるよう告げるが、そんななのはにティアは食ってかかる。
自分はなのはたちのようなエリートでもなく、スバルやエリオのような才能も、キャロのようなレアスキルもない。そんな自分が強くなるには「死ぬ気でやらなきゃ」と涙ながらに訴えるティアを、シグナムが殴る。
混乱の中、出動する隊長3人と、取り残されるフォワード4人。
なのはやシグナムの行為に納得のいかないスバルは、シグナムに必死の質問をぶつける。
だがそこにシャリオが現れ、一同に伝えることがある、と告げる。

それは、過去のなのはが過ごしてきた、あまりに危険で無謀な戦いの日々と、その無茶の結果引き起こされた、ある悲しい事故についてだった・・・。

痛恨のミスショットをしてしまったティアに、なのははある注意の言葉を告げる。
「ティアナは1人で戦ってるわけじゃないんだよ」
ティアとなのはのポジション、センターガードは、前後左右全てが味方。
今回のミスの意味をよく考え、同じ失敗を二度と繰り返さないよう伝えるなのはに、ティアは『約束』をする。
六課に戻る一同。ヴィータはティアの無茶の理由をなのはたちに問い、ティアはスバルたちと別れ、1人練習をする。
自身を省みない特訓を続けるティアを諭すヴァイスの言葉にも耳を貸さないティア。そんなティアの無茶の理由は、管理局の魔導師だった兄・ティーダの死にあった。
自分を育て、魔法を教えてくれていた兄ティーダの任務中の失敗と死亡。
兄の誇りを守るため、兄が叶えることのかなわなかった夢「執務官」を叶えるため。
ティアが自分の魔法と力に拘るのはそのためだと、なのはとフェイトはヴィータたちに、スバルはエリオとキャロに伝える。
スバルはティアの努力に協力し、二人でともに「新たなる力」を得ようとする。
技数の増加、新しいコンビネーション。
通常の訓練をこなしながら、なのはに秘密の訓練を二人は続ける。

そして訪れる、なのはとスターズコンビの模擬戦の日。
二人は新たなコンビネーションでなのはに立ち向かうのだが・・・。

今日の機動六課の任務は、骨董品オークションが行われるホテルの警備。
隊長・副隊長が揃った総員出動の中、ティアナはずっと感じていた疑問の答えを探していた。
Sランク揃いの隊長たちは勿論、自分以外の新人たち－スバルやエリオ・キャロたちの優れた能力や才能と比較して、あまりに平凡な自分。
と、オークション会場のホテル周辺に、ガジェットが現れる。
出動するシグナム・ヴィータ・ザフィーラと、現場管制を行うシャマル。圧倒的なその能力の前に、焦りと苛立ちを覚えるティアナ。
そして、オークション会場に運ばれたある品物を狙うスカリエッティは、旅をする「レリックウェポン実験体」騎士ゼストと召喚士の少女ルーテシアに『頼み事』を行う。
スカリエッティの頼みを聞いたルーテシアの召喚能力と特殊技能により、ピンチに陥るフォワード一同。
苦戦の最中、副隊長の合流を待つように告げられたティアナは意地を張り、鍛え続けたスバルとのコンビネーションでの一発逆転を試みるのだが…。

初出動を終え、それぞれの愛機とともに、気持ちも新たに訓練に励むフォワード一同。
フェイト・ヴィータも教官として参加する訓練は、個人ごとの基礎能力向上。
4人それぞれの個性を生かすための訓練に、懸命に向き合ってゆくフォワード一同。

一方はやてはかつての研修先で出会い、今も師と仰いでいる恩師、ゲンヤ・ナカジマ三佐の所属する陸士108部隊を訪れていた。
レリック捜査のための、密輸物ルート調査依頼。
ゲンヤはそれを受け容れ、捜査への協力と、スバルの姉、ギンガの貸し出しの了承する。

その頃、先の出動で発見したガジェットの残骸を調査していたフェイトとシャリオは残骸の一部に事件の手がかりを発見する。
ガジェットの動力部に、これみよがしに残されていたロストロギア「ジュエルシード」と一行の署名。
そこに記されていた名は「ジェイル・スカリエッティ」――フェイトが執務官として追い続けていた、違法研究で広域指名手配された、次元犯罪者だった…。

山岳地帯を疾走するモノレールを襲うガジェットドローン。新たな武装・ローラーデバイス「マッハキャリバー」と双銃「クロスミラージュ」を手に、やる気と気合十分のスバルとティアナ。
一方、キャロははじめての実践に心の底で怯えていた。敵や危険が怖いのではなかった。自身が持つ「竜召喚」の力と、かつて、それを制御できなかった頃のこと。怯えるキャロを励ますなのはと、先輩らしさを見せるスバルとティア。そして、手をさしのべるエリオ。
強力なマッハキャリバーとクロスミラージュ、新たなバリアジャケットの性能に感動しながらも突き進むスバルとティアのスターズ隊。一方、心を決めて現場に赴くキャロだが、新型ドローンの出現に、エリオと2人、窮地に陥る。さらに他の3人と違って、キャロのデバイスだけが機能機動しない。キャロを守って車外に吹き飛ばされるエリオを見てキャロの記憶がよみがえる。
強すぎる召還の力に疎まれ、里を追われたこと。局の部隊でも、居場所がなかったこと。そして、そんな自分を救ってくれたフェイトのこと。
「自分は今度はどこに行けばいいのか」と問うキャロにフェイトが語ったのは、笑顔と「キャロがどこに行きたくて、なにをしたいかによるよ」という言葉。
「優しくて暖かな場所と、大切な仲間を守りたい」その思いを心に刻んだ時、キャロのデバイス…ケリュケイオンが起動し、キャロは竜召還士として、真の力を発動させる…。

ひたすら続く訓練の日々。
なのはの指導のもと、それぞれの特性を生かしつつ、基礎の繰り返しでゆっくりと強さを手に入れてゆくフォワード一同。
しかし、自作組のスバルとティアのデバイスが連日のハードな訓練でついに故障してしまう。その事から、一同はかねてより開発されていた「機動六課製の新デバイス」を受け取ることになる。
シャリオとリインフォースⅡ、なのはらが、それぞれのメンバーに合わせて調整し作り上げた、魂の武装。リインフォースⅡは「大切に、だけど性能の限界まで思い切り使って欲しい」と一同に伝える。
そんな中、突然のアラートが鳴り響く。山岳地帯に「レリック」と「ガジェット」の反応。そして、はじめての出動命令が下される・・・！

なのはとフェイトも正式に機動六課の所属となり、部隊員たちも集結。いよいよ正式稼動を始める機動六課。
そんな中、集まった前線フォワード部隊の4人となのはは、早速戦闘訓練を始める。
本局に、機動六課の任務説明のために出かけるはやてとフェイト。
機動六課が、探し、守るべきものと、戦うべき相手。
古代遺物「リレック」と、それに付随して現れる無人戦闘機械「ガジェットドローン」。
「魔法無効化」という特殊兵装を持つガジェットドローンを想定した模擬戦。
なのはが見守る中、スバル・ティアナ・エリオ・キャロ、出来立てのパーティーの4人は、それぞれの技術と初めてなりのチークワークで果敢に立ち向かう！

なのはが試験を担当したのは、なのはも新たに所属することになる新部隊「古代遺物管理部・機動六課」にスバルとティアの引き抜きの話が持ち上がっており、その確認のためだった。
スバルはなのはに直接戦技を教わること。ティアナの志望である「執務官」への勉強に対して、フェイトが教えてあげられること。
それらを合わせて部隊の長・八神はやては2人は勧誘する。
古代遺物関連の機動課は、超がつくほどにハードで、それゆえにエリート部隊。
そのことに悩むティアだが、それぞれの夢のため、新たな部隊への移動を決める。
一方、別世界では、フェイトが保護していた子供たち…。
エリオとキャロが、機動六課所属のため、それぞれミッドチルダへと向かっていた。
魔法の力に恵まれたものの、世間知らずの十歳同士の少年少女。
2人の出会いは、少々ドラマチックなものだった…。

空港火災の現場…命の危機にさらされた幼いスバルを救ったのは、純白の衣装に身を包んだ、時空管理局の魔導師だった。我が身を省みず災害や困難と戦うその姿に心打たれた幼いスバル。
そして4年の時が過ぎ、スバルは管理局の陸戦魔導師になっていた。今日は訓練生時代からのパートナー・ティアと一緒に魔導師ランクの昇格試験。
上空のヘリから2人の試験の様子を見守るのは、本局の陸上二佐・八神はやてと若手ナンバーワン執務官・フェイト・T・ハラオウンの2人。
始まる試験、実践さながらの激しい試験の中。好調に進んでいた試験は、不意にトラブルに見舞われる。パートナー・ティアの負傷。残り僅かな試験時間。
「諦めるしかない」状況の中、スバルは決意をする。親友の夢をつまづかせたりしない。自分があこがれた「あのひと」は、こんな状況でも決して諦めたりはしない。
懸命な努力と勇気で、試験のタイムアウトはかろうじて避けるスバルとティア。勢い余って、ゴールを突き抜けて落下しそうになる2人を助け、試験の終了を告げたのは、スバルが憧れ続けていた「あのひと」…。
時空管理局武装隊、航空戦技教導隊。空の魔導師たちのエースオブエース。
高町なのは、その人だった。