小さな頃から、妖怪といわれるものの類を見ることができ、そのため周囲から疎まれてきた夏目貴志。ある日、妖から追われ逃げ込んだ神社で、招き猫の姿をした妖に出会う。
「斑」という名のその妖から、妖たちは夏目を祖母のレイコと勘違いしていること、名前を返してもらいたがっていることを聞く。レイコの遺品の中にあった「友人帳」という名の綴り、それは、夏目と同じように妖を見ることができたため人間から疎まれたレイコが、その寂しさから、妖たちを隷属させる証として名前を書かせたものであった――。

祖母レイコの遺品「友人帳」を手にした夏目は、用心棒である妖「ニャンコ先生」の力を借り、妖たちに名前を返していくことを決める。そんな夏目の前に、名前を返してほしいと現れた小さな妖「露神」。名前の返還に応じようと友人帳を手に取るが、名を示した頁は次の頁とくっついていた。名を破られれば身は割け、名を燃やされれば身は灰になる。くっついた頁の名を持つ妖を、ニャンコ先生・露神と共に、夏目は探し始める。

釣りをしようとダム湖にやって来た夏目達の前には、水没した廃村が姿を現していた。そこで何者かに取り憑かれ意識を失う夏目――。
夏目にとり憑いたその妖怪は、村が再び水底に沈む前に、遠くから一目だけでも会いたい人間がいるという。夏目の協力もあって、ついに探し人に会うことが叶うのだが…

勉強合宿に出かけた夏目は、森の中で妖怪に苛められている「子狐」と出会う。怯えて途端に姿を消した「子狐」だったが、自分を助けてくれた夏目のことが気になる様子。
そして、夏目が「友人帳」を持つものだと知ると、自分の名前を差し出し、子分にしてほしいと頼む。

ある沼に蛍を見にやって来た夏目とニャンコ先生。そこにいたのは、沼を見つめる男性と彼に寄り添うようにしている妖だった。その男性はかつて妖を見ることができたこと、ある日突然その目が妖を映さなくなったことを聞いた夏目。自分にも彼のようにずっと望んできた解放の時が訪れるのか。もう妖を見ることのない男性が、何故この沼に来ているのか知りたいと思う夏目は――。

ある日突然、夏目の前に現れた“仲間”を名乗る男「名取周一」。彼もまた、夏目と同じように妖怪と呼ばれるものの類を見ることができた。表の顔は俳優、裏の顔はあやかし祓い。夏目にお祓い家業を手伝わないか、と誘う名取には、妖怪への憎しみが見えた。同じモノを見て、同じ痛みを越えて来た筈の夏目と名取だが…

夏目とケンカをして、藤原家を飛び出してしまったニャンコ先生。
中級妖怪達に陰口をたたかれ八つ当たりをしたり、女子高生姿で西村・北本に絡んだり…
そんなニャンコ先生の前に現れた妖怪「猿猴」は、ニャンコ先生が夏目と縁を切ったと聞きつけ、「友人帳」を夏目から奪うと言う。夏目はともかく、友人帳を奪われる訳にはいかない、と帰路を急ぐニャンコ先生が見たものとは…！

ひょんなことからニャンコ先生が妖怪であることを田沼に知られてしまった。訳を訊ねる田沼に対して、巻き込みたくないという思いから、できることなら隠していたかった夏目は本当のことを話せないでいた。
そんな時、神社のお祭りにニャンコ先生を忘れてきたことに気付く…！

小さな頃から、妖怪といわれるものの類を見ることができ、そのため周囲から疎まれてきた夏目貴志。
用心棒の妖・ニャンコ先生と共に、祖母レイコの遺品「友人帳」に書かれた妖怪達の名前を返す日々を送るうち、少しずつ、レイコのこと、妖のことを知り始めていた…。ある日、ニャンコ先生にそっくりの黒ニャンコ先生に「友人帳」を奪われてしまった夏目は、妖怪達の大切な名前を取り返すため、必死にその後を追う。
妖怪の宴に向かったと聞いた夏目は、自分の危険も顧みず、その宴に向かうとニャンコ先生に告げる。

夏目の姿を遠くから見つめる気の弱そうな妖が現れるが、夏目と目が合うや逃げ出すしてしまった。再び現れたその妖「霧葉」に追ってくる理由を聞くと、友人帳の名を返してほしいのだという。名前の返還に応じる夏目だったが、友人帳は反応するものの、どの頁も示すことなく再び閉じてしまった。霧葉曰く、レイコが50年経ったら名前を返すと言って、森の木の枝に結んでしまったという。結んだ紙をとるな、とレイコに脅されていたと聞いた夏目は、探し出したらその理由がわかるのではと思い、霧葉と森にやってくるのだった。

散歩中のニャンコ先生を迎えに来た空き地で、地面に何かを一心に描く少女を見かけた夏目。声をかけると夏目の名を呼ぶなり、慌てて走り去ってしまい、その後には見慣れぬ陣が残されていた。
翌朝、夏目は突然現れたちょびひげの妖怪に、人間の娘が不吉な陣を書き歩いているので止めてほしいと頼まれる。チョビ髭に連れられて向かった場所には昨日の少女がいた。夏目の同級生で「多軌」と名乗るその少女は、夏目が妖怪を見ることができると知っており、力を貸してほしいというのだった。

自らの描いた陣に入った妖の姿を見ることができる少女「多軌透」。夏目の同級生である彼女は、ある日偶然目にした妖怪に祟りをかけられ、人と話すことすら許されない生活を送っていたという。
夏目はその祟りをとくため、多軌・ニャンコ先生と妖怪探しを始めるが、突然その妖怪に捕らわれてしまう。必死にその場を逃れたものの、その目は妖怪を映さなくなってしまった。さらに困難を極めることとなった妖怪探しに不安を募らせる夏目達。そんな時、夏目の耳にささやきかける姿なき不気味な声が…

藤原家の門の前に残された足跡と落書き。おそらく妖怪のものであることに不吉な予感を覚えた矢先、家の中で奇怪なことが起こり始める。藤原夫妻に何か起こることを恐れる夏目は、かつてこの家で同じようなことがあったということを滋から聞く。そしてそれは、滋がある人に出会ったことで治まったという。その人のことを尋ねる夏目に、滋が子供の頃の話を語り出す――

夜ごと謎の物音や妙な声が聞こえると言われる洋館にやってきた夏目。子供のもがく声のする方に行ってみると、棺のような箱にランドセルを背負った少年が閉じ込められていた。箱を開けるなり泣きながら走り去った少年の残した名札を手に、その少年「カイ」を探す夏目は、カイがお化けに追われているらしい、という噂を耳にする。本当に妖怪を見て、そして追われているのならば守ってやりたいと思う夏目だが…

カイを追っていたのは妖だけではなかった。名取もまた、カイを追っており、妖であるカイを退治しに来たという。突きつけられた事実を受け入れることのできない夏目に対し名取は、「自分にとって大事なのが人か妖か決めるべきだ」と告げる。
カイが本当に妖なのか…。カイを探す途中、名取の罠に襲われた夏目を救ったのは、到底人のものとは思えないカイの力だった。自分を祓うだけでなく、夏目をも傷つけようとした名取に怒りを向けるカイは、ついに妖としての力を露にする。夏目にとって大事なのは人か、妖か…

西村、北本との帰宅途中、妖怪が見えるという夏目の秘密を知っているかのような口ぶりで声をかけて来た柴田という少年。かつて夏目と同じ小学校だったことがあるという柴田に連れられ、隣町の公園にやって来た夏目は、そこで村崎という女子高生に会う。どうやらその村崎という女の子に思いを寄せている柴田は、その子が本当に人間か、と夏目に尋ねる。そんな柴田を笑い飛ばす夏目だったが、その夜、村崎が妖怪だという夢を見てしまい…

神社のお堂で血を流し倒れている妖怪達の姿を見た夏目。着物姿の人影に襲われた夏目を助けた妖怪から、血を奪われる妖怪が続出していると聞いた夏目は、仲間のためにも力を貸してほしいという妖怪の言葉に心が揺れる。
妖怪の血を奪うような猟奇的な相手…、人間の中にも妖怪の血を使って術を行うものもいると聞いた夏目は…

妖怪の血を奪う人間を突き止めようとしていた夏目は、ついに祓い屋一門の頭首・的場静司と出会う。名取の助けもあって事件を調べ始めたが、的場の式に襲われ捕らわれてしまう。目的のためなら容赦なく妖怪を使うという的場から、妖怪の血は大妖怪の封印を解くために使えるのだと聞いた夏目は、自分とも、ましてや同じ祓い屋である名取とも、あまりに違う立場で妖怪と接している人間がいることを知る。

夏目の元に現れた面をつけた妖怪、名前を取り返しに来たのではなく、その目的は夏目自身にあるようであった。出会った途端、その妖怪にあてられ倒れてしまった夏目。かつてその妖怪とは会ったことがあるという。それは、塔子と出会い藤原家に引き取られる少し前のことだった…

テストを終え、次の休みに出かける相談をする夏目たち。どこに遊びに行くか話しているうち、子どもの頃の遊びの話になり、仲間に入れてもらえず見ているだけだった影踏み鬼を思い出す。
翌日、夏目は妖怪たちの宴会に強引に連れて来られ、盛り上がった妖怪たちに、人の子の遊びをやろうと言われる。つい口にした影踏み鬼を妖怪たちとやってみることになるのだが…

小さな頃から、妖怪と言われるものの類をみることができ、周囲から疎まれてきた夏目貴志。祖母レイコの遺品「友人帳」に書かれた妖怪達の名前を返す日々を送るうち、たくさんの友人や大切な場所を手にしていた。しかし、多くの妖怪を統べることのできる友人帳を狙う妖怪は多く、ある日、猿面の妖怪達に襲われ、彼らの住む森へと連れ去られてしまう。用心棒の妖怪・ニャンコ先生と共にその森から去ろうとする夏目だったが…

東方の森でニャンコ先生を探すうち、的場静司にとらわれてしまった夏目。再び対峙した夏目と的場…。人と妖、たくさんの友人に囲まれ過ごす夏目には、的場が放つ言葉は全く相容れないものであった。合流したニャンコ先生と共に、的場の屋敷から脱出を試みるものの、的場に壺の中に封印されてしまった猿面の妖怪と共に、再び捕えられてしまう。一方その頃、夏目が姿を消したと知ったヒノエと三篠は、東方の森へと向かっていた。

塔子の声真似をした妖怪が、家に入り込んでしまった。友人帳に名のある「カリカミ」という妖怪を呼び出したいのだという。夏目をえさに「カリカミ」を呼び出そうとする「ヨビコ」と名乗るその妖怪は、夏目に、「カリカミ」は古紙を修正する力を持つ妖怪であること、雨ざらしで開くことのできない手紙を開いてほしいということ告げ、その理由を語りだすのだった。

最後に一度だけ、幼い頃に父と過ごした家を見に行きたいと塔子たちに告げ、夏目は三世子という少女のいる親戚の家に、鍵を受け取りに向かっていた。しばらくお世話になっていたことのある地で、かつての記憶を辿りながら思いを巡らせる夏目は、その家に妙な妖怪が住みついていたことを思い出す。

三世子の家に住みついていた妖怪ムシクイに、心の中に入りこまれてしまった夏目。その意識は遠い記憶の中に迷い込んでいく。それは三世子の家で暮らした頃の、辛い悲しい記憶…。どこにも居場所がなかった夏目は、辛くても両親の写真を見ることさえ堪え、さみしくないと自分に言い聞かせていた。だが本当は何度も何度も呼んでいたのだった。どんなに呼んでも手が届かないものがある。そしてもう呼ぶのはやめると決めたのだった――。

ある雪の日、夏目は小さな雪だるまのような妖と出会う。その妖はあたたかいものを探しているというが、夏目には何を探しているのかがわからない。モコモコと名付け、話を聞くと、夏目の家にはたくさんのそのあたたかいものがあるという。モコモコが触れたものは全て凍ってしまうため、寒い寒いと嫌がるニャンコ先生を尻目に、夏目はモコモコの探し物を一緒に探しにいくことにする。