第61話「急襲！ボトルコレクターズ」

イーグルシティの市長に新しいリーダーとして紹介されるマスターシャドー。着々と支配を進めるマスターシャドーは、ニンジャによる統治でイーグルシティを理想の都市にしようと、さらなる計画を実行する。そして彼の理念に賛同するボトルコレクターズの面々は、それぞれの思いを胸に再びＷＮＡアカデミー生徒たちと対峙するのだった。

第60話「衝撃！仮面の下の真実」

隕石保管室に隕石を奪いに来た２体のスペースニンジャが外からその扉を開けようとしていた。そこへ、スクラップサーベルを振りかぶったルーシーが現れ、２体は隕石保管室の中へと吹っ飛ばされる。その時、スペースニンジャの１体が誤って、隕石保管室にいたヘビマルを丸のみすると彼らは光に包まれ、謎の生命体ダークニンジャが誕生する…

第59話「決闘！バートンVSダン」

シャドーニンジャの警備をかいくぐり、市議会議事堂に忍び込んだマックス。市長と市議たちが集まり、マスターシャドーによるイーグルシティ統治を受け入れようとしている。その報告を受けた源柳斎の前で、カッペイは「マスターシャドーを倒せばいい」と言うが、バートンは「ちゃんと話し合った方がいい」と訴える。しかし源柳斎もバートンの意見に懐疑的な反応を示し…

第58話「イーグルシティ独立宣言」

服部ハンゾウの血を引くバートンは、無意識のうちに鬼のハンゾウの力を使いダンに攻撃を仕掛けたことに思い悩んでいた。そんなバートンに源柳斎は、自分の運命を受け入れ、その力を今回起きている騒動を治めるために生かすべきだと声を掛ける。その時、エマがやって来てタブレットを見せると、そこにはイーグルシティ各地で暴れるスペースニンジャたちの姿が映っていた…

第57話「アカデミー攻防戦！」

ＷＮＡアカデミーでは、シャドーニンジャの襲撃を防ぐため生徒たちがバリケードを作っていた。一方、イーグルシティの一角、古い工場街にある廃ビルの屋上にロンとジェーンの姿があった。ジェーンはＰＣでＷＮＡ本部の様子をうかがい、ロンは街並みを眺めている。すると、ロンの目に何かが留まる。それは、周囲に気を配るように移動するチョコミン…

第56話「ギブミー！ニンジャガム！」

ＷＮＡ本部はシャドーニンジャに占拠され、幹部や大勢の職員たちは監禁される。マスターシャドーはＷＮＡが手中に収まったことに満足し、ダンはそんな彼の考えに心酔していた。一方、アカデミーでは源柳斎の号令のもと、本部から逃れて来た御庭番衆や生徒らが集められる。するとそこへ、忍者装束を着た男が！　マスクを外した男はなんと、バーンの父・マックスであった…

第55話「我が名はマスターシャドー」

エマは、ルーシーがアカデミーに戻る意思が無いことをバートンたちに告げると、話題を変えるかのようにカボチャ畑の手入れをしようと提案。その頃、ＷＮＡ本部の会議室にいたブルースは、呼び出されたのにほったらかしにされたことに怒り、部屋を飛び出す。すると御庭番衆に遭遇するが、本来こんなところに御庭番衆がいることはないはずとブルースが考えていると…

第54話「断崖（がけ）の上のルーシー」

ある夜、車を走らせていた2人組の女性たちは、道に佇む少女に声を掛けた。すると少女は眼帯を外し、不敵に笑う。そして瞳が光ると、女性たちが乗る車はガタガタと揺れ始めた！　一方エマは、忽然と姿を消したルーシーを見つけようと、戦いの爪痕が残るオペラ座の前で、行き交う人に写真を見せて手がかりを探していた。しかし、なかなか手がかりは得られず…

特番「アニメもゲームも特訓も!?　ニンジャラ・ニューヨークアカデミー」

1月21日と28日はアニメ「ニンジャラ」の魅力をニューヨークのお二人や「ニンジャラ」の声優のみなさんと深掘りする特番をお送りします！ニンジャラの世界観を「ニンジャラ部」の芸人さんたちが特訓しながらお伝えするコーナーも！アニメ「ニンジャラ」をこれまで見逃していたあなたもこれさえ観たら、追いつけること間違いなし！

■出演：
ニューヨーク（嶋佐和也、屋敷裕政）
津田篤宏（ダイアン）
Everybody(タクトOK!!、かわなみchoy?)
鬼頭明里
小林由美子
井上ほの花

■ロケ出演：
長谷川忍（シソンヌ）
奥山かずさ
インポッシブル（えいじ、ひるちゃん）
レインボー（ジャンボたかお、池田直人）

第53話「ＷＮＡ解体命令!?」

解放されたルーシーの力により崩れていくオペラ座で、ロンとアレンは互いの武器をぶつけ合う。多くの犠牲を生み出してきたアレンの野望を終わらせるため戦うロン。徐々にアレンの力が弱まっていき、ついにロンの一撃でアレンは倒される。ハロルドは保護され、事件は無事収束するが、バートンはあることに気付く。隕石が無くなっていたのだ！　また、そこからルーシーの姿も消えていた…