サトシとピカチュウたちは旅の途中、
“なんでも取り出すことができるリング”を持つ、幻のポケモン・フーパと出会う。
いたずらっ子のフーパは、その不思議なリングでいろんなものを取り出しては、
みんなを驚かせて楽しんでいた。
無邪気なフーパと仲良くなったサトシたちは、一緒に旅をすることに。
一方、砂漠の街デセルシティでは、かつて街を壊したポケモンが封印されているという
「いましめのツボ」に異変が起きていた。
ツボからは邪悪な気配がただよい、やがて大きな影となっていく。
徐々に姿をあらわす影の正体。それは――フーパ本来の「ときはなたれしすがた」＝「超フーパ」だった！
なんと、かつて街で大暴れしたポケモンの正体は超フーパ。
ツボに封印された強大な力が長い時を経て”怒り”へと変化し、
ついには黒い影をまとった超フーパとして蘇ってしまった！
解き放たれた超フーパは暴走し、リングから伝説のポケモン、ゲンシグラードン、
ゲンシカイオーガ、ディアルガ、パルキア、ギラティナ、そしてキュレムを呼び寄せた！
このままでは街が危ない――。
フーパは街を守るため、リングで新たに伝説のポケモンたち”おでまし”した！
まさに「伝説vs伝説」！そのバトルは、地を裂き、海を割り、空間をも歪ませる！
サトシたちは、デセルシティを守ることが出来るのか!?
フーパと超フーパの戦いの行方は！？
今ポケモン映画史上もっとも壮絶なバトルが始まる！
世界初！ポケモンの鳴き声による大合唱！！
ポケモンたちが素敵なハーモニーを奏でるよ♪
ピカチュウたちは、無事演奏できるかな？