大自然が生んだ驚異の産物…ピュアズ渓谷とよばれる大渓谷。おちついて住める場所をもとめる「幻のポケモン」ミュウツーは、人をよせつけないこの大渓谷で、コピーポケモンたちとともにかくれ住んでいた。

　ジョウトリーグ出場をめざして旅をつづけるサトシたちは、けわしい自然を目の前にぼう然としていた。谷をまともにこえるのはむずかしく、巡回バスのみがたより。そのバスに乗るため、サトシたちはバス停へと向かうが、すんでのところでバスを逃してしまう。こまりはてたサトシたちは、そこでルナという自然学者に助けられる。週に１度しか来ないというバスに足止めを食らったサトシたちは、ほかのルートで先に進めないか挑戦するが、川ぞいのルートであえなく失敗。

　時を同じくして、ピュア川に流れる特殊な力を持つ水を研究する医学博士・ペニシリーナと研究員のドミノがルナの家をたずねてくる。２人は目の前にそびえるケーナ山に登り、水源の調査に行くという。しかし、そこにロケット団が現れて、サトシのピカチュウを連れて行ってしまった。ピカチュウをすくい出すため、サトシたちはルナを先頭に山を登るが、いっしょに来たドミノが何かを発見して…。