ミュウツーを見つけたドミノは、実は、「黒いチューリップ」と呼ばれるロケット団精鋭部隊のメンバーだった。

　ドミノに気球をわられ、気球とともに落下したロケット団とピカチュウは、ピュアズ渓谷のガケに落ちてしまう。そこにあらわれたのは、ピカチュウにそっくりなコピーポケモンのピカチュウだった。静かにかくれくらしているコピーのピカチュウは、この渓谷に人間を連れ入れてきたピカチュウに対し、怒りをあらわにするが、ミュウツーがその怒りを静める。そんなミュウツーは、自分たちの生きる場所をつかみ取るための戦いが始まるのを予感していた。そして彼らの元にはロケット団の精鋭部隊が近づいているのだった…。

　一方、ピカチュウとはなれて水面に落ちたサトシたち一行は、ピカチュウ救出のために船をつくり、ピカチュウの乗る気球が飛んでいったと思われる島へと向かう。そして島にある美しい湖で、ペニシリーナはその湖の水がピュア川の源であることを発見する。