ミュウツーの前にあらわれたロケット団精鋭部隊は、コピーポケモンたちを傷つけてとらえてしまった。そして彼らは、コピーポケモンたちをおとりにミュウツーをおびき出し、実験材料にしてしまうという。
ミュウツーは仲間を守るため、コピーポケモンたちが止めるのも聞かず、ロケット団精鋭部隊の機械がはなつ光の中へと入っていく。その光は、ミュウツーの精神を制御し、その心を意のままに変えてしまうというものだった。光の中で苦しみもがくミュウツーは…。

　一方、ドミノに連れられたサトシたちとポケモンたちだったが、ピカチュウとコピーピカチュウが体力の限界に達し、たおれてしまう。ところがペニシリーナが、ルナがサンプルにとっていた泉の水をピカチュウたちに飲ませたところ、すぐに両方のピカチュウとも元気を取りもどす。ペニシリーナはこの水のすごさをあらためて思い知るのだった。
はたして、死がせまりつつある状態のミュウツーの運命は…？
そしてピュアズ渓谷は元の平和を取りもどせるのだろうか…？