ニビジムの元ジムリーダーにしてトップリーダーをめざす男・タケシ。長かったジョウトの旅を終え、サトシと別れたタケシは、ひさしぶりに故郷ニビシティに帰ってきた。

　旅のつかれをいやすべく家にもどってみると、ニビジム内は大変なことになっていて大さわぎ！　家族にあたたかく出むかえられるどころか、タケシは家族内のバトルにまきこまれてしまう。

　タケシはこの事態をどう切りぬけるのか？