ポケットモンスターXY&Z

ミアレシティで行われている釣り大会に参加したシトロンとユリーカは、そこでポケモンソムリエの旅人デントと出会う。プリズムタワーへ行きたいというデントを案内することにしたシトロン達は、デントの希望で地下鉄で移動することに。ところがそこでアクシデントが発生！無人の試験車両がユリーカを乗せたまま走り出してしまった！どうするシトロン&デント！？

ゼルネアス、イベルタル、そしてジガルデ…カロス地方の伝説のポケモン。今回はカロスの神話に語られし時代、伝説のポケモンの謎に迫る特別編。プラターヌとパンジーはカロス地方で最近発見されたという遺跡を訪れる。遺跡から発見された石像が、伝説のポケモンにまつわる神話の謎を解く鍵となるかもしれないという…。

いよいよやってきたお別れの日、サトシたちは空港でいつの日か必ず再会することを誓い合っていた。ところが、飛行機の搭乗時間が迫るなか、デデンネが逃げ出してしまう。まだまだ幼いデデンネは、みんなとお別れするのがイヤだという…。そんなデデンネにユリーカが言ったこととは？

ヌメルゴンとお別れするため、湿地帯へと出向いたサトシたち。湿地帯からの帰り道で、フレア団事件で猛威をふるった暴走する植物と遭遇する。驚きつつもサトシゲッコウガの助けを借りて撃退したサトシだったが、なんとそこにクセロシキが現れた！そして不意をつかれたシトロンがさらわれてしまい・・・！？

着々と復興が進むミアレシティ、セレナは事件のことで落ち込み、疲れきった人々の心を元気づけるため、トライポカロンのスペシャルステージを企画する。今後の旅について悩んでいたセレナは、自らのパフォーマンスをみて笑顔になる人々を目にしたことや、ひょんなことからサトシとバトルすることによってある決断を下すことになる…。

フレア団事件もひと段落し、少しずつ復興しはじめたカロス地方。シトロンもジムの復興やシトロイドの修理に大忙しだ。いよいよジムの再開を翌日に控えたある日、一人の少年が尋ねてきた。彼は以前シトロイドにジムバトルを挑んだが負けてしまい、リベンジをするために来たという、彼の挑戦を受けるべきか迷うシトロンだったが…？

「進撃する巨石！カロス防衛線!!」
シトロンとユリーカの活躍により、暴走を止めたジガルデ。そしてサトシはついにフラダリを打ち破る。これで事件解決か・・・そう思われた直後、フラダリラボにあった巨石に異変が！なんと巨石が変形して動き出したのだ。はたして巨石の向かう先にあるものとは？大ピンチのピカチュウたち、そこへ驚きの助っ人が！？

「反撃のジガルデ！カロス最終決戦!!」
ハリさんを助ける為、この星を救う為、サトシ達は圧倒的な力を誇る巨石に挑む。仲間たちが活路を開き、遂にサトシとアラン巨石に侵入、ハリさんを助け出す。後は巨石を止めるだけ、しかし中々止まらないこのままではカロスが、世界が危ない！！絶対絶命のピンチに、あの伝説のポケモンが動き出す！！

フレア団の事件の被害は留まるところを知らず拡大していく。マノンと共にハリさん救出の為フラダリラボへと向かったセレナの前に現れた、強力な助っ人とは！？そして、ミアレジム奪還を目指すシトロンはシトロイドと共にプリズムタワーへ潜入することに成功し、科学者としての誇りをかけ、クセロシキにバトルを挑む！

フレア団の計画を阻止するため、シトロン達は複数に別れて行動することに。５０％フォルムとなり、暴走するＺ２と対峙するプニちゃんを追うユリーカ。しかしそこへフレア団の魔の手が！Ｚ２に続きプニちゃんまでもがフレア団に操られようとしていた！更に、フラダリはサトシとゲッコウガに強い興味があるようで・・・？

突如として現れた謎の植物の襲撃により、ミアレシティは壊滅状態に陥ってしまう。サトシ達は事件の真相をつきとめようとプリズムタワーへ向かおうとするが、フレア団の奇襲にあい、サトシが捕らわれてしまう！そして遂にフラダリが全世界へ向けて己の野望を発信した！！