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高校生になったミラクル☆キラッツの三人はこれまでと変わらない、でもプリ☆チャンによって少しだけ変わった日々を送っていた。そんな中、プリズムストーンが大型リニューアルのため、一時閉店するとめが姉ぇから知らされる。みらい達はキラッCHUの提案で、プリズムストーン改装のニュースを、カガヤキ・コーポレーションのイブとアリス、プロードウェイのリングマリィ、そして別の高校に進学したメルティックスターに知らせに行く事に。

プリ☆チャンは元に戻ったが、そこでソルルから明かされたのはプリ☆チャンの真の危機、宇宙からやってくるバグホールの存在だった。バグホールに飲み込まれれば、バーチャルもリアルもプリ☆チャンの未来も全てなくなってしまう。それを防ぐ為にソルルは行動していたのだ。真実を明かした後、ソルルとルルナは宇宙へ向かいバグホールに立ち向かうが、予想を超えたバグホールに太刀打ち出来ず、追い込まれてしまう。みらいたち、プリ☆チャンアイドルは彼らと、自分達の未来の為に立ち上がる。

禍々しいプリ☆チャンキャッスル内部に、何とかたどり着いたミラクル☆キラッツとキラッCHU。待ち構えていたルルナは、管理され間違いの起きないプリ☆チャンの何が不満なのか、失敗しない世界こそ幸せではないか、と反対する４人を問い詰める。ルルナとソルルの黒いライブに飲み込まれ、キャッスルコーデの能力も弱まり、キラッCHUも再び捕まってしまう。果たして４人の思いはルルナとソルルに届くのか、そしてキラッとした「わからなかったらやってみよう」と言うプリ☆チャンを取り戻せるのか！？

ついにイルミナージュクイーンが決まり、パレードが開催されようとした瞬間、キラキラしたプリ☆チャンキャッスルは禍々しい姿へと反転し、フロートを飾る灯りも全て消える。そこに失踪していたルルナが現れ、新しいプリ☆チャンへ生まれ変わらせることを宣言する。そんなルルナに付き従うソルル。新しいプリ☆チャン、それは厳格に決められたルールの元で、プリ☆チャンアイドルの活動、配信の全てがマスコットによって管理されると言うものだった。

イルミナージュクイーンを決めるクイーンズ・グランプリもいよいよ終盤。アリスとイブのデュオグループ・アライブ、そしてミラクル☆キラッツのライブが終わり、出場グループ全てのライブが終わる。世界中から集まったいいね！が卵型のオブジェ、キラッとクイーンエッグに集まっていく。そして、いいね！で満たされた卵が割れ、そこからたくさんの輝く小鳥たちが羽ばたく。果たして、どのグループの元に小鳥は降り立ち、イルミナージュクイーンに輝くのか！？

ついに、プリ☆チャンキャッスルでイルミナージュクイーンを決めるクイーンズ・グランプリが開幕される。プリ☆チャンランドのそれぞれのエリアでプリンセスとなった五つのグループは、マスコットの引いたタマゴクジに書かれた数字の順番でライブを行っていく。トップバッターを引いたのはＷだいあ、そしてリングマリィが続き、３番目はメルティックスター。その時、ミラクル☆キラッツはメルパンから秘密の相談を打ち明けられる。

クイーンズ・グランプリの準備が大詰めを迎え、各グループが特訓に励む中、ミラクル☆キラッツはドリーミーライスエリアにできた映画館プリ☆チャンシネマに、キラッCHU主演、脚本・監督めが兄ぃによる映画『ライブドキュメンタリーOFプリ☆チャン』を観る為にやってきた。姿を変えられたキラッCHU姫が元に戻るため、様々なキラッとしたプリ☆チャンのライブを見ていくと言うこの映画、みらい達はスクリーンに映し出される様々なプリ☆チャンアイドルのライブを見ながら、自分達の原点を思い出す。

クイーンズ・グランプリに備えて、特訓に励むメルティックスター。そんな中、宇宙ステーションで働いていためるの両親が、全宇宙をプリ☆チャンでつなげる巨大プロジェクトPGUPにめるを誘うために地球に帰還する。その場の勢いでめるの宇宙行きは決定され、訓練基地に同行してしまう。あんなとさらは、めるも両親と一緒の方が良いのではと気遣い、めるは2人の不在に物足りなさを感じながら両親の頼みを断れない。メルパンはすれ違ったままメルティックスターがバラバラになってしまうのでは、と心配して……

カガヤキ・コーポレーション海外支部からプリ☆チャンランド経営改善の為にやってきた監査役はドリーミーライスエリアの存在により新しいアトラクション建設が止まっている事に気付き、エリアの閉鎖を決定する。ただし、期日までにエリア人気を100倍にし、収益を出せるのであれば、エリアの存続を考えても良い、と提案する。その提案を受けたゆいと、ゆいのマスコットは奮闘するが作戦はどれも空回り。エリア人気も変わらない中、ついにはゆいも疲労から倒れてしまい……

全てのエリアのプリンセスが異なるという事態の中、ムーンライトマジックエリアのプリンセスを辞退したイブに代わるプリンセスの選出が指名制であることが発表される。ミラクル☆キラッツは、めが兄ぃから順番に特別なヒントが公開されるという情報を受けて、その発表を盛り上げる為に配信を始める。ヒントは続々と公開され、プリ☆チャンアイドル達はもしかして指名されるのは自分達ではないかと、心を躍らせる。そしてついには指名されるグループの特定ができるビッグヒントが公開される。