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狂気のヒーロー・愛染マコトが変身する難敵、グルジオキングに敗れてしまい、兄・カツミと弟・イサミの兄弟ウルトラマンの喧嘩には拍車がかかる。グルジオキングに立ち向かうも、二人の息はバラバラ。爆撃骨獣の大砲が火を噴き、絶体絶命のピンチに！　そこに駆けつけたのはなんと妹・アサヒ！　彼女の言葉が届くその時、ウルトラマンロッソとブルは金色に極まる！

父・湊ウシオの「君はだれ？」という言葉にかんかんの妹・湊アサヒは、偶然出会った謎の女・美剣サキの一言で、あることをひらめく。いつの間にかサキは去るも、アサヒの目の前には２つの新たなルーブクリスタルが。それを見た兄達は、意見の食い違いから喧嘩を始めてしまう！　突如出現した超弩級の難敵グルジオキングを前に兄弟ウルトラマンの息は全く合わず窮地に陥る！

自分だけ秘密を知らないなんてハッピーじゃない！　と詰め寄る妹・アサヒに、兄・カツミと弟・イサミは激闘の記憶を語る。ルーブジャイロとの出会いや、数々の危機と、それを乗り越えてきた成長……。一方で、父・ウシオは胸の中で引っかかるものを感じ、不安を払拭するかのように家族の思い出の品を確かめ始める。やがて、ウシオの不安は一つの言葉となって漏れてしまう…。

神出鬼没の青き瞳の女。制御不能な暴獣「ホロボロス」に大慌ての愛染マコト。家族の平穏を願い物思いにふける父・ウシオ。戦慄の渦中で驚愕の真実を知ってしまう妹・アサヒ。そんな彼らが取り巻く兄・カツミと弟・イサミの兄弟ウルトラマンが守るべきものとは？　彼らが再び立ち上がる時、『ウルトラマンＲ／Ｂ』は物語後半に向けて急展開を迎える！

暴獣ホロボロスに兄弟ウルトラマンが敗れ、絶望の中立ち尽くすしかない人々の前に、真のヒーローが現れる。その名は「ウルトラマンオーブダークノワールブラックシュヴァルツ」。カツミとイサミの兄弟ウルトラマンは、オーブダークの活躍の裏に隠された策略を阻止すべく、再び立ち上がる。しかし、そこに青い目をした黒服の女が姿を現す…。

家族揃ってピクニックに出かける湊家。久々の休息に闘いを忘れ、一家だんらんのひと時を味わう兄・カツミと弟・イサミ。穏やかなひと時の中で、大切な家族を守らねばと二人が改めて決意した矢先、平穏を切り裂き"アイツ"がまた現れる！　二人への新たなる試練、暴獣「ホロボロス」の恐怖の爪が、兄弟ウルトラマンに襲いかかる！

ウルトラマンオーブダークに完全敗北を喫した、湊カツミとイサミの兄弟。完膚なきまでに叩きのめされた彼らを尻目に、オーブダークは綾香市の人々の心を捉えていく。己の未熟さを痛感した兄弟が出した答えとは？　さらに明かされるオーブダークの真の狙いとは？　激怒に震える兄弟ウルトラマン＝ロッソ・ブルのリターンマッチが始まる！

綾香市を守るヒーローとして市民の賞賛を得ている兄弟ウルトラマンのロッソとブル。しかし綾香市には、そんな二人をどうしても許せない者がいた。この街のスター・愛染マコトだ。
彼は突然兄弟を呼びつけ、”あるもの”を突きつける。そして衝撃の中、ついに漆黒のウルトラマンオーブが爆誕する！

弟・イサミがウルトラマンブルに変身できない！？　先の戦いで、一歩間違えば子供の頃からの恩人を死なせていたかも…という恐怖に取りつかれるイサミ。そんな弟の葛藤を知り、現れた怪獣にひとりで立ち向かう兄・カツミ。イサミは失意のどん底から抜け出し、再び怪獣に立ち向かえるのだろうか！

あのコマ姐が帰ってくる！　その人の名は小牧カオル。やんちゃだった湊カツミとイサミの兄弟が、子供の頃よく世話になった元警官だ。宿敵、そして恩人との４年ぶりの再会に、胸を躍らせる兄弟。しかし彼女は突如出現した怪獣メカゴモラに囚われてしまう！　屈強なロボット怪獣に、兄弟ウルトラマンはどう立ち向かう！？