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空を飛ぶことに執念を燃やす二宮ユウハは、大学でひとり造り上げた翼で夢に挑戦するも、失敗続きでいつも怪我をしている。そんな同級生の無謀な挑戦に巻き込まれ、共に空を目指すことになった湊イサミの前に、嵐を巻き起こす怪獣グエバッサーが出現！　新たな風の力で戦えイサミ＝ウルトラマンブル！

ピッチャーとして名を馳せた元高校球児の兄・カツミ。家族のためにプロ入りを断念した過去がある彼は、所属する草野球チームの監督（平泉成）の引退試合に闘志を燃やす。だが、怪獣との戦いで負ったケガが投球にひびく。そんな彼に監督がかけた言葉とは…。ピッチャーとして、そしてウルトラマンとしての使命を果たすべく、カツミの決意と共に戦いが始まる！

物語の舞台「綾香市」にそびえ立つ大企業「アイゼンテック」の愛染マコト社長を訪ねたカツミたち三兄妹は、最新のテクノロジーに歓喜する。そんな中、失踪した自分たちの母親が、かつて愛染社長と共に「ある」研究をしていたことも明かされ驚きを隠せない。しかし、街に怪獣ガーゴルゴンが出現。光線で何でも石にしてしまう強敵に兄弟ウルトラマンはどう立ち向かう？

ウルトラマンになる力を得て有頂天になる弟・イサミに反して、兄のカツミは手にした力の大きさを恐れていた。真っ向から意見がぶつかる兄弟。その妹のアサヒは、「ハッピー♪」を口ぐせに、持ち前の明るさとアメ玉で兄たちに癒しをもたらす。そんな彼らの前にまたもや怪獣が出現！イサミはガレキの下敷きになり、動くことができない！　

兄弟ウルトラマン、はじめます！平和な街、綾香市に突如現れた怪獣、グルジオボーン。セレクトショップ「クワトロM」を経営する湊ウシオの息子、湊カツミとイサミ兄弟も、炎を吐く怪獣の大暴れに巻き込まれてしまう！絶体絶命のピンチを迎えたその時…。ウルトラマンに変身する力を得た兄弟、そしてその家族の物語が、今、幕を開ける！