世界を作り変えると宣言し、デジフレを「シェイド」として暴走させたアークルーラー。ジェネシスカンパニーの要請を受けたライトたちは、セブンシャドウズと協力してアークルーラーの打倒を目指す。

ライトたちに与えられた使命は、世界を滅亡へと導く3本のタワー――ガイアタワー、スカイタワー、ワールドタワーの無力化。対シェイド用の「ネグザシステム」を手に入れたライトたちは、シェイドを撃破しながら各タワーを目指していく。

セブンシャドウズに加え、シャドバカレッジの部長たち、そして強力なシャドバプレイヤーも世界のために抵抗を続ける。さらに、かつて世界を救った伝説のプレイヤーたちも、その力を発揮する。しかし、デジタル世界の創造を望む組織「エニグマ」の活性化と、セブンシャドウズの「裏切り者」の存在が、世界に影を落とす――。

アークルーラーとは何者であり、アークとは一体何であるのか。戦いの果てにライトが見いだすものとは――。

「この力で世界を救おう。俺たちならきっとできる！」

世界の命運をかけたシャドバが始まる!!