「オニキス案件」の終焉は、シュウとの別れを意味していた…。その時が迫る中、キャンプ場で怪事件が発生！　被害者は全員何かに怯えている様子で、その原因は怪獣が両手から発する光にあった。その光を浴びてしまったシュウは、一体何を見るのか？　そして、そんな絶体絶命のピンチに現れたのは、謎の宇宙人！？

フジヤマ市分所を離れた後、各地を転々とした中村さんは関西の分所にたどり着く。
出迎えたＡＩロボットは、何と大のウルトラマンアークファンだった！？
新たな凸凹コンビが、近頃起こった騒動を思い出しながら、妄想力を解き放つ！？

轟音と共に大地を割って、ついに現れる封印の証……。
星元市だけでなく地球全体をも飲み込む危機を目の前にして、シュウの口から星元市に隠された驚愕の事実が語られる！？
敵の謀略により希望を失いウルトラマンアークへの変身ができなくなった絶望のなか、ユウマがアークの言葉を強く信じる時、新たな想像力が解き放たれる！！

モニタリング中のモノホーンに再び異変が発生！
調査に向かうユウマとシュウにかけられる謎の言葉と突然の攻撃！？　そこには宇宙からの追跡者の影があり…。
そしてユウマの前に姿を現したアークが語る16年前の真実！！　地球に迫りくる危機が、いま明らかになる…！！

数多くの案件を共に解決してきて、シュウもすっかりSKIPの一員になった様子！　なのだが…、夜な夜な何やら防衛隊への報告レポートを作成しているシュウ。
作業をしている中で今までの怪獣災害の記憶をたどるうち、SKIPの面々も加わってウルトラマンアークの話題で大盛り上がり！！
果たしてメンバーそれぞれのアークへの想いとは！？

ギヴァスの言葉に愕然とするユウマ…。さらにはシュウにも咄嗟に冷たい言葉をかけてしまい自戒の念に打ちひしがれる。
それを救ったのは、ユウマに救われたあの人物だった！？
ギヴァスへの総攻撃を目前に、ユウマは最後の手段としてギヴァスの内部に潜入するのだが、そこで驚愕の真実と向き合うことになる！！

宇宙から突然巨大ロボットがやってきた！？
謎の音とフレーズを繰り返す機械巨像＝ギヴァスは、果たして敵なのか、味方なのか？
ギヴァスの行動から意思があると信じるユウマは諦めずに対話の道を探る。その姿に仲間たちも感化されていくのだが、厳しい現実が立ちふさがる……！？

ユウマの同級生・カズオはアマチュア無線愛好家であり、鬱屈とした日常の中で夜な夜な無線で「フィオ」と名乗る人物と交信することが唯一の幸せな時間だった。
だが、その「フィオ」との交信の電波に誘われ、宇宙からノイズラーが飛来してしまう！
隠された「フィオ」の真実が発覚する時、ユウマはカズオを守ることが出来るのか！？

SKIP本部所属の怪獣分析班・山神と共同作戦を実施する星元市分所のメンバーたち。実は山神とリンはSKIP入所前からの知り合いらしく、久しぶりの再会に懐かしい想いを抱くリン。しかし、実は山神には怪獣細胞横流しの疑いが持たれており、リンは山神を探る秘密の捜査に協力することになるが…。

今度は星元市の経済危機！？
どうやら、最近星元市で流行している電子通貨「ホシペイ」がデジタル怪獣に食べられてしまっているらしい！
SKIP出動！…ってデジタル怪獣にどうやって対処すればいいの！？　「ホシペイ」開発者の力を借り、ユウマとアークは星元市を救うため立ち上がる！！