うだるような暑さにSKIP所員たちは我慢の限界！でもそんな時に怪獣が出現し、ガスを吸収し始めた。
アークのエネルギーをも吸収してしまう怪獣に為す術もない。しかも怪獣大爆発の可能性も出てきて星元市は消滅の危機に！！
謎の少女の言葉を胸に立ち向かおうとするユウマ…。だが、怪獣は一体なぜ現れたのだろうか？

全国各地に配備されているSKIPの分所。
星元市以外の様子は一体どんな感じなのだろうか？
フジヤマ市分所をみんなで覗いてみよう！！
調査員・中村さんとAIロボ・チャッピーの凸凹コンビの活躍を見逃すな！！

怪獣出現の兆候調査に赴いたユウマたちは、山あいにある古びた旅館「あけぼの荘」で不思議な番頭さんと出会う。
過去に宇宙人騒動があった土地ということもあり、いつもよりも鋭い目を向けるシュウに、ユウマとリンはタジタジ…。
そして、旅館に隠された秘密にたどり着いた時、シュウの判断は一体！？

『恐竜博士』として子供たちの憧れの存在である牧野博士が星元市にやってきた！　峠で見つかった新種の化石の調査のためらしい。
ユウマは自分も憧れていた博士にあえると喜ぶのだが、ヒロシは複雑な表情を浮かべる。実は博士はヒロシの恩師だった！　そんな中、一夜にして化石のあった場所が湖と化す現象が発生し…。

リン行きつけの人情あふれる商店街で異変が発生。
その痕跡からネズミの仕業と想定されるが、どうやらただのネズミではなさそうだ！
推測される原因を探るうち、リンたちは恐るべき事態に巻き込まれる…！！　それぞれの想いが交錯する中、想像力でアークが応える！

星元市に現れる恐怖の宇宙怪獣！？
人類に味方する謎の光の巨人！？
ユウマに伝えられた父の言葉の意味…！？
繰り返される終わらない悪夢に立ち尽くすユウマは、強く信じる気持ちを胸に走り出す！！　

森を拓いてマンションを建設中の工事現場で古代遺跡と思われる遺物が発見される！
だが工事現場長の息子であるハヤトは、工事の危険性を必死にユウマに訴えかける。ハヤトが信じる森の伝説の真相とは！？　そしてユウマはハヤトの想いにどう応えるのか！？

飛世ユウマは、怪獣災害の防止、調査、事後処理などを目的とする怪獣防災科学調査所、通称「SKIP」の新人所員である。
「みんなを守りたい」の想いを込めユウマが日々の業務に追われるなか、地球防衛隊から石堂シュウという人物が「SKIP」にやってくる…。
彼らは怪獣シャゴンの動向を追いかけるが、危険な状況に陥ってしまう！？　その時！ユウマの前に現れたのは…！！