かつての怪獣災害もなくなり、平和を取り戻したかのような地球。
人類の目はさらなる宇宙進出へと向けられ、怪獣災害への対策規模は縮小傾向にあった。
そんな中、突如飛来した謎の宇宙浮遊物体「スフィア」による地球への襲撃が始まり、人類は宇宙との交信を経たれ“孤島の惑星”となってしまう。
主人公「アスミ カナタ」の日常にもその魔の手が迫る。目の前で繰り広げられる破壊、ついに姿を現す巨大な怪獣。危険を顧みず、今そこにいる敵に飛び込んだその時、カナタは「ウルトラマンデッカー」へと変身を遂げる。
「今、やるしかねぇ！」
デッカーの“光”を手にしたカナタは、日常を守るため戦うことを決意し、対スフィア部隊として再編成された新しいエキスパートチーム「GUTS-SELECT」の新人隊員として、若さあふれる仲間たちと共に巨大な敵に立ち向かっていく！