プッチーからのメッセージがカンナのスマホに届く。そして、プッチーに会うため部室を飛び出す天文研究会メンバー。
怪しげな部屋でプッチーを見つけ、再会を喜ぶ一同だが、
その時、宇宙から吸血星獣ギマイラが飛来する！
その脅威から明心大学を守るため、美濃部教授が一人立ち上がる？！
美濃部を助けに行こうとする天文研究会だが、部屋の扉が開かなくなっていて……！？

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プッチーがUTTFに連れていかれたことで消沈するイブキ。そこに、他の天文研究会メンバーと美濃部教授が現れる。
UTTFのプッチーへの扱いに不安を募らせる一同に対して美濃部は、天文研究会のこれまでの経験を伝えれば状況が好転するかもしれない、と奇妙な提案をする。
今ここに、先生が生徒、生徒が先生の特別授業が開講する！

驚異の戦闘力を見せつけるウルトラマンゼロ！
その力の差に圧倒されるイブキは、ゼロから闘うことへの覚悟を問われる。
プッチーの保護について美濃部教授から諭される天文研究会メンバー。イブキも研究会の面々も、みんなでそれぞれの答えを出そうとする。
闘う覚悟とプッチーの保護。イブキの出した答えとは……！

カンナが作った、プッチーの気持ちが分かる翻訳バッジで盛り上がる天文研究会一同。そのとき怪獣アラートが鳴り響き、宇宙から謎の星獣が飛来する！
なんとか星獣を退けたテオと巨大化プッチー。戦いの近くにいた親子を心配するイブキの前に現れた少年は、いきなりイブキの正体を見抜いた発言をして……！？
一方、UTTFの今日子は、天文研究会がプッチーを匿っている証拠をついに掴み部室に迫る！

イブキの希望で、合宿に行くことになった天文研究会とプッチー。
みんなで楽しくキャンプの準備をしている最中、明心大学に来る前のことを聞かれイブキは在りし日の故郷を思い出す。
と、感情が溢れるイブキの近くで、突然プッチーに巨大化の前兆が起き始めて…！　そして、プッチーたちは驚きの光景を目撃する！？

巨大化プッチーとヴォルトグの戦いが続く中、テオが現れないことに困惑する今日子。ヴォルトグの猛攻により、ついにプッチーは倒れる……。
その戦いの裏で、リンタロウの本心を聞いたイブキ。美濃部教授からのアドバイスを貰いうけ、二人はモルモットのお世話当番を通じて、それぞれの考えを打ち明ける。
そして、再び現れたヴォルトグに苦戦するテオ。その様子を見ていたリンタロウが、ヴォルトグのある変化に気付いて……！？

強力な"電獣"ヴォルトグが出現！　必死のテオの攻防で怪獣を退けるが、それはUTTFが仕組んだ実験だった。
そんな中、イブキは部室で倫太郎の退学届を拾ってしまう！？　しかも、モルモットのお世話当番で二人は一緒になるのだった……。
再び現れたヴォルトグが進撃する中で、イブキと倫太郎がエレベーターに閉じ込められてしまう！

無数に広がるパラレルワールド、その一つで奇跡が起きようとしている……。
古びたアパートで冴えない日々を送るエーコの元に、突然赤い球が姿を現す！　エーコからの問いに、赤い球は「答え」に導こうとして……なんと「テオ」の物語を上映し始めた！？
はたしてエーコと赤い球は、「答え」を出すことが出来るのか？

なんとか難を逃れた天文研究会メンバー、しかしエマの様子が何だかおかしい……？
一方、イブキと苫米地は鳥怪獣バルミリオスの出生にまつわる手がかりを偶然見つけ、その出所を探り始めるのだが、その先には信じられない事実が！
バルミリオスによる被害を食い止めるため、ベッチが奔走する！！

イブキたちは、宇宙ポッドの一件で遭遇した今日子がUTTFの人間だと知り動揺する。
UTTFから守るため、プッチーの引っ越しを宣言するエマ。
その一方、苫米地が猫のお世話で多忙であることを知ったイブキは手伝いを申し出る。そんなとき、鳥怪獣が現れ、苫米地と猫たちに魔の手が迫る！

宇宙ポッドを調べるカンナ。イブキとエマも加わり、ポッドの仕組みを解明していく。
その裏で、カンナの大切なキーホルダーがなくなってしまった！
UTTF調査員の今日子と美濃部教授が宇宙ポッドの存在に迫る中、再びドシハガチが出現する！
はたしてイブキはドシハガチを止められるのか！？ そしてカンナのキーホルダーの行方は！？