遊戯vs海馬のデュエルはいよいよ大詰めを迎える。怒りや憎しみに満ちた過去を踏み越えていくことがパワーの源であるという海馬。一方、遊戯は「過去の積み重ねが今であり未来へと続く」、そして「怒りや憎しみでは勝利は得られない」とブルーアイズ・アルティメット・ドラゴンに挑む!!

遊戯vs海馬のデュエルは、神のモンスター対神のモンスターの一騎打ちは相打ちとなった。この後、海馬は、３体の「ブルーアイズホワイトドラゴン」の召喚に成功。遊戯との攻撃力の差はさらに広がり、遊戯は絶体絶命のピンチに立たされる。その時、マリクとの闘いで意識不明に陥っている城之内の言葉が…。

遊戯vs海馬のデュエルは、神のモンスター対神のモンスターの一騎打ちとなり、互いの攻撃力4000同士でついにぶつかり合う！その瞬間、遊戯と海馬は強烈な光に包まれ、古代エジプト世界へと飛ぶ。２人は巨大王宮の中で、「白き竜」を操る若き神官・セトと、「黒き魔術師」を操る名もなき王がデュエルをしている姿を見る。その姿は遊戯がかつて見た、古代エジプトの石版に彫り込まれていたデュエリストたちの姿だった。

遊戯vs海馬のデュエルは、遊戯に続き、ついに海馬も神のカードを召喚。遊戯の「オシリスの天空竜」と海馬の「オベリスクの巨神兵」という、神対神の一騎打ちとなった。２人はさまざまなカードを使って、いかに自分の「神」の攻撃力を上げ、相手の「神」の攻撃力を下げるかに専念。互いに攻撃するタイミングをはかりながら、デュエルはにらみ合いがつづく…。

準決勝第２戦、遊戯vs海馬のデュエル。神のカードを持つ者同士の闘いは、どちらが先に神のカードを召喚するかを読みあい、牽制し合う緊迫した展開となっていた。

準決勝第２戦、遊戯vs海馬のデュエルが始まる。遊戯との闘いの舞台として海馬は、ソリッド・ビジョンによる「天空コロシアム」を用意。観客で埋め尽くされた古代ローマのコロシアムが現われる。そして始まった遊戯と海馬、２人のデュエルは全くの互角。そこで海馬は「マジックサンクチュアリ」を発動し、お互いにデッキから魔法カードを１枚手札に加え、さらに相手のターンでも魔法カードを使用できるようにして…。

大詰めを迎えたマリクと城之内、闇のゲームによる準決勝。マリクは神のカード「ラーの翼神竜」の能力により城之内と彼のモンスター「ギルフォード・ザ・ライトニング」を炎で攻撃する。炎に焼かれた城之内は、意識を失いかけながらも強い精神力でデュエルを続け、ギアフリードを召喚！このギアフリードの攻撃でマリクを倒すことができるが…。

マリクと城之内、闇のゲームによる準決勝。マリクが召喚したラヴァ・ゴーレムにより鉄の檻に閉じ込められた城之内は毎ターン1000ポイント削られる上、ラヴァ・ゴーレムの灼熱とプラズマイールの電撃を体感させられる。窮地に立たされた城之内が運命を懸けて引いたカードは８つ星の上級モンスター「稲妻の戦士(ギルフォード・ザ・ライトニング)」。このモンスターを召還するためには３体の生け贄が必要となるが…。

城之内vsマリクの準決勝は、モンスターに与えられたダメージをデュエリストがそのまま体感するというルールで、負ければ意識を消されてしまう闇のゲーム。勝って孔雀舞を救いたい城之内だが、マリクが召喚したへルポエマーによってターンごとに手札からカードが奪われてしまう。

バトルシティ準決勝第１戦は城之内vsマリクに決まり、いよいよデュエルタワー頂上での闘いが始まる。このゲームはモンスターへのダメージをデュエリストがそのまま体感するという、負ければ意識を消されてしまう闇のゲームだった！城之内はこの恐怖のゲームを、マリクに意識を奪われた舞を救うため果敢に戦おうとしていた。