城之内を迎え撃つのは、ジャッジマンの姿をした元・法律顧問ビッグ３。城之内は炎の剣士をマスターに一気にガンガン攻める。調子に乗りすぎた城之内に対し、ビッグ３は「魔界の司法取引」で自らのLPを回復させる。

杏子vsビッグ２の決闘②。ビッグ２はデッキマスター能力でモンスターの攻撃力をアップさせ、杏子は半身氷づけに。杏子は遊戯との会話を思い出しマハーヴァイロの特殊能力で反撃。「賢者の宝石」を引き当て、遊戯のデッキにいるブラック・マジシャンを召喚し、ダブルブラックマジックで勝利。

杏子の前に現れたのは、ペンギンをこよなく愛するビッグ２。氷上の世界を舞台に杏子はブラマジガールを、ビッグ２はペンギンナイトメアをデッキマスターに選びデュエル開始。ＬＰが減る毎に足元から凍り始めるシステムに杏子は追いつめられる。

遊戯vsビッグ１の決闘③。ギリギリまで追いつめられた遊戯。流れを変える為にはクリボーのデッキマスター能力に賭けるしかない！「虹色の祝福」とのコンボで、七色のクリボーのレインボーアーチを作り、ビッグ１に直接攻撃して逆転勝利。

遊戯vsビッグ１の決闘②。攻撃したポイントが自分のライフにはね返ってくる「リフレクター・ホール」、ダメージを受ける度にモンスターを特殊召喚する再生コンボに苦しめられる遊戯。一刻も早く決着をつけて、仲間を助けたいが…。突破口はあるのか。

謎のバーチャル世界に別々に放り込まれた遊戯達。遊戯の前にはビッグ１が現れてデュエル対決。負ければ肉体を奪われてしまう。深海の戦士に姿を変えたビッグ１に対し、遊戯はクリボーをデッキマスターに従えて挑む。

決勝の舞台・アルカトラズ島は目前。だが、バトルシップに異変が。突如、制御不能になり何者かのコントロールのままに海面に開いた基地に誘導される…謎の少年・乃亜と肉体を失ったビッグ５が、デッキマスターシステムでのデュエル対決を要求する。

「闇のマリク」と「闇の獏良」のデュエルで獏良は最強の力を持つ神のカード『ラーの翼神竜』を召還する。しかし、それはマリクの罠にはまることを意味していた。マリクはトラップカード『歓喜の断末魔』を発動！このカードの効果により獏良が生け贄にしたモンスターの攻撃力がマリクのライフポイントに加算。一方、獏良の『ラーの翼神竜』の攻撃力はゼロにされてしまう。

邪悪な意思に支配され、もう一つの人格に代わった「闇のマリク」対「闇の獏良」の「闇のデュエル」が始まろうとしていた。それは失われたライフポイントの分だけ、闇が体の一部を消していくゲームだった！

イシズとのデュエルを制した海馬は、「ラーの翼羽竜」に書かれた古代エジプトの文字、ヒエラティック・テキストを自分が理解できることを知る。それは古代エジプトでも特別な地位にいたものしか解読できなかった文字だった！一方、遊戯と城之内たちはデュエルで倒れた舞を見舞いに行く。そこへ現れたイシズは、古代エジプトの時代から墓守り一族として生きてきたイシュタール家の惨劇を語り出すのだった…。