セトはアクナディンに、キサラを殺して白き龍の力を得て、王になるよう説かれる。それを拒否したセトを守ってキサラが息絶える。ファラオが駆けつけた時に、セトはアクナディンに心を操られる。ファラオVS正気をなくしたセトの決闘が始まる。白き龍が黒き魔術師を倒し、セトがとどめを刺そうとした時に、キサラの声がセトを正気に呼び覚ました。　一方、現世のゲームマスターの闇遊戯は、自分の名前がゾーク封印の鍵であることに気づく。

盗賊王バクラとディアバウンドが復活してファラオ達の前に姿を現す。アクナディンとセトは異空間に消える。ディアバウンドに攻撃され、ファラオ達は散り散りになる。　神官カリムとアイシスは、迫り来るカーを相手に苦しい戦いをする。カリムの魂のバーは極度に減り、アイシスの精霊スピリアは戦闘向きではない。ファラオを思うカリムは最後の力を神官シャダに託す。

闇の大神官の攻撃に、ハサンが登場しファラオ達を守る。ハサンは歴代ファラオの化身だ。　セトは自分にも王家の血が流れていることを知る。白き龍の力を得てファラオになるよう、闇の大神官に誘惑され、戸惑う。　一方、遊戯たちは空腹のボバサのために食料を探す。ボバサはお返しに、遊戯たちをファラオの本当の名が隠されている王家の谷に連れて行く。

地下神殿の戦いでバクラは負け、砂となって消えていく。しかし同時に、時が止まり、ファラオたちは身動きできなくなる。　やがて、もう一人の遊戯は、ジオラマのゲーム盤と、対面して座るバクラの前で目覚める。それは、ファラオとして生きていた３千年前のエジプトが再現された、究極の闇のＲＰＧだった。　７つの千年アイテムが冥界の石版に納められたいま、ゲームは新たなステージに入った。バクラの手駒のアクナディンは、闇の大神官になる。

ファラオはブラック・マジシャン、ブラック・マジシャンガールと共に、バクラのディアバウンドと戦う。光の護封剣や岩石の巨兵などを使って対抗する。神官団も加勢して、ディバウンドを攻める。しかし、クル・エルナの地下神殿は、先王を憎む死霊たちがうずまいて、バクラに有利だ。セトは千年秤でカーを融合させて、デュオスを強化させるが…。　一方、遊戯たちは、「ファラオの名前を知ること」が重要だとわかる。

遊戯たちはファラオと再会し、束の間の休息をとる。神官シャダが駆けつけ、ファラオとマナとともにバクラを追ってクル・エルナ村へ行く。かつてアクナディンが千年アイテムを生み出すために生け贄にした呪われた村だ。シャダたちは襲いかかる骸骨兵士と戦う。ファラオは地下神殿でバクラと対面する。千年錘を失ったファラオは、神を召喚できない。ディアバウンドに襲われたファラオを救ったのは…!?

アクナディンは地下闘技場でキサラからカーを抽出しようとする。囚人たちのカーがキサラを襲うが、キサラは抵抗しない。セトはキサラに興味を持ち中止しようとする。セトが囚人の怒りを買い、襲われてピンチになると、キサラの体から光が放たれ、青眼の白龍が出現する。傍観していたアクナディンはファラオを倒すことを思い描く。　一方、谷底に落ちたファラオは、父である前王の夢を見る…

疾走しながらファラオＶＳバクラの戦いは続く。デュオスを従えたセト等神官たちがファラオに加勢する。しかしアクナディンの呪いの力で、オシリスは消滅する。ファラオはまたもピンチになるが、遊戯たちの友情の力が奇跡を起こし、覚醒したファラオはラーの翼神竜を召喚する。ゴッドフェニックスでバクラにとどめを刺した、が不可解にも、時間が巻き戻される…？

古代エジプトで、その昔、神官アクナディンはクル・エルナ村の人間を生け贄にして、闇の錬金術により７つの千年アイテムを誕生させた。その時に息子セトとの関係も断ち切った。　そして15年後、村の生き残りである盗賊バクラがアクナディンを襲った。逃げるバクラとディアバウンドを、白馬に乗ったファラオとオシリスの天空竜が追う。ディアバウンドが村を無差別に攻撃してきたため、オシリスは攻撃を受け止める防戦一方になる。

心の迷宮にいる遊戯たちは、ファラオの記憶の世界である古代エジプトにたどりつく。この世界では遊戯たちは存在しておらず、他人からは見えず、物にさわることもできない。同じような境遇のボバサに出会う。　一方、神官セトは千年錠で民衆の心を見極めて、強力なカーを秘めている人間を連行する「カー狩り」をする。白い肌の女キサラは特に強力なカーを持っていた。