バトルシティ準決勝の対戦相手を決めるバトルロイヤル。マリクを倒し、早く舞を救いたい城之内は攻撃対象をマリクに絞るが、海馬に攻撃され不利な状況に陥る。そして遊戯のターン。城之内と準決勝で対戦を望む遊戯は、劣勢の城之内を狙わず、海馬かマリクを先に倒す事を考えていた。マリクに攻撃を宣言しようとしたその瞬間、城之内が遊戯に声をかける…。

バトルシティ準決勝の対戦相手を決める、遊戯、城之内、海馬瀬人、マリクのバトルロイヤル。準決勝での対戦相手を巡り、それぞれの思惑が渦巻く中、遊戯は親友・城之内と準決勝で対戦することを願い、海馬の攻撃から城之内をカバーする。一方、マリクは準決勝で遊戯と戦うため、他の２人を消すべく、わざと自分より攻撃力の高い海馬のモンスターを攻撃、自分の受けたダメージを「痛恨の呪術」のカードで城之内に移し替える。

バトルシップは、ついにトーナメント決勝戦の舞台、アルカトラズへ到着する。準決勝に残っているのは、遊戯、海馬、城之内、マリクの４名。その組合せは、デュエルで決められる。ルールは同時に４人が戦い、先に負けた２人がトーナメント準決勝第１戦を戦うというバトルロイヤル方式。４人はそれぞれの思いを胸に攻撃対象を絞り、デュエルをスタートする。

「闇のマリク」と「闇の獏良」のデュエルで獏良は最強の力を持つ神のカード『ラーの翼神竜』を召還する。しかし、それはマリクの罠にはまることを意味していた。マリクはトラップカード『歓喜の断末魔』を発動！このカードの効果により獏良が生け贄にしたモンスターの攻撃力がマリクのライフポイントに加算。一方、獏良の『ラーの翼神竜』の攻撃力はゼロにされてしまう。

邪悪な意思に支配され、もう一つの人格に代わった「闇のマリク」対「闇の獏良」の「闇のデュエル」が始まろうとしていた。それは失われたライフポイントの分だけ、闇が体の一部を消していくゲームだった！

イシズとのデュエルを制した海馬は、「ラーの翼羽竜」に書かれた古代エジプトの文字、ヒエラルティックテキストを自分が理解できることを知る。それは古代エジプトでも特別な地位にいたものしか解読できなかった文字だった！一方、遊戯と城之内たちはデュエルで倒れた舞を見舞いに行く。そこへ現れたイシズは、古代エジプトの時代から墓守り一族として生きてきたイシュタール家の惨劇を語り出すのだった…。

バトルシティ決勝トーナメント第４戦、海馬瀬人とイシズのデュエルは続く。イシズのカードは海馬の攻撃によってことごとく墓地（セメタリー）に捨てられ、イシズの形勢は完全に不利に見えた。しかしイシズは全く慌てる様子がない。そして海馬がイシズのデッキを完全に破壊したかに見えたその時、イシズはトラップカード「現世と冥界の逆転」を発動、反撃に出る！

バトルシティ決勝トーナメント第４戦は、海馬瀬人と、これまで姿を現さなかった８人目のデュエリストが対戦。そして海馬の前に現れたのはマリクの姉・イシズだった。イシズはレアカードハンター集団・グールズ壊滅のため、自らの持つ幻のレアカード「オベリスクの巨兵神」を大会前に海馬へ預けていた。そしてこの大会は、グールズをおびき寄せるために２人が共謀して開催したものだったのだ。

バトルシティ決勝トーナメント第３戦。孔雀舞はマリクから奪った神のカード「ラーの翼神竜」を召還するが、カードの力を操るための古代神官文字(ヒエラティック・テキスト)を解読することができず、なすすべがない。一方、余裕のマリクは「闇へのいけにえの儀式」始めると宣言し、舞の解読できなかった呪文を唱えて「ラーの翼神竜」を起動。その攻撃によって舞を焼き殺そうとする。

バトルシティ決勝トーナメント３回戦、孔雀舞の記憶から仲間の記憶が失われていく「闇のゲーム」でマリクとの闘いが続く。舞が最も恐れる「孤独」の世界へ追い込まれていく中、遊戯は舞を救おうと千年パズルの力を使って舞の意識の中に入っていく。そして、この孤独が舞の心にある恐怖感から生まれる幻想であり、精神力でそれを乗り越えるよう励ますのだった…。