ある日、海馬の元に忽然と現れた謎の女性・イシズ。
彼女が海馬瀬人に託した１枚のレアカードから全ては始まった――。
そのカードとは、３枚を集めた者は「決闘王（デュエルおう）」の称号を得ると言われる伝説のレアカード「三幻神」。
海馬は全ての「三幻神」を手中にすべく、童実野町全域を舞台とした決闘大会「バトル・シティ」の開催を宣言。
古の記憶に導かれた武藤遊戯をはじめ、城之内克也、孔雀 舞など、決闘者の王国（デュエリストキングダム）で死闘を繰り広げた数々のデュエリストが一堂に集結した。
そしてその影では、レアカードを刈り取るレアハンターと、それを裏で操る謎の男・マリクが暗躍する……。
全てのカードの頂点に座す“神のカード”と己のプライドを賭けた、遊戯たちの激しい決闘が幕を開ける――!!