ネットワークシステムが発達した都市：
Den City。
そこでは大企業『SOLテクノロジー社』が作り上げた高度なネットワーク技術により、『LINK VRAINS』と呼ばれるVR空間が構築され、人々はそのVR空間での新たなデュエル体験に熱狂していた。
『LINK VRAINS』に、デュエルによるハッキングを仕掛ける謎のハッカー集団『ハノイの騎士』が現れる。彼らの狙いはネットワークのどこかに存在するという『AIたちの世界＝サイバース』を滅亡させる事にあった。

しかしそんな『LINK VRAINS』の脅威に立ちはだかる１人のデュエリストがいた。
彼の名は“Playmaker”。

圧倒的なデュエルで『ハノイの騎士』を倒し、何も語らずに去っていく彼の名は、ネットワーク世界で一躍有名になる。

その“Playmaker”の正体である高校生『藤木遊作』は、過去に起きた事件の真相を探るため、 VRAINSに出没する『ハノイの騎士』を追っていたのだった。

ハノイの騎士との激闘に明け暮れる日々の中、遊作は『SOLテクノロジー社』と『ハノイの騎士』が追い求めている謎のAIプログラムの捕獲に成功する。
そしてこれをきっかけに、運命の歯車は大きく動き出す……。

謎のAIの正体。『サイバース』を狙う『ハノイの騎士』の真意。
そして遊作の過去に秘められた真実とは――