自身を苦しめた『ロスト事件』の謎を解き、首謀者である『ハノイの騎士』に復讐を果たすため、意思を持つAI『イグニス』であるAi（アイ）と行動を共にする藤木遊作（ふじき ゆうさく）/ Playmaker（プレイメーカー）。
その『イグニス』を人類の脅威と捉え、抹殺を目論む『ハノイの騎士』。
両者は、『SOL（ソル）テクノロジー社』が作り上げたVR空間『LINK VRAINS（リンク ヴレインズ）』で壮絶なデュエルを繰り広げていた。

そんな中、『ハノイの騎士』のリーダー・リボルバーは、ネットワーク世界もろとも、イグニスを抹殺する『ハノイの塔』の計画を実行に移す。しかし塔の完成を止めるため、決死の覚悟でリボルバーにデュエルを挑んだPlaymakerの奮闘により『ハノイの塔』は消滅。『LINK VRAINS』に再び平穏が訪れた。

Playmakerの活躍により危機を乗り越えた『LINK VRAINS』は、大幅なアップデートを果たす。しかし『SOLテクノロジー社』は、英雄であるはずのPlaymakerに懸賞金をかける。
『SOLテクノロジー社』が雇うバウンティーハンターに追われる身となったPlaymaker（プレイメーカー）。その上、仲間である草薙翔一（くさなぎ しょういち）のもとにボーマンとハルと名乗る謎の人物が現れ、草薙の弟、仁（じん）の意識を奪い去る。

懸命にボーマンの行方を追うPlaymakerの前に、新たな『イグニス』である不霊夢（フレイム）とコンビを組むSoulburner（ソウルバーナー）が現れ、協力を申し出る。Soulburnerと力を合わせ、ボーマンを追い詰めたかに思われたが、ボーマンを操る存在により事件を解く鍵は闇に吸い込まれていく。

さらに、『ハノイの塔』消滅後、その姿を消していたはずのリボルバーが再び動き始め……。