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第1話〜第13話
第14話〜第26話
第27話〜
 
第27話 『再起への道』
2005年10月9日放送
ルージの咄嗟(とっさ)の逆転攻撃に命辛々逃げ延びた一同だったが、部隊は壊滅的ダメージを受け現状では再起不能と思われた。さらなる人員増加を図り、反抗勢力をもう一度奮い立たせなければならない。そこでラ・カンはまだまだ世に埋もれた人材を発掘するために、世界を巡り再び集結することを誓う。ルージたちも各々3班に分かれ、それぞれの使命を帯びた旅がはじまる。
第28話 『伝説』
2005年10月16日放送
ルージ・ミィ・ロンの3人は不思議な伝説の残るヨーク村で、過去の文明技術を目の当たりにする。一方生還したザイリンはジーンより与えられた新型ゾイド、ヴォルケーノで演習を行うのだが…。
第29話 『秘密』
2005年10月23日放送
コトナの故郷であるアイアンロックに向かうコトナ、ラ・カンの2人が、コトナの妹であるリンナに捕らえられ牢獄に閉じ込められてしまう。二人が見たものは一族と秘密とアイアンロックの真の姿であった…。
第30話 『魔物の森』
2005年10月30日放送
伝説のゾイド乗りダンブルを仲間にするため旅するガラガとセイジュウロウ。しかしゾイドの操縦が効かなくなるという魔物の森に迷い込んでしまう。近くに住むダンブルを知るというおばあの小屋に泊めてもらう事になるが、そこでディガルドの攻撃に遭いおばあの小屋が壊され…
第31話 『残された者』
2005年11月6日放送
ザイリンとの戦闘でミィが負った傷を治すため、ファウベルの街にやって来たルージ達一行。そこで戦死したディンガの恋人ガボールから仇として命を狙われるルージ。ガボールの誤解を解くためにロンがある提案をするが…
第32話 『ソラノヒト』
2005年11月13日放送
カトーンの町でルージ達は海に埋もれた超巨大ゾイド、ギルドラゴンを見せられることで再び過去の超文明の一端を垣間見る。ルージは町の人達の協力を得ることで討伐軍の勢力を拡大することに。一方ディガルドの技術はかつての超文明に支えられたものであることが判明する…
第33話 『予兆』
2005年11月20日放送
ズーリに帰還途中のコトナとラ・カン。レッゲル補給のためテキトの街に寄るが、すでにラ・カン達の行動を予測し待機していたフェルミとソウタに襲われ絶体絶命に陥る。そのとき間一髪助けに入ったルージのムラサメライガーに異変が!?
第34話 『強襲』
2005年11月27日放送
ズーリに戻ってくるルージ達。強大さを増しているディガルドの現状に悲観的な雰囲気が覆う中、ルージの存在が人々に希望を与えている事も明らかになる。一方ディガルド側も、ソウタとフェルミ率いるバイオゾイド部隊によるズーリ夜襲を決行。戦闘の混乱の中、自らの役割を意識したルージの想いにムラサメライガーはさらなる進化を遂げる!
第35話 『奇襲』
2005年12月4日放送
討伐軍の志気を鼓舞するため、ディガルドの首都ディグへの奇襲作戦を立案するルージ。作戦の指揮を任されたルージのもと、奇襲に成功。が、発見した新型ゾイドの工場を破壊せんとしたそのとき、大将ジーンの操るバイオティラノが立ちはだかる!
第36話 『ほころび』
2005年12月11日放送
ディグへの奇襲からズーリへ凱旋帰還するルージ達。しかしズーリで待っていたのはダ・ジンによる突然の討伐軍への協力拒否宣言であった。ダ・ジンの思いはディガルドの討伐よりもキダ藩再興にあったのだ。
第37話 『襲来』
2005年12月18日放送
バイオラプターグイの製造をめぐって天空人の叱責を受けるディガルド国王ララダ3世。しかしジーンの詭弁により天空人を瞞着、ズーリ爆撃を実行する。反撃も出来ないまま瓦礫と化したズーリの街にさまようソウタの姿が。
第38話 『突撃』
2005年12月25日放送
空からの空爆という前代未聞の攻撃を受け不安と恐怖におびえるズーリの人々。地上戦型のゾイドでは空の敵と戦う術はない。敵拠点はトラフにある。そこでルージたちは一つの作戦を立てる。
第39話 『入城』
2005年1月8日放送
ルージの作戦により飛行型バイオゾイド、ラプターグイ発着所への奇襲に成功した討伐軍。ついにトラフ攻略にも成功する。そこでルージはロンの紹介により天空人たちと接触する。
第40話 『バイオ粒子砲』
2005年1月15日放送
トラフを手中にした討伐軍は、ルージの提案により確固たる組織つくりに動き出す。ディガルドの奇襲部隊にも組織をうまく機能させ防ぐことが出来たが、ザイリンの策によりバイオボルケーノの入城を許してしまう。バイオヴォルケーノの圧倒的武力に、さしものムゲンライガーも防戦一方に。まさにヴォルケーノが勝利するかと思われたその瞬間、突如ザイリンは操縦席で倒れてしまう。
第41話 『政変』
2006年1月22日放送
ソラへの恭順を願うララダ三世にソラとの決別を迫るジーン。二人の関係に緊張が走る。そして、ララダの突然の病死。跡を継ぎディガルド武王の座に就くジーン。其の頃ルージは連戦に続く連戦で占領下の街の開放に奔走していた。
第42話 『密会』
2006年1月29日放送
ミイのランスタッグで脱走したソウタは、途中ロンとフェルミの会話を盗み聞きし、自分が捨てられたことを知る。失意のソウタもろともロン、ミィごと抹殺せんものと、ディガルドの量産型メガラプトルが襲い来る。
第43話 『鍵』
2006年2月5日放送
ディガルドへの反撃のためアイアンロックに伝わる伝説の龍を蘇らせようと提案するロン。だがそのためにはいくつもの難関が待ち受けていた。その最大の難関とは?!
第44話 『離陸』
2006年2月12日放送
ディガルドの攻撃の中ついにアイアンロックの深部、伝説の竜にたどり着くルージ達。その目覚めを阻止せんがため、ザイリン率いるディガルド攻撃部隊の猛攻が迫り来る。
第45話 『遺産』
2006年2月19日放送
ラへと辿り着いたルージ達に困惑しつつも、メタルZiの弾丸の引渡しを約束するソラシティ。だがギルドラゴンをかくまうソラの態度にジーンとの緊張が一気に高まる。一方ルージはロンの協力によりソラシティの使命、ジェネレーターの秘密を知ることとなる。
第46話 『瓦解』
2006年2月26日放送
ギルドラゴンの引渡しに応じないソラシティに対し空戦部隊での攻撃を実行するジーン。ソラを裏切ったフェルミの指揮する、激しいグイの攻撃からソラシティを護るため、ルージ達討伐軍の面々が立ち向かう。
第47話 『決別』
2006年3月5日放送
ジーンに対する疑念をぬぐえないザイリン。そんな中バイオゾイドのシステムを知ることで激しい衝撃を受ける。ジーンとの友諠もまたまやかしでしかなかった事を知る。決意のまなざしの中ザイリンはボルケーノを起動させる…。
第48話 『神の雷』
2006年3月12日放送
討伐軍撃退のため、ついに自ら立ち上がった武帝ジーン一世。圧倒的戦力を率い、討伐軍の拠点ズーリを目指して進軍を開始する。一方ザイリンからの報を受け、ボラー司令もまた機械兵の真実を目の当たりにする。各地にその報は届き、次々と離反しはじめるディガルド兵たち。その時、バイオティラノの「神の雷」が炸裂した。
第49話 『決戦』
2006年3月19日放送
ジーンの攻撃により、ラ・カンを失った討伐軍。だが、皆の総意によりルージに全指揮権が与えられ、討伐の意思はますます揺るぎ無いものとなる。ルージ指揮する討伐軍は、真実を知ったディガルド兵たちとの一時的休戦を決行。両者は手を結び、ついに打倒ジーンへの最後の決戦を迎えようとしていた。
最終話 『再生』
2006年3月26日放送
バイオティラノの砲撃「神の雷」が戦場の全てをなぎ払う。決戦の場でのルージ対ジーン、ライガー対ティラノの壮絶な一騎打ち。ジーン操るバイオティラノの圧倒的武力と射撃力に対抗するする術は果たしてあるのだろうか?!
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