新型無線機の性能テストに出たチータスはスコルポスと遭遇。コンボイの命令を無視して戦いを挑むが、潜んでいたタランスに襲われ重傷を負ってしまう。汚名返上のためチータスは単独でデストロン基地に向かうのだが、再びタランスの攻撃を受け捕われてしまう。

サイバトロンの救命ポッドが地上に落下、新たな戦力を求めポッドの落下地点に急いだ両軍だが、ポッドを奪ったのはデストロンの方であった。だが、ポッドの中のプロトタイプはすでに活動を開始し、新戦士タイガトロンとして両軍の戦いを静観していた。

再び救命ポッドが落下。サイバトロンは落下地点に駆けつけるのだが、デストロンに先を越されてしまう。新戦士ブラックウィドーが仲間に加わったデストロン軍であったが、テラザウラーが再び反逆、メガトロンは牢獄に閉じ込められてしまう。

またもや、エネルゴアに救命ポッドが落下。ライノックスとチータスが駆け付けるが、ポッドの中の生命体は、事故の衝撃によりひん死の状態となっていた。さらにそこへデストロンが攻撃を仕掛けてくる。ライノックスたちは仲間を守るため必死に戦うのだが…。

デストロンが仲間割れの末に全滅。ビーストウォーズが終結したと考えたサイバトロンたちは、デストロン基地より回収した部品で宇宙船を修理しセイバートロン星へ帰ることにする。しかし、ダイノボットだけは、悩んだ末エネルゴアに残ることを決意する。

メガトロンはダイノボットのクローンを造ると、本物のダイノボットを洞穴に閉じ込め、クローンをサイバトロン基地へと送り込む。しかし、本物のダイノボットは自力で洞穴を脱出、基地に戻り偽ダイノボットと一騎討ちとなる。

新たな救命ポッドがエネルゴアに不時着。自らの脱出用としてポッドを手に入れようとしたタランスはブラックウィドーと共に現場に駆けつける。タランスの妨害によりスキャニングに失敗したプロトフォームは、アリの記憶しかない新戦士インフェルノとなる。

基地中のエネルゴン波を除去する装置「ガードコイル」をデストロンに奪われたサイバトロンたちは、長時間ビーストモードでいることを強いられる。やがて野生の本能に目覚めたサイバトロンたちは次々にジャングルへと消えて行くのだった…。

ライノックスは、くしゃみをするたびにエネルギーが放出し最後には死んでしまうという恐るべきウィルス兵器をタランスに打ち込まれてしまう。ワクチンを入手するためラットルとダイノボットはタランスを捕らえ、その研究室へ向かうのだが…。

サイバトロンとデストロンの戦いに巻き込まれ、親友の白トラ、スノーストーカーを失ったタイガトロンは、悲しみのあまり戦いを放棄し森の中へ消えてしまう。だが、コンボイ絶体絶命のピンチにタイガトロンは再び姿を現わす。

遥か昔に死んだ戦士スタースクリームの亡霊がワスピータにとりつきメガトロンに忠誠を誓った。伝説の戦士の参加でパワーアップしたデストロン軍だが、コンボイはスタースクリームがメガトロンを裏切ることを予想し降参したフリをする。

メガトロンに拉致されたライノックスは、変換機によってプログラムを変えられデストロン戦士にされてしまう。しかし、攻撃本能に目覚めたライノックスは次々にデストロン戦士を倒し、メガトロンまでも追い詰めるのだった。