百年の眠りから目覚めた裏切りの戦士、ヴィクター。彼はカズキと斗貴子を錬金の戦士と見て取ると、激しい憎悪を露わにし、二人を一蹴する。エネルギードレインされながらも、なぜか戦い続けられるカズキだったが、ヴィクターにランス＝核鉄＝心臓の代用品――を粉々に打ち砕かれ、絶命する。カズキの死に、天を仰いで哭く斗貴子……。「共に逝かせてやろう」。ヴィクターが斗貴子に告げた時、ひび割れたカズキの核鉄が躍動を始めた……！

ヴィクターと同じ容姿と化したカズキは、狂戦士の如き戦いぶりを見せるが、縋る斗貴子の悲痛な叫びに我を取り戻す。パピヨン曰く、カズキの変貌は「人間とヴィクター、中間の存在になった」ためだという。ブラボーが本隊に戻り、百年前に何があったのか確かめてくることに。やがて夏休みを迎えたカズキは、斗貴子や仲間と一緒に海に出掛け、あの事件がなかったのように楽しいひとときを過ごす。だが、斗貴子の前に謎の男が現れる……。

夜の浜辺で、カズキはブラボーから驚くべき事実を聞かされていた。黒い核鉄を胸に埋め込まれたカズキは、六週間後にはヴィクターと同じく、存在するだけで死を撒き散らす、忌むべきモンスターと化すという。一人でも多くの命を守るためにカズキを殺すというブラボーと、斗貴子に貰った命の最後まで、人としての生を全うするというカズキ。信念を貫き通すための、悲しき激闘が開始された。やがてブラボーの拳が、カズキの胸を貫く……！

斗貴子は、彼女が黒い核鉄を手に入れた場所へ向かおうとするカズキに、「私は君から離れない。君と私は一心同体だ」と告げる。斗貴子に憧れの情を抱いていた剛太は、それを耳にし、強い衝撃を受ける。ひとり彷徨ううちに彼は、斗貴子とカズキを追う再殺部隊と出くわす。戦団に対する反逆者となった斗貴子を守るべく、剛太は武装錬金を発動させ、身構える。だが戦士長・火渡ら歴戦の戦士を相手に、勝機はあるのか……!?

黒い核鉄のあった場所、ニュートンアップル女学院に向かうカズキ、斗貴子、剛太。再殺部隊もまた学院を目指していたが、その前にパピヨンが立ち塞がる。戦士長以上に数多くのホムンクルスを屠ってきた男・戦部が一人残り、パピヨンと戦うことになる。彼はホムンクルス以上の修復能力を持っていた。パピヨンに策はあるのか？その頃、戦団からヴィクター探索・討伐の指揮を任された戦士・千歳は、山奥深く修行に励む、早坂秋水を召還していた……。

カズキとはぐれた斗貴子と剛太を、根来が襲う。亜空間に自在に出入りできる根来の能力に、為す術のない剛太。だが、根来が斗貴子に攻撃を仕掛けたことに対する怒りが、逆に剛太の冷静さを呼び起こし、逆襲へと転じていく。一方、ヴィクターを発見した討伐部隊は一斉に攻撃を仕掛けるが、ヴィクターの余りにも強大な力の前に圧倒される。その頃カズキの前には、キャプテンブラボーが姿を現していた。二人の、最後の決戦が始まる……

カズキとブラボーは、決着を付けるべく戦い始める。山林を揺るがす激闘に割って入ったのは、二人を追って来た斗貴子と剛太だった。斗貴子はブラボーに、黒い核鉄を無効化する手段を探す時間を与えて欲しいと訴える。だがブラボーは、一筋の光明に賭ける訳にはいかないと答え、カズキを葬った後、自らも命を絶つと告げる。それを聞いたカズキは、「俺はアンタに勝つ。勝ってアンタを死なせはしない！」とブラボーに最後の一撃を放つ……！

カズキ再殺の任を帯びた火渡の武装錬金・ブレイズオブグローリーが、シルバースキンを装着したブラボー以外の全員を、灰も残さず蒸発させた……筈だった。だが、シルバースキンの中にいたのはカズキ、斗貴子、剛太。炎に包まれる瞬間、ブラボーが我が身を捨ててカズキ達を救ったのだ。ブラボーを失った怒りに駆られ、激突するカズキと火渡。その頃ヴィクターは、錬金戦団と交戦し、途方もない力の片鱗を見せつけていた……。

錬金戦団によるヴィクターへの総攻撃が始まった。火渡の率いる錬金の戦士達が挑むが、ヴィクターの進化は最終段階に達し、それまでとは桁違いに強大な力を振るい出す。一方ニュートンアップル女学院にたどり着いたカズキ達は、パピヨン、御前と合流していた。一行を迎えたのは、ヴィクターの妻・アレキサンドリアと娘・ヴィクトリア。二人は、化け物と化したヴィクターを元に戻すための研究を、百年間続けてきたという……。

ヴィクターを再び人間に戻すことができる、白い核鉄がついに完成した。しかし、精製に時間がかかるため、白い核鉄はひとつしかない。カズキは、最初にヴィクターを人間に戻し、第２の白い核鉄をパピヨンに完成させてもらって、自分も人間に戻る決心を斗貴子に伝えるのだった。そのころ錬金の戦士たちは、海上で第３段階へと進化したヴィクターと激しい戦いを繰り広げていた。何度倒しても再生するヴィクターに苦戦する戦士たちのもとに、白い核鉄をもったカズキたちが現われた。早速、カズキは白い核鉄を、ヴィクターの胸に打ち込んだのだが……。

周囲の生物からエネルギーを奪う、?エネルギードレイン?。ヴィクターはこれを行なうことで何度倒されても再生しつづける。カズキは彼を倒すために再生を阻止するべく、周囲に生物のいない月へと彼を連れ出した。一方、地球に残された斗貴子は、カズキがいなくなったことで落ち込んでいたが、最後に彼にしてあげられることは何か、と考えていた。そして、斗貴子はカズキの代わりに、錬金の戦士としての最後の任務へと出かけた。

カズキが果たせなかったパピヨンとの決着。せめて代わりを果たそうと、斗貴子はパピヨンのアジトのあった場所に行く。しかし彼は、「カズキの代わりなどいない」と、とりあわなかった。そして斗貴子は、彼の研究を突き止め、世界を焼き尽くすつもりであることを知る。斗貴子はカズキが命をかけて救った世界を守るため、彼の研究物を破壊しようとするが……。