ちょめ助の押すボートにのって航海を進めるラビたちは、とうとう日本へとたどり着く。しかし喜びもつかの間、たった一匹にも関わらず苦戦を強いられたレベル３のアクマがなんと３体も現れる。ラビたちはやり過ごすため物陰に隠れ、アクマ達の行動を窺っていると、アクマ達は一匹の弱いアクマを狙って共食いをし始める。目の前の凄惨な光景に一同は言葉を失う。

アジア支部でイノセンスを復活させるための訓練を続けるアレン。しかしイノセンスは相変わらず実体化せずに粒子の状態へと戻ってしまう。あまりにも進展しない状況からか？アジア支部内にはアレン、そして彼を支援するバクに対する不信と疑惑が広がっていく。その噂を耳にしたアレンは自分のことだけでなくバクまで巻き込んでしまったことに心を痛める。

クロスがいるという江戸へと旅路を急ぐラビたち。しかし、一行の後を日本に上陸したときに遭遇したレベル３のアクマ３体が追いかけてくる。レベル３のアクマは非常に強く、一体でも太刀打ちできない。ラビたちは様々な技を繰り出してなんとか逃げ出そうとするが、レベル３のアクマ達には通用しなかった。

イノセンスを復活させるためにアジア支部にてバク・チャンやフォーと修行を続けるアレン。しかしイノセンスは相変わらず粒子のままで固定化せず、苛立ちと焦りだけが募っていく。そんなアレンの様子を見てアジア支部の職員たちも「本当にイノセンスは再生するのか？」と不信の念を持ち始める。

アジア支部の中に突然現れたティキから送り込まれたレベル３のアクマ。アレンはこのアクマの「物質分解能力」を用いた攻撃を喰らってしまい、戦闘不能の状態になってしまう。「このままではアレンが殺される」と考えたフォーは擬態の能力を使い、アレンに化けて身代わりになろうとする。

フォーが自分の身代わりとなってレベル３のアクマと戦っていることを知らされたアレンは、バク・チャンの制止を振り切って戦いの場へと戻る。するとそこにはボロボロになってしまったフォーの姿が。怒りに震えるアレンは、イノセンスが復活していないにも関わらずアクマへと戦いを挑む。

アジア支部内に侵入してきたレベル３のアクマとの戦いの中で、アレンのイノセンスは復活を遂げる。バク・チャンをはじめとするアジア支部科学班は早速、そのイノセンスの解析へと取り掛かる。そしてその解析が済むとアレンは待ち望んだ「戦場」へと戻っていく。

アレンのイノセンスが復活を果たしていたころ、江戸ではラビ達が千年伯爵とノアの一族と激闘を繰り広げていた。途中、千年伯爵が辺りに散らばる大量のアクマたちに命令を下すと、そのアクマ達は合体・融合を繰り返し一匹の大きなアクマになる。ラビ達はその巨大アクマに攻撃を仕掛けるがダメージを与えることが出来ない。

江戸ではラビ達と千年伯爵とノアの一族との戦いが続いていた。ラビはティキ相手に攻撃を仕掛けるが、ティキの力は圧倒的で劣勢を強いられる。また巨大アクマと対決していたクロウリーとブックマンも同様に窮地に立たされていた。そんな絶体絶命のピンチに陥ったラビ達の前に白刃を携えた男が現れる。

千年伯爵が繰りだした黒いエネルギー波は、猛烈な勢いで江戸の街を飲み込んでいく。ラビ達は巻き込まぬよう必死に逃れるが、リナリーだけがエネルギー波に飲み込まれてしまう。唖然とするラビ！やがてエネルギーが引き起こした爆発・衝撃が引いていくと、江戸の街があった場所には真っ黒な海のようなものが広がっていた。

千年伯爵に捕らえられたリナリーを救いだしたのは、新たなイノセンスをまとったアレンだった。久しぶりの再会を果たすも、アレンは即座に千年伯爵と戦い始める。勢いよく突っ込んでくるアレンに対し千年伯爵は、レロの柄から剣を取り出し、アレンに切りかかる。

再生したイノセンス、クラウン・クラウンを用いて千年伯爵を退かせたアレンは、リナリー達と再会の喜びを分かち合う。アレンの胸のうちにはまだスーマンを救えなかったことに対する後悔が重くのしかかっていたが、リナリーの言葉によって救われる。しかし突然、地面に星型の紋章が浮き出て間もなく、リナリーが吸い込まれてしまう。アレンはリナリーを救い出そうと必死に手を伸ばすが、自分まで引きずり込まれそうになる。