１４話「朋友 ―違えし未来―」
地球圏で立て続けに起きたドラゴンによる騒動に、世間から厳しい追及を受けるＩＳＤＡ。壊滅の危機を退けたものの、休む間もなくＤプロジェクトの準備を急ぎ進める事になるドラゴノーツ達。大打撃を被ったドラゴノーツ基地は、その中枢機能を宇宙船「アヴニール」に移し、月への打ち上げの時を待っていた。その一方、傷つき、眠りから覚めないギオを見守るジンに、ライナはドラゴノーツへの正式加入を誘いかける。ライナから語られる、ライナとジンの父親の関係とは…？
１５話「抱擁 ―呼び合う者達―」
地球では度重なるドラゴンによる騒動に、タナトスへの攻撃を急ぐ機運が高まっていた。月都市でＤプロジェクトの準備を進めるドラゴノーツ達。一方、トアを追い求め、アーシムのいる宮殿へと辿り着くジンとギオ。だがそこには、囚われたトアを救い出そうとするジンとギオを待ち受ける、アーシム・ジャマールとガーネットの罠が張り巡らされていた。卑劣な罠に苦戦するジンとギオ。そして、その間にもトアに迫る、アーシムの魔の手。ジン達はトアを救い出すことができるのか？
１６話「慟哭 ―引き裂かれた運命―」
傷ついたギオを癒すため、偶然見つけた資源採掘プラントに立ち寄るジン達。自らの特殊能力でギオの傷を治すトアだったが、その時、トアの体に起きている異変にアキラは気付く。水資源採取場で入浴し、疲れを癒すジン達。束の間の休息の中、トアはアキラとマキナに、自らの体の秘密を明かすのだった。そして、共に闘いを乗り越え、信頼を深めたジンとギオ。２人はトアを守り通す事を固く誓う。だが、アーシムはトアを諦めてはいなかった――
１７話「咆哮 ―明星の燃えしとき―」
トアに執着するアーシムは、トアを自らのものとするため、ジンの命を狙う。執拗に襲い来るアーシムとガーネット。異常を察知したライナとジークリンデは、サカキの制止を無視し、ハウリングスター・アマデウスと共に一路ジン達の元へ向かう。襲いくるガーネットの猛攻に、絶体絶命のピンチに陥るジン達。ジン、ギオＶＳアーシム、ガーネットによる激闘の結末は？そして、ジン達の元に向かったライナとジークリンデが見たものは――！？
１８話「平穏 ―仮初めの日常―」
火星の事件を機に、地球でのドラゴノーツ達の立場は激変していた。地球をタナトスの危機から救う英雄としての立場からの転落。人類の敵とみなされたドラゴノーツ達に襲い来るかつての同胞。襲われ投獄されるドラゴノーツ達。辛うじて追跡の手を逃れたジークリンデは、素性を隠し生活しているジンの元を訪れる。決断を迫られ、戸惑いを隠せないジンと、それを支えるトア。一方、地下に潜伏しているノザキとキタジマは、再起に向けての準備を進めるのだった――
１９話「家族 ―温もりの欠片―」
ＩＳＤＡのドラゴン捕獲部隊エクスフォード・フォースによる旧ドラゴノーツのメンバーへの追撃の手は緩む事は無かった。エクスフォード・フォースに襲撃されるジン達の隠れ家。からくも脱出したジンとドラゴノーツ達は行く先を失うが、ジークリンデの提案で日本にあるバウムガルド家の別荘に身を隠す。そこでジン達を迎えたのは、ジークリンデの父親、ヴィルヘルム。一方、散り散りなっていたオトヒメとハバラギにもエクスフォード・フォースの手が伸びるのだった――
２０話「奪還 ―断ち切られた絆―」
タルタロスに収監されているライナ・ハウリングスター・アマデウス・オトヒメを救い出すため、タルタロスへ向かうジン達一行。だが、その途中、ギオが姿を消してしまう。行方をくらませたギオを心配するジンだったが、ギオを探す間もなく奪還作戦は決行される。そして、タルタロスに突入したジン達の前に立ちはだかったのは――？
果たしてジン達は仲間を救い出すことができるのか！？
２１話「決別 ―継承せし者―」
タルタロスで受けた襲撃により、散り散りになってしまったジン・トアとライナ達ドラゴノーツ。
再び姿を現したギオの振舞いに戸惑うジンとトア。ギオの口からジンに明かされるトアの秘密、タナトスとギオの関係とは！？そして、３人の前で現身し襲い来るドラゴンの正体は？
２２話「襲来 ―審判の時―」
再起に向け、隠れ家で準備を進めるジンとドラゴノーツ達。だが、ギオの変貌にジン、トア、そしてドラゴノーツ達は否応なくドラゴンと人間の存在について再認識を迫られる。そんな中、ノザキからキタジマに明かされる、アルブム、アトルム、ラウム３体のオリジナル・ドラゴンの真実。果たして、タナトスの真意は一体何なのか！？
その頃ＩＳＤＡでは、対タナトスの新作戦のために、着々と準備が進められていた――
２３話「散華 ―悲しみと希望と―」
それは、最悪の展開だった。タナトスに無謀な攻撃を仕掛けるジルアード軍。タナトスの出現に騒然となる地球全域。
そんな中、トアの寿命が短いという事実に苦しみ抜いたジンは、苦渋の決断を下す。同じ頃、カズキとウィドーにも重大な変化が起きていた。再び対面するジンとカズキ。果たして２人の朋友の行く末は！？
そして、アヴニールに結集したライナ達ドラゴノーツの作戦とは――？
２４話「逆鱗 ―消えゆく明日―」
全世界的な危機は続いていた。もはや人類になす術は無いかと思われる中、決意のジンは宇宙へと向かう。そして、ライナ・ジークリンデ達ドラゴノーツは、アヴニールの最終兵器「アイギス」をもって、タナトスへの最後の作戦を試みる。
ジンとカズキ、そしてドラゴノーツ達が降り立った場所、そして目にした人物とは――？
最終話「共鳴 ―永遠に響き合うように―」
本格化したタナトスによる侵攻に、人類は壊滅の危機を迎える。地球を守る力は、もはやドラゴノーツだけだった。圧倒的な彼我の戦力差に、絶望的な戦いに赴くドラゴノーツ達。一方、トア、ギオと共に、ジンはタナトスの中枢を目指す。タナトスの深奥で、ジンが見るものは？そして、トアとジンの愛の行方は――！？
今、全ての戦いに終止符が打たれる！
