森と湖に囲まれた山荘。そこでは、若き物理学博士ハインツ・シュナイダーと、検体であるエリスが暮らしていた。成長とともに自我の芽生えていくエリスにとまどうハインツに、それとなく示唆を与えるローゼンバーグ。やがて、エリスとハインツはお互いに、研究者と検体の立場を越えた感情を抱くようになる。だが、それはローゼンバーグの仕組んだ悲劇の幕開けでもあった…。

政界との癒着が暴かれ、失脚するローゼンバーグ。あっけない幕切れに疑問を抱きながらも、ブルーアイズはエリスの回収を指示する。いっぽう、エリスの出生にまつわる真実を知ってしまったナディは、エリスにそのことを話すべきかどうか躊躇するが、そこにリカルドとリリオが現れ…。

ブルーアイズとの契約を破棄して、自らの意思でエリスと行動をともにすることにしたナディ。だが、ブルーアイズに銀行口座を凍結されてしまい、手持ちの金が底をついてしまう。手っ取り早く現金を稼ぐため、やむなくバイトを始めるナディとエリスだが、そこにL・Aが現れ…。

しょせん急場のバイトも身につかず、ナディは手っ取り早く賞金稼ぎで金を稼ぐことにし、賞金首のゲレーロを追うことにする。だが、ローゼンバーグの失脚によってクライアントを失ったリカルドも、同じターゲットを狙っていることを知り…。

ささいな行き違いから、エリスの機嫌を損ねてしまうナディ。しっくりこない雰囲気のまま、二人は謎めいた老人がたった一人で切り盛りする宿にたどりつき、そこで一夜を過ごすことになる。
ところが、リカルドたちがまるで後を追ってきたかのようにその宿を訪れ…。

ひょんなことから夫婦と勘違いされ、高級レストランでのディナーを楽しむ羽目になったナディとリカルド。いつもの軽口をたたきながらも満更でもなさそうなナディの様子に、エリスはなんとなく面白くない。
いっぽう、エリスの回収を企むブルーアイズ一派はナディたちの動向を把握し、レストランを監視していた…。

警官に言いがかりをつけられ、留置場に放り込まれてしまったナディ。エリスはナディを助けに警察署に乗り込もうとするが、リカルドは冷静になれとエリスを説得する。しかし、警察官の背後ではL・Aが糸を引いており…。

エリスの強行確保に今ひとつ踏み切れないブルーアイズ。彼女が故意に作戦を引き延ばしているのではと疑う議長は、ナディを排除してエリスを確保するよう最後通告を与える。やむなくライフルを抱いて、ナディ狙撃をもくろむブルーアイズだが…。

謎めいた老人から、魔女の村にまつわる伝説を聞くナディは、その村こそウィニャイマルカに違いないと確信し、エリスとともにその村に向かうことにする。いっぽう、機が熟したことを悟ったローゼンバーグは、恋人を残し現地に旅立つのだった…。

エリスの発動に巻き込まれ、負傷してしまったナディに、ブルーアイズは秘められた魔女の秘密とローゼンバーグの目的を話す。
過去の確執を超え、互いの真意を確かめ合うナディとブルーアイズだったが、エリスはナディをこれ以上巻き込むことを恐れ、ひとり姿を消してしまう…。

ついに姿を現したローゼンバーグに、傷ついたナディは抵抗することができない。ナディの危機を救ったのはリカルドだった。リカルドはローゼンバーグを撃とうとするが、エリスのために真実を知りたいナディはリカルドを止める。その場を逃れたローゼンバーグは、L・Aにリカルドを倒すよう命じ…。

最後の決着は二人だけでつけようと誓いあったエリスとナディは、ついにウィニャイマルカに辿りつく。しかし、待ち構えていたローゼンバーグの罠にはまり、エリスは覚醒を始めてしまう。意識が薄れていく中、エリスがナディに頼んだこととは…。

全てが終わり、残された人々はそれぞれの生き方を見出し、新しい生活を始めていた。それぞれの旅を終えて、自分たちの居場所を見出した人々。でも、何かが足りない。それに気づいたとき、人はまた新たな世界を求めて旅立つのだった…。