オーストリアが提供した交戦地帯において、ゲルマンドイツ連邦のギガンティック・ミネルヴァスXIとウルカヌス１による激しい決闘戦が続いていた。共鳴感応した慎吾と真名の目前で、ミネルヴァスXIのトランスレータにして天才児のミハイルは、パイロットであるエレナの力を借りることなく、単独でギガンティックを操る。

スサノヲとの適合率の上昇と共に、慎吾の身体には変化が生じていた。モルモットのように24時間監視される彼に、真名は事の次第の全てを明かしてしまう衝動に駆られていた。そんなおり、ついに北アメリカ帝国のジュピター２が決闘戦に出撃したとの報せが入った。２人はジュピター２に共鳴感応しようとするのだが……。

かつて日本共和国のＯＸIIは、適合するパイロットとトランスレータを自ら選んだ。自分たちよりも前に搭乗者に選ばれた「彼ら」のことを想い、真名はかつての出来事の記憶に浸る。２人は真名が守り抜いてみせると誓った、彼女にとって最も大切な人――。しかし慎吾が現れたことで、真名の心にも変化が生まれようとしていた。

ユーノワVIIIとの模擬戦を続けるスサノヲだが、成績は芳しいものではなかった。昼夜を徹した訓練と、システムの点検が続けられる。そこに、他のギガンティックの起動情報がもたらされた。ベネズエラカリブ共和国のケレス４だ。共鳴感応した慎吾と真名はケレス４のコクピットに、アマリアとエヴィータという母娘の姿を見る。

残るは、日本、アメリカ、ロシア、ベネズエラ、インドの５カ国。そのうちの２国、ベネズエラのケレス４とインドのイシュタル12が、インドのムンバイを舞台に戦いの火蓋を切る。
だがそのとき、イシュタルのパイロット・リリィが思いがけない行動に出た。無駄な血を流さぬために降伏してほしいと、ケレス４に勧告したのだ。

ロシアのユーノワXIIIが、インドのイシュタル12と戦うべく専用輸送機で飛び立つ。新たな決闘戦の始まりを受け、慎吾と真名は精神感応を行うためスサノヲのコクピット内で待機することに。慎吾の精神侵食は進行しているはずなのだが、その様子に変化はない。そして真名の身体にも、深い侵食のきざしが現れ始めていた。

統合防衛本部の荏田島参謀長が、プラクティカルベースを訪れ、慎吾たちに東欧ロシアへの出撃を命令する。だがユーノワとの模擬戦による戦績は、芳しいものではない。精神侵食が進んだ真名の心が、精神攻撃に過敏に反応してしまうのだ。遠征に必要となる装備も十分ではないスサノヲの、勝算は低いのだが……。

戦いを終えた慎吾と真名に、束の間の休息が訪れた。残る国家の数は、日本共和国を含めてあと２つ。慎吾を案じて、真名の心は揺れる。一方の慎吾は、スサノヲに関する秘密を真名が打ち明けてくれないことに、もどかしさを感じ始めていた。そんなとき、真名の部屋に何者かが侵入する。真名を組み伏せるその者は――!?

ユーノワXIIIの搭乗者セルゲイとタチアナは辛うじて一命を取り留めていた。治療を受ける２人に、慎吾と真名は面会を果たす。あらためて心を通わせた慎吾に、セルゲイが訊ねる。君はこの国の指導者を信用できるのか――。その言葉を裏付けるかのように、統合防衛本部と荏田島参謀長が不穏な動きを見せる。

これが「最も賢明な戦争」の意味することなのだろうか。北アメリカ帝国のジュピター２が、日本に無血上陸を果たす。しかしプラクティカルベースはいまだ統合防衛本部の荏田島参謀長率いる特殊部隊に制圧されたままであり、慎吾たちは自由に行動することもできない。楽市の率いるニンジャたちがひそかに動き始めるのだが……。

異形の姿をさらすことになったスサノヲが、ジュピター２と戦う。しかしアメリカの威信を懸けて戦うジュピター２のパイロット・ザイオンは、神像に心を喰われまいとして冷静さを欠きつつあった。トランスレータにしてザイオンの愛娘レイは、愛する父親の勝利のため、危険と知りつつもジュピター２との適合率を上昇させてゆく。

自らを新しい世界の創造神とするべく、最後のギガンティック・オニクスが覚醒する。全てのギガンティックの能力を有するオニクスのコクピットには、死んだと記録されていたパイロット・大黒眞人と、真名の妹・神名が座っていた。巨神像に心を喰われた彼らは、呪われた「戦いと破壊の神」スサノヲを倒そうと、慎吾と真名に迫る。

真の姿を取り戻したスサノヲは、全人類を滅ぼそうとするオニクスのたくらみを真っ向から否定する。地球を眼下に見下ろす成層圏で対峙する２体のギガンティックの、最後の戦いが始まる。オニクスに取り込まれた神名を救うため、この世界を救うために、慎吾と真名はスサノヲと共に戦う。世界の命運を賭けた戦いの行方は――!?