さなえが捕らわれている喫茶店エネイの場所を突き止めたマユキたちは、さなえの救出を試みる。喫茶店エネイで待っていた「セイジュ」と名乗る人物が幻夢事件の裏で人々を操り犯罪を起こさせていると知ったマユキは怒りを抑えきれず、神智を発動させる。
だが、セイジュはマユキの能力にひるむことなく、白蟲と「彩」の状態にしたさなえを使って、マユキ達に攻撃を開始する。

喫茶店エネイの爆発からマユキを助けた晴嵐は、セイジュの事を尋ねるマユキの問いをはぐらかす。自分が幻夢事件の捜査の役に立ち、協力するべきだと感じ、警視庁の資料室で幻夢事件ファイルを見ていたマユキは、日向邸に良く似た洋館の資料を発見する。神智の力で何かを感じ取ったマユキは一人、上野台地溝帯にある旧日向邸「風見鶏の館」に向かう。

日向家を訪れた信濃紫炎の彩、葉孤の手紙により晴嵐は兄・紫炎が日本に帰国していることを知る。マユキ達は、聖州院学園理事長「紫炎」より学校の怪談話、初代理事長の動く銅像の手に、いつも身につけているものを置くと、恋がかなうおまじないの伝説があることを聞く。マユキ達は伝説を信じない。そんな中ややはマユキとの恋を成就させるために消えた銅像を探し、母からもらった大切な熊の人形を銅像の手に置く。

聖州院学園で「寒中マラソン大会」が開かれることになった。張り切っている幸太達とは対照的に、運動が出来ないマユキは完走する自信がなく落ち込んでいた。コースの途中で一緒になり、運悪く地下に落ちてしまった初美を助けるため地下道に降りたマユキは、その道がゴールまでの近道だと知る。完走する自信が無いマユキは規定のコースを走らずショートカットをしようとし、途中元歌手の「松原哲哉」に出会う。

日向家に突然に現れた聖州院学園理事長「信濃紫炎」。マユキは晴嵐と同じ苗字の紫炎の存在が気になり、紫炎との関係を聞こうとするが、紫炎のアイディアによりマユキ達は、「日向家横断ウルトラクイズ」をするはめになる。
一方、突然日向家に訪れた紫炎に苛立ちを感じている晴嵐をよそに、紫炎はマユキと彩の成長ぶりを観察し始める。

紫炎の企みにより、晴嵐の出かけた先にこっそりついてきた初美、さなえ、子供たちは上野大地溝帯でキャンプすることになった。初美が肝心の食料を持ってきてないことを知ったマユキ達はそれぞれ食料を探し始める。三年前に、この場所に来た記憶があるマユキは、導かれるように幸太、楽太と共に森の奥の洞窟まで進んでしまう。帰りが遅いことを心配した晴嵐は嫌な胸騒ぎを覚え、マユキたちを探し始める。

昔、日向家に優秀なメイドとして仕えていた和泉いなほから、神智につながる道を探すためセイジュは和泉家を訪れる。同じ頃、セイジュの真の目的を探るべく、紫炎はセイジュに接触を試みる。一方、上野大地溝帯の洞窟で、セイジュと接触しある事実を知った晴嵐は真相を確かめるため、いなほの居る和泉家へと足を運ぶ。三兄弟の想いはすれ違いのまま、それぞれ信じた道を歩み始める。

戦いの中、晴嵐より自分が彩であると聞いた白蟲は自分が彩なのかとセイジュに問い詰める。神智の力を使いすぎ、眠り続けているマユキの看病を自ら名乗り出た紫炎はセイジュとの決戦にそなえ夕緋、蒼華のメンテナンス調整をするように晴嵐を促す。一方、子供たちはマユキとの思い出を作ろうと豊洲砂丘に埋めたタイムカプセルを一度掘り返そうと決めた。しかし途中、子供たちは砂丘に住む化け物「サンドワーム」に襲われてしまう。

豊洲砂丘の崩れたビルの一角、対峙するセイジュ、白蟲、紫炎、葉弧。葉弧が白蟲の身を案じていることを知っている紫炎は、一人でセイジュと戦うことを決める。しかし、歴然とした力の差に愕然とする紫炎。いくら攻撃を仕掛けても防戦一方の葉弧に苛立ちを押さえきれない白蟲、しかしどんなに攻撃を加えても葉弧は攻撃を仕掛けてこなかった。一方、大地のざわめきを神智で感じ取ったマユキは、導かれるままセイジュの居る豊洲ビルの一室へと向かう。

豊洲砂丘である事実をセイジュから聞いたマユキは気持ちの整理をつけられないままだった。自分のせいで周囲の大切な人々を傷つけていると気付いたマユキは全てを終わらせることを決意し、再び一人上野大地溝帯へと足を運ぶ。一方、セイジュに対抗するすべを得るために、晴嵐は自らの体に彩吊の針を刺し、自らの肉体を完全なマユキの盾とすることを決める。

信濃究極奥義にて自らの肉体を限界まで高めた晴嵐はセイジュと上野大地溝帯で戦い始めていた。一方、マユキを心配していた子供たちはマユキと合流し、マユキの生家に向かっていた。風見鶏の館に在るオルゴールの間にて、マユキたちは沙羅が作ったオルゴールを発見する。オルゴールを手にしたマユキは神智の力によりセイジュと自らの過去の記憶に触れることとなる。

沙羅が作ったオルゴールのシリンダー部分に神智を目覚めさせる力があると知り、自らの体にシリンダーを突き刺したセイジュは完全に神智を手に入れる。セイジュと全面対決しているマユキは神智を発動させ、仲間を守るためセイジュの野望を阻止する。激しい溶岩が上野大地溝帯に吹き上げる中、セイジュとマユキはそれぞれ別の未来読み（さきよみ）をする。それは、お互いの下から溶岩が吹き出るという予想だった。