アルは心を入れ替えたアロアロを仲間として迎え入れた。その後はぐれていたガルス、バロー、アンジと合流したが、元ザッタ団のアロアロを仲間に入れることにガルス達は大反対。アルは一所懸命に皆を説得したが、受け入れられずアロアロと2人で一行から飛び出してしまう。その後、2人で旅を続けていると、話の中でアロアロの口からアルの父グランデの名前が出てきた。アロアロはその昔、パララスという小さな村でタチの悪いモンスターに襲われているところをグランデに助けられたというではないか。その話を聞いたアルはアロアロの馬を無理矢理奪って1人パララスに向った・・・。

アル達の前で弓族のセロがモンスターハンターを名乗るギルに襲われていた。アル達はギルからセロを助けた。族長のバローに気付いたセロは、バローがビクトリアアイランドに戻ってきたことを喜び、バローの故郷でもある自分の村に一行を招待した。しかし村に着いたアル達は愕然としてしまう。村は世界樹の種を探しに来たザッタ団一行にめちゃくちゃにされてしまっていた。怒りに震えるバロー。そんな中、村人が何者かに襲われたという報告が・・・。

世界中を旅している吟遊詩人のヨハンに世界樹の種がニーナの故郷である魔法族の村「エリニア」にあると聞いたアル達は急いで向かった。ちょうどその時、村はザッタ団のアリバとオクトパス達に襲われていた。そこに現れたのは魔法族のズッカ。アル達はズッカと協力して、アリバ達を倒した。
アル達はズッカに村に来たのは世界樹の種を探しに来た事を告げると、なんと彼は持っていると言うではないか。世界平和のために譲ってくれるように頼むが、ズッカはこの種をオークションに出し、一番多く貢ぎ物を持ってきたヤツに渡すと言い出してしまう･･･。

なかなか故郷の村「エリニア」に近づこうとしないニーナ。アル達は村に近づかないのはズッカが昔の恋人なのだと勝手に決め付けてニーナに問い詰める。しかしニーナは何も言わずにその場から立ち去ってしまう。ほっとけない性格のアルはニーナを追いかけてなんとか真実を聞こうとするが、ニーナから出てくる話は嘘ばかり。しかし、アルの粘り強さに根負けしたニーナはアルに真実を告げることに・・・。

ガルスの故郷である戦士族の町「ぺリオン」にやってきたアル達一行は町の近くにあるもっとも高い山にザッタマンの顔があることに気付く。おかしいと首を傾げるガルスの前で戦士族のイワンがザッタ団兵士に追われていた。それに気付いたアル達はイワンを救い出す。イワンに町の状況を聞くと、なんと町はザッタ団の四天王の1人に乗っ取られ、戦士の民たちは無理矢理ザッタマンの巨大な彫刻を作らされていた。怒ったガルスは町に乗り込み四天王の将に勝負を挑む。しかし、そこに現れた将を見てガルスは愕然としてしまう・・・。

ザッタ団の四天王の1人に倒されてしまったガルス。パワーアップが必要だと考えたガルスは、使いこなすことができれば今よりも数段強くなれる伝説のレアアイテムが眠ると言われている「シャレニアン遺跡」にアル達とむかった。しかしそこにザッタ団が現れ、アル達の行く手を阻む。アル達はザッタ団をバローとニーナに任せて、2人が足止めしている隙に遺跡に向かった。すると彼らの前に伝説のレアアイテムが現れた。ガルスは喜びアイテムに手をかけた瞬間、横にあった石像の騎士がガルスに襲い掛かってきた・・・。

世界樹の種を求めてアンジの故郷である盗賊の町「カニングシティ」に向かうアル達。しかしアンジの姿が見えない。アル達はアンジのことだから帰れない理由でもあるのだろうと気にせずにいると、先に行っていたプードゥーが走って戻ってきた。なんとカニングシティまでもザッタ団に占領されていたのだ。どうにか町に潜入することに成功したアル達だが、ザッタ団の罠にかかり敵に囲まれてしまう。そこに四天王の1人クローネの乗る宇宙船が現れた。クローネの横にはなぜかアンジの姿が・・・。

実は10年前の真実を知っていたアンジは世界樹の崩壊は人間族の裏切りではなかったことを皆に話した。人間族への誤解が解けたことで今までバラバラだったガルス、バロー、ニーナ、アンジ、そしてアルの団結力が一気に高まった。そんなアル達の前にクローネの魔力により邪悪な心を増幅させられたダークゴーレムが襲い掛かってきた。皆で力を合わせて立ち向かうが圧倒的な力の前にねじ伏せられてしまう。そんな時、アルの握る剣が光を放った・・・。

スリーピーウッドに向かうアル達。目の前に見えてきた世界樹跡を目指して、近道の森を抜けようとする一行だったが、その途中でバローだけがみんなとはぐれてしまった。バローの後を追いかけるアルたちは、しばらくすると立ったまま全く動かないバローを発見する。なんと、バローは動けば動くほど沈んでしまう底無し沼にはまってしまっていたのだ！絶体絶命のバローをなんとか救おうとするアルだったが・・・。

アルは深い森の中で仲間達とはぐれてしまった。草をかき分け皆を探していると、目の前に人影が現れたと思った瞬間、突然剣で切りつけられた。どうにか剣で受け止めたアル。襲ってきたのはモンスターハンターのギルだった。一方、ニーナ達はアルを休憩しながら待つことにしていた。するとアンジがカニングシティの地下でアルの父親であるグランデにそっくりな男を見たと言い出した。今まで隠していたことをみんなで詰め寄ると、アンジは「グランデに似た男は、ギルと一緒だった」と言った･･･。

アル達が捜し求めていた世界樹の種がスリーピーウッドの森に自然と集まり始めた。アル達は世界樹が自分の力で復活をしようとしているのだと喜んでいると、そこにザッタマン率いるザッタ団が現れた。すべての種を奪うように指示するザッタマン。アル達はザッタ団に種を取られないように手分けをして集め出す。ザッタ団は四天王を中心に世界樹の種を集めようとするが、なぜか触ると種が枯れてしまう。そんな中、アルは順調に種を集めていた。しかし、それを知った四天王達はアルから世界樹の種を奪い取ろうと企むのだった・・・。

世界樹の種をザッタ団から守り抜いたアル達。しかしザッタ団とは別に世界樹の種を探していたモンスターハンターのギルが手に入れた世界樹の種を破壊しようとしていた。アルは破壊を止めようとするが、「世界樹の種があるから争いがなくならない」と言って聞く耳を持たない。そんな2人の争いを隠れて見ていたザッタ団の四天王アロアロが突然世界樹の種を奪うためにアルとギルに毒霧を吹きかけた。その時、２人を守るためにニーナが代わりに毒霧を浴びてしまう・・・。

世界樹の種に吸い込まれてしまったアルとグランデ。相手を知ることの大切さが愛の本質であることを知ったアルは、ザッタマンの心の闇に気が付く。一方世界樹のパワーを手に入れたザッタマンは、邪悪に満ちた世界を作ろうとする。メイプルアイランドでは、モンスター達が争い始め、人々は恐怖と混乱におちいった。世界樹の中でアルがとったある行動とは？ザッタマンの憎しみの心に支配されてしまったメイプルアイランドの行方は・・・？