ここは木ノ葉隠れの里。忍者学校（アカデミー）の落ちこぼれの少年・ナルトは、今日もイタズラばかり。そして、またしても卒業試験に落第してしまう。そんなある日、里の英雄である初代火影が残した封印の書をが盗まれるという事件が発生した。犯人はナルトだったが…。

　木ノ葉の里の長は代々「火影」と呼ばれ、忍者としての心技体をきわめた者がその地位につくとされている。現在の火影・猿飛は数えて三代目にあたる。そしてこの三代目火影には、木ノ葉丸という孫がいた。
　なんとか忍者学校を卒業することのできたナルトが忍者登録書を提出しに行ったとき、木ノ葉丸と出会う。木ノ葉丸はすぐにナルトを「親分」と呼びはじめ、勝手に後をついてまわるようになる。それは、ナルトだけが木ノ葉丸のことを「火影の孫」として特別あつかいしなかったからだった。そして木ノ葉丸は、今すぐにでも火影になってみんなにみとめられたいと考えていたが…。

　いよいよ忍者になったナルトは、任務をはたすため三人一組（スリーマンセル）になることに。ナルトと同じ班になったのは、「春野サクラ」と「うちはサスケ」。ナルトはかわいいサクラにゾッコンだったが、かんじんのサクラはサスケに夢中だ。しかもサスケはナルトとちがい、クールでカッコイイだけでなく実力もピカイチのエリート。おもしろくないナルトは、サスケにひとあわふかせようと、ある陰謀をたくらむのだった。

　スリーマンセルを組むことになったナルト、サスケ、サクラ。彼ら３人を指導する新しい先生、「はたけカカシ」がやって来た。どこかのん気なカカシは、最初の日から遅刻をし、しかもナルトがしかけたイタズラに簡単にかかってしまうほどのトロくささ。ところがそのカカシが、いきなりきびしい試練をナルトたちに言いわたした。それは、３人のうち１人しか合格できないといわれている「サバイバル演習」だった。この試験に落ちればふたたびアカデミーに戻されてしまうと聞き、ゾッとするナルトたちだったが…。

　カカシによってあたえられた試練はすさまじいものだった。そして、ナルトたちの前に立ちはだかったカカシは、いままでの彼とはまったくの別人。本気のナルトを軽くあしらい、里一番のエリートであるサスケでさえもまったく歯が立たない。サクラにいたっては、もはや途方に暮れるばかり。　上忍であるカカシの真の実力の前に、天と地ほどの差を感じ、なす術がない３人。このままでは全員アカデミーに逆もどりになってしまう。あせりはじめるナルトたちだったが、実はカカシはこの試練の中である重要なことを３人におぼえさせようとしていて…。