「おまえらの顔を使って、木ノ葉の里をめちゃくちゃにしてやる」そう言いのこして消える祁答院一族たち。洞くつを脱出したナルトたちは、一族の陰謀（いんぼう）を食い止めるために一丸となって後を追うが、すでに一族は木ノ葉の里に潜入していた。そして、ナルトたちと祁答院一族のはげしい追いかけっこが開始される。
　祁答院一族の真の目的とは？　そして任務に失敗すればアカデミーにもどされてしまうナルトたち３人の運命は？

　任務帰りに温泉街に立ちよったナルトは、どんちゃんさわぎをしている自来也を発見。「こんなことをしているならオレの修行を見ろ！」と怒るが、自来也は次回作のしめ切りに追われている真っ最中だという。
「原稿が早く上がれば修業の時間をとれるかも」という自来也の言葉を信じて待つナルト。だが、原稿はなかなか上がらない。イライラしたナルトは、ついに見よう見まねで書いた自分の原稿をプロの郵便屋さん集団である「飛脚忍者」にたくしてしまうが…。

　熊の国・星隠れの里より、「星」を警護（けいご）してほしいという依頼が木ノ葉にとどいた。星とは、二百年前に熊の国に落ちたいん石で、忍五大国の影たちもうらやむ神秘の力を持っているらしい。さっそく任務にむかうネジ班＋ナルトは、毒ガスが流れる国境の谷で、むかえに来た少年忍者・スマルと出会う。
　未来の「星影」（と呼ばれる里長）をめざすスマルに共感をおぼえるナルト。そのころ、里の修業場には、星をねらうナゾの忍の影があったが…。

　うばわれた星のゆくえを捜査するナルトたち。星をうばった忍者が里の特殊忍法「孔雀妙法」の使い手であったことから、犯人は里の関係者ではないかと当たりをつけるが、里長のアカホシは明らかに何かをかくしているようす。
　星への手がかりを得るため、里の忍の動きをさぐる木ノ葉。いっぽう、ケガを負った少年忍者たちをたずねたナルトは、思いがけずスマルの暗い過去を知ることになる。

　スマルを攫ったマスク忍者は地獄谷へと消えた。実はスマルを攫ったのはアカホシとその一味。アカホシはスマルを使い星を奪った忍者を呼び出そうとしていたのだ。その忍の正体とは…？　一方、傷ついた少年忍者達を介抱する木ノ葉達だが、ネジはミズラの命が尽きようとしている事に気付く。星の修業とは術者の力を極限まで活性化させる、死と隣り合わせの修業だったのだ。今までの経緯を振り返るネジは、隠された陰謀の気配を感じ取る。