ナルト・シカマル・サクラの３人は、ある村に迷子のペットをとどける任務をおこなっていた。だがそのさいちゅう、ナゾの少年騎士・テムジンがひきいる部隊におそわれてしまう。はげしい戦闘で、バラバラになる３人。ナルトはテムジンとのバトルのすえ、テムジンとともにガケから転落してしまう。さらに、とりのこされたシカマルの目の前には、巨大な移動要塞（いどうようさい）があらわれた。その要塞に、ひとりでのりこむシカマル。そこでシカマルは、おそるべき光景を目にすることに…。

ヤグラの正体は、かつてガイによって父をたおされた「龍堂院三兄弟」の末弟、オトだった。かたきうちを果たすべくガイの前にあらわれた三兄弟は、忍法「木人柩」をつかって、ガイを完全に隔離（かくり）する。
いっぽう、ナルト、ネジ、テンテンは、木人城にたどりついたものの、三兄弟の木人操術により無数の木人たちにゆくてをはばまれる。ケガをおしてかけつけたリーは、ガイをすくうため木人城に飛びこんでいくが、三兄弟の用意したワナがまっていて…。

木ノ葉の重要施設の図面がぬすまれた。暗部の調査により、犯人はナルトと仲の良かった老大工、ゲンノウだとわかる。じつはゲンノウは、むかしトラップ忍者として有名な忍者だったのだ。自爆してしまったゲンノウ。だが図面は見つからない。「ゲンノウをやとった何者かが図面を入手し、木ノ葉へせめこむことをたくらんでいるのではないか」と考えた綱手は「超Ｓ級非常警戒態勢」を宣言。里内の忍を国境警備にあたらせる。いっぽう、シカマルをリーダーに、ナルト班、キバ班、ネジ班ら11人は里にのこり、消えた図面をさがしはじめるが…。

ゲンノウの目的をさぐるべく、暗部はナルトに逆行催眠をかけるが、たいした情報はえられない。そんな時、滝隠れの里が国境付近で大がかりな演習をおこなうという情報が入った。「隠れ里が演習の名目で一気に他国に攻め入るのはよくある手段だ」と、気をひきしめる綱手。
いっぽう、下忍をしたがえたシカマルは、ゲンノウの足あとをさぐればさぐるほど、なにかおかしいという思いを強めていた。そのころ、サクラといのはある重大な発見をして…。

ばらまかれた図面をの回収に追われるナルトたち。そんな時、滝隠れの演習もゲンノウとはまったく無関係であったことがわかる。ではゲンノウの真のねらいとは何か？目的はわからないが、ゲンノウは里の注意を外に向けさせたかったのではないかと考えたシカマルは、一枚だけ行方不明になっている忍者アカデミーの設計図に注目する。そして、アカデミーをさぐるナルトたち11人は、しんじられない事実と向き合うことに…。

里中にしかけられた大量の起爆札におどろくナルトたち。そのしかけを察知したことをゲンノウに知られぬよう、注意して解除作業をはじめるが、札の数はあまりに多く、なかなかはかどらない。その時、思わぬ助っ人、ホムラとコハルが登場。起爆札の解除にあたる老忍たちは、起爆札の術式としかけられた場所から、札はかなり昔にしかけられたものと推測する。歴史に消えた「陽炎の里」。木ノ葉の里とゲンノウをつなぐ、三十年前のできごととは…？