四天象人(シテンショウニン)と名乗る謎の敵の侵入により、砂の里の忍者候補生、マツリが攫われた。マツリ奪還の為、賊を追う砂の三兄弟。――木ノ葉では砂からの援軍要請を受けた綱手がシカマルに三兄弟援護の命を下す。今回の状況は奇しくもサスケ奪還編とちょうど逆の構図になっている。「今こそ砂の連中に恩を返す時…！」シカマル隊長の元、再び召集される木ノ葉の下忍たち。今度こそ任務を完璧にこなす為、シカマルが立てた作戦とは――？

探知能力に優れたシノ、ヒナタ、ネジらに敵の探索を任せ、万端の準備で攻撃の時を待つシカマル隊。一方、マツリ奪取の為四天象人を追う砂の三兄弟は、一忍一殺の戦法で向かってくる四天象人たちと次々と戦いに突入していく。四天象人の狙いは我愛羅ただ一人。はじめは優位に見えた砂の三兄弟だが、四天象人の武器に隠された思わぬ仕掛けにより次第に旗色を悪くしていく。シカマルら『チーム恩返し』は砂のピンチに間に合うのか！？

砂のテマリ、カンクロウの元に駆けつけたシカマル、キバの２マンセル。強大な四天象人の武器に立ち向かう為、即席のスリーマンセルで戦いに挑むが呼吸が合わずに苦戦を強いられる。一方、一人優位な戦闘を進めるように見える我愛羅だが、四天象人の罠は確実に我愛羅を絡め取っていた。周到に用意された四天象人の秘術『逆ウロコの陣』に捕らえられた我愛羅は、一切の砂を封じられてしまう。一転、窮地に立たされる我愛羅。その時――我愛羅の元にナルトとリーが駆けつける！

マツリを取り戻すべく、四天象人最後の一人、宝亀を谷に追い込む我愛羅とナルト。しかし我愛羅の動きの全ては宝亀の読みの範ちゅう内だった。先に敗北した孔雀、水虎、竜眼の武器を呼び寄せる宝亀。宝亀は四天象人の正体が忍五大里にないがしろにされつづけた匠の里の忍である事を明かす。四天象人の真の目的とは我愛羅の中に封じられた化物『守鶴』のチャクラを奪い、究極兵器を完成させて五大里へ対抗し得る力を得る事だったのだ――宝亀はナルトを庇う我愛羅の隙を突いてチャクラを奪い、遂に究極兵器『セイメイ』を完成させる。

復活したセイメイにチャクラを奪い尽くされ、守鶴と化す我愛羅。しかし暴走を覚悟する一同の前で我愛羅は自らの意思で守鶴の力を押さえ込み、見事、己の力でセイメイに勝利するのだった。――前回の任務でサスケ奪還に失敗したシカマルだが、今回の成功によりようやく綱手から合格点を与えられた。――今回の任務を通し、あるものは新たな道を見出し、またあるものは更なる精進を誓う結果となった。ナルトはようやく里に帰還した自来也と共に、更なる成長を仲間たちに約束して修業の旅に出かけるのだった――。