一人前の魔法使いになるために神楽坂明日菜とパートナー契約をしたネギ・スプリングフィールド。しかしカモはパートナーは多ければ多いほど良いと言う。生徒の中から更なるパートナー候補を探すために水着コンテストを開催することを提案するカモだったが、その話を明日菜が聞いていたために…。話は二転三転し本当に麻帆良学園３−Ａにて水着コンテストが開催されることになるのだが…。

３−Ａの生徒四葉五月と超鈴音は料理が得意。今日も通学路にある公園で「超包子」の屋台を出して新作肉まんをみんなに振舞っていた。明日菜と木乃香が屋台からの悲鳴を聞いて駆けつけると、ジャージを着た怪しい男がみんなから肉まんを奪って逃げ去るところだった。突然のことに全員があっけに取られる。翌日、ひょんなことからその怪しい男がプロレスラーの金剛地力也だということに気付いた明日菜たちは…。

麻帆良学園３年１組の生徒、絡繰茶々丸（からくりちゃちゃまる）はクラスメイトの聡美が作り出したロボットである。普段は冷静沈着な機械である茶々丸だったが、その記憶回路にはこれまでクラスで悪戦苦闘していたネギの姿が蓄積されていた。「人間でも機械でも大事な生徒ですから」と言うネギを茶々丸は直視できず、ついにはその場から逃げ出してしまった。茶々丸の異変に気付いた聡美は、一度茶々丸のシステムを初期化することを提案する。それはこれまでの記憶回路を一旦消し去ることを意味していた…。

普段からぼんやりしていることが多く、クラスのみんなからもワンテンポ遅れることが多い佐々木まき絵。今日もクラスの話し合いの最中に話も聞かずに挙手をしたら「文化祭クラス対抗ダンス」の責任者に決まってしまった。まき絵には責任が重いと主張するクラス委員長のあやかだったが、新体操部の彼女には適任だという声がちょっとうれしいまき絵だった。まき絵のダンス指導を見学するネギ。まき絵はネギにいいところを見せたくて頑張るのだが…。

誰もいない校庭、誰もいない校舎。ネギ・スプリングフィールドも３−Ａの生徒たちも帰りのホームルーム後の学園の異変に気がついているようだ。ネギは必死に何者かの気配を感じ取ろうとしている。下校しようとした夏美と千鶴が正門を出たところで見えない壁にはじかれてしまい外に出られない。麻帆良学園はネギと３−Ａの生徒を残し、結界を張られてしまったのだ…。

麻帆良学園はネギと３−Aの生徒だけを残し結界を張られて外に出られなくなってしまった。魔力を封じられたネギは図書館で魔法書を探し結界のことを調べようとしているがなかなか有益な情報には辿り着けない。生徒たちを助けられないネギは弱気になる。一方、自習中の生徒たちは結界の壁がどこまで広がっているのか、広い学園の中の探索を始める…。

いなくなってしまったネギや生徒たちを心配する学園長の近右衛門や高畑たち。どうやらネギたちは別空間に閉じ込められてしまったようである。自分の非力を嘆く高畑。すると、呼びかける女の子の声とともに学園長室の壁からスカートに包まれた足が突き出てくる。高畑たちがその足を引っ張り出すと、３−A生徒のひとり・相坂さよだった。さよはひとりだけ闇の狭間に飛ばされてしまったのだという。

教え子であるネギのピンチにメルディアナ魔法学校の校長が麻帆良学園にやってきた。校長は魔法の力で実体のない幽霊である相坂さよをネギたちがいる世界に送り出す。別空間に広がった魔法陣の光の中から現われたさよは、ネギに校長から託された魔力を取り戻す呪文を伝える。また、恐らくこの事態を引き起こしたのは３−Aのクラスに存在する悪意の存在なのだということも…。

さよのおかげでようやく消えたクラスメイトの存在に気付くネギたち。パクティオーをしたネギとのどかは魔法書を必死に調べているのだが体力の限界である。教室で休んでいた風香は誰かを追いかける夢を見る。その夢に動かされるように校舎の外へ出て行った風香は校門でバリアに弾き飛ばされて気を失ってしまった。学校を覆うバリアは更に強い力を持ち始めていた…。

ついに世界樹の力を解除する呪文を見つけたネギ。しかしネギは生徒たちに何も伝えずにひとりで世界樹に向かって行ってしまった。残された生徒たちは超鈴音が作った中華スープで食事を取る。みな最後の晩餐になるかもしれない不安を隠せずにいる中、こうなったのはそもそもネギのせいだと超が主張しはじめる…

超鈴音によって消されていたクラスメイトとの想い出を蘇らせた明日菜たちはネギのやさしさをも想い出し、世界樹に向かったネギを救出するために立ち上がった。のどかの持つ魔法の絵日記本によるとネギの体のクリスタル化は進行しており、タイムリミットが近いことを知る。一方、現実世界の学園長室でも別次元を創り出したのは超であると目星をつけていた。超は時空移動してこの世界にやって来た未来の少女だと学園長は言うのだが…。

明日菜を先頭に世界樹に向かう生徒たち。それを超鈴音は陰から虎視眈々と窺っていた。超はカシオペアの力を使い生徒たちそれぞれのトラウマ世界に引きずり込みフリーズさせていく。次々とフリーズして動けなくなる生徒たち。明日菜は自分のトラウマ世界で仲間たちがフリーズしているのを見てまたひとりだけ取り残されるのではないかという恐怖に襲われる。しかし、そこに消されたはずのさよが現われる。さよは明日菜には魔法を無効化する力があると告げる…。