ようやくオーブハンターの居所を探し当てたベルナールとロシュが知った真実は、あまりに過酷なものだった。彼らは昏睡するアンジェの様子に心を痛める。
その頃、聖都では人知れず、マティアスとエレンフリートの密談が行われていた。

アンジェを保護してもらおうと聖都を目指す一行は、セドナという少女に出会い、彼女の率いる船で旅を続けることになる。アンジェとは性格も生い立ちも異なるセドナだったが、２人の間には奇妙な友情が芽生え、それはアンジェにある決意を促すのだった。

聖都を目前にし、アンジェは改めてヒュウガに聖都内への同行を願う。だがそれを頑なに拒むヒュウガ。姿を消したヒュウガを追い「夢魂の塔」へ向かうアンジェは、銀樹騎士団長ディオンの口から、ヒュウガの背負った十字架の正体を知ることになる。

聖都のエレンフリートが人知れず危機に陥っている頃、ルネと再会したアンジェは「女王になるとはどういうことなのか」について、真実を知る。衝撃を受けるアンジェの背に、優しい声がかけられる。「ずっと君に伝えたかった、小さなアンジェ――。」

前教団長の逝去に伴い、新教団長の即位式が行われる。聖都は新たな時代の幕開けを迎えるはずだった。だが儀式の静寂を破ったのは、その場にいてはならない人物の声だった。聖都の狂乱の中、アンジェはずっと捜し求めていた人物と再会することになり･･･。

主の命令に従えなくなったジェット、禁を犯してでも聖都からの脱出を余儀なくされるルネ、そして監禁から助け出されたエレン。それぞれが運命の岐路に立たされていた。それはニクスとふたり、山道を往くアンジェも例外ではなく･･･。

アンジェと再会したオーブハンターの仲間たちは、ニクスの身に何が起こったのかを知る。一方、２人の少年達もそれぞれ、自分の進むべき道を求め苦しんでいた。アンジェによってようやく心の鎧を脱ぎ捨てたエレン。そして図らずも憧れの外界に降り立つことになったルネ。彼らが出した結論は――。

タイムリミットに間に合わなければヨルゴは助からない。エレンは恥もプライドも捨てて、必死に走り続けた。一方、主を失ったジェットは雪原をさまよううちにアンジェたち一行に出会う。アンジェを守り抜きたいジェイドと、自分の存在意義を求めるジェットの戦いが始まろうとしていた。

「犯した罪は償わなければならない。」それはかつて、マティアス自身がエレンに言い聞かせた言葉だった。その言葉の意味を身をもって受け止めながらも、マティアスはもはや自分が後戻りできないことを知っていた。ルネの言葉は彼に届くのか――！？

マティアスの残した言葉とルネの助言により、アンジェたちはファリアンを目指すことになる。そこにエレボスを倒しニクスを助けるための、ある物があるというのだ。ふたりきりで別れを惜しむアンジェとルネ。ふたりの衝撃的な会話をレインが聞いてしまい･･･。

アンジェが女王になれば、仲間とはもう二度と会えなくなる！？　別れの予感に苦しむアンジェだったが、「お前の主はお前ではないのか」というジェットの言葉に、アンジェは改めて自分に問いかける。自分の望みは、幸せは何なのか。そして近づく、旅立ちの日。それぞれが出した結論は！？

エレボスを倒し、ニクスを救う。そのために、アルカディアから遠く離れた場所に辿り着いたアンジェたち。だが彼らの絆を試すかのように、アンジェは仲間たちと引き裂かれてしまい、ついにエレボスと対峙したアンジェは誓う。悲しみも苦しみも、すべてを包み込むことを。そして――。