ジム戦を前に最終調整をしていたサトシとポケモンたち。そんな中、精神統一をしていたブイゼルにトレーニングをしていたピカチュウのワザが命中し、けんかになってしまう。そこへあらわれたのは、フローゼルを連れたノモセジムリーダーのマキシだった･･･。
いよいよジム戦では、マキシの一番手・ギャラドスに対して、サトシはピカチュウでいどむことに。チームワークに不安が残るが･･･。

ついにノモセシティにたどり着いたサトシたちは、さっそくジムへ。ジムリーダーのマキシに、すかさずジム戦を申し込むが、用事があるからと断られ、逆にマキシの用事に付き合うことに。そして一行が列車に乗ってたどり着いたのは、ノモセ大湿原。すると一面に広がる草むらから奇妙な泣き声と共に無数のグレッグルがあらわれた。この日は１年に一度の"グレッグル祭り"の日だったのだ･･･。

次のジム戦に向けバトルの特訓をしていたサトシたちは、シンジに出会う。するとやはりサトシとシンジが、お互いのポケモンに対する考え方の違いから口論に。熱くなったサトシはバトルを申し込むが、シンジはそれを断り、去ろうとするのだった。その時ヒコザルが、バトルをしようとシンジに訴える。ヒコザルに感化されてバトルをはじめたシンジは、リングマを繰り出し･･･。

サトシたちはノモセシティへの旅の途中、池のほとりで"うすばねポケモン"のヤンヤンマを追った新人トレーナーのタイセイに出会った。どやらタイセイは、チャッピーという名前をつけたポッチャマと旅を始めたばかりで、最初に触ったヤンヤンマをゲットしようと３日間ずっと追いかけていたらしい。ところがいつも逃げられてしまうというのだ。そこで、タイセイの初ゲットに協力することにしたサトシたち。バトルのアドバイスを受けながら、遂にヤンヤンマを追い詰めることに成功したタイセイがモンスターボールを投げようとした瞬間、池の底から何者かが現れた！なんと、それは、ヤンヤンマを横取りしようとたくらむロケット団だったのだ！

ついに迎えたミクリカップ最終日は、セミファイナルに勝ち進んだヒカリ、ハルカ、ノゾミ、そして僅差でサトシを破ったカイトの4名が華麗なコンテストバトルを繰り広げる！！セミファイナルの対戦カードはヒカリＶＳカイト、そしてハルカＶＳノゾミ。ヒカリはファイナルで戦おうというノゾミとの約束を果たすため、満を持してポッチャマと共にバトルに挑む。対するカイトのポケモンは、"ならずものポケモン"のシザリガー。ヒカリはカイトを破り、ファイナルに進出することが出来るのか？そして、ノゾミはニャルマー、ハルカは"ちょうちょポケモン"のアゲハントと激しいバトルを繰り広げる！果たして、ミクリカップを制し優勝を手にするのは一体誰なのか！？

ミクリカップ1次審査を無事クリアしたサトシたちは、レイクサイドリゾートのホテルに戻り、それぞれの旅を振り返えっていた。そんな中、近くの湖に散歩に出かけたサトシとピカチュウ。すると突然、湖の中心で何かが光り、生き物のような姿をした影が現れた。ところが近づこうとした瞬間、影は消えてしまう。そんな奇妙な体験をしたサトシはホテルに戻りヒカリたちと湖の伝説について語り合うことに。そして迎えたミクリカップ２日目！２次審査のトップバッターに決まったヒカリはミミロルでコンテストに挑む！一方サトシには"ライトポケモン"のランターンを使う手ごわいコーディネーターが立ちはだかる。サトシ、ヒカリ、ハルカ、ノゾミそれぞれのバトルの行方はいったいどうなる？

３日間に渡って繰り広げられるポケモンコンテスト・ミクリカップの会場、レイクサイドリゾートにやってきたサトシたち。するとそこへ、ミクリカップに出場するためノゾミも現れた。今大会はドームの中心に大きなプールがある特設ステージで会場も大興奮！そして、審査員にミクリを迎えついに始まったミクリカップ。ところが、２大会連続の敗退で自信を無くしていたヒカリは、本番を前に緊張して落ち着きがない様子。ノゾミは新しいパートナー"はねうおポケモン"のケイコウオ、ハルカは"かめポケモン"のカメール、そしてサトシはミクリに勧められブイゼルでコンテストに挑む！！みんながライバルとなるミクリカップ。果たして、ヒカリは1次審査をクリアできるのか！？

サトシたちは、ある人物を迎えにリッシ湖畔近くのリッシポートへきていた。するとそこへ、「久しぶりかも～！」と現れたのはなんと・・・ハルカだった！！久しぶりの再会を喜ぶハルカとサトシたち。なんと、ハルカもミクリカップにエントリーしていたのだった。そんな一行はハルカが予約していたリッシ湖畔で人気NO.１の「レストラン七つ星」で昼食をとる事に。ところが、このレストラン、ポケモンバトル好きのオーナー、チアキとフィアンセのチナツにタッグバトルで勝たないと料理が食べられないというのだ。そこで、サトシはタケシと、ヒカリはハルカとタッグを組むことに！！果たしてサトシたちは、豪華料理を食べることが出来るのか！？

ノモセシティへの旅の途中、サトシたちはとある町のポケモンセンターで休憩をとっていた。すると、ラウンジのモニターから、リッシ湖畔でポケモンコンテスト・ミクリカップが開催されるという情報が流れてくる。なんと、ホウエン地方のチャンピオンマスターまで登りつめ、現在はコンテストマスターという不動の地位をきずきあげたミクリがシンオウ地方でポケモンコンテストを開催するというのだ。そこで、２大会連続1次審査敗退で自信を無くしていたヒカリは、ミクリカップを復活戦にしようと決意する！そんな時、今ミクリが仕事のオフで近くに来ていると知ったサトシたちは、偶然、近くの湖で"いつくしみポケモン"のミロカロスとミクリの姿を目にするのだが・・・

旅の途中、森の中でランチタイムをとっていたサトシたちは、"こねずみポケモン"のピチューと"ねずみポケモン"のライチュウを連れた少年・ショウに出会った。すると突然、ショウがサトシのピカチュウをやせいのポケモンと勘違いして、ゲットしようとライチュウでバトルを挑んできた。どうやらショウは、最強のピチュー、ピカチュウ、ライチュウのしんかセットを育てたいらしい。
そんなショウと、改めてバトルする事になったサトシとピカチュウだが、ライチュウの体格を生かした"はかいこうせん"を前にやられてしまう。そして、ひんし状態のピカチュウはポケモンセンターで治療を受けなんとか意識を取り戻すと、ライチュウにリベンジを果たしたいと必死にサトシに訴える。しかし、このままではあのライチュウには勝てないと考えたサトシはあるどうぐを取り出した！！

サトシたちを追って湖のほとりにあるポケモンセンターまでやってきたロケット団。すると、ムサシのドクケイルは色違いのドクケイルを見つけ湖へ飛んでいってしまう。そこへタイキと名乗る少年が現れ、「僕のドクケイルとあなたのドクケイルは恋をしているようですね！」とムサシに声をかけてきた。どうやらこの季節は、湖面に映る満月の輝きに導かれ、恋をしたドクケイルたちが湖に集り、テンガン山を越えて渡りをするらしい。しかも、今日はその満月の日だったのだ！
ドクケイルが恋をしている事を知り、幼い頃の切ない恋の記憶を思い返していたムサシ。すると、突然の落雷で湖の縁の岩が崩れ、水が流れ出し、このままでは渡りが出来なくなってしまうことに！そんな状況の中ムサシがとった行動とは一体！？そしてドクケイルの恋の行方はいかに！？